Еще в марте 1585 года, когда создание Священной Лиги только началось, Марго вызвала сенсацию, покинув Нерак, очевидно, в знак протеста против последней связи мужа с честолюбивой знатной молодой вдовой по имени Диана д'Андуэн (по прозвищу «Прекрасная Коризанда»). Она обладала не только тем же именем, что и ненавистная соперница Екатерины, ныне покойная Диана де Пуатье, но также и холодной элегантностью тезки. Ее изысканная, ледяная красота и чувство превосходства унижали Марго. Мало того, та задумала изгнать супругу своего любовника и самой стать королевой Наваррской. Это было уже слишком для принцессы рода Валуа, которая, желая отомстить, попыталась при помощи секретаря отравить мужа. Когда попытка провалилась, она взяла пистолет и выстрелила в короля, но промахнулась. Король Наваррский разгневался так, что Марго сбежала от греха подальше и обрела пристанище в собственном городке Ажен. Для своей защиты она начала собирать войска и, как считают, тайно вступила в сношения с Лигой. Марго обратилась к матери за деньгами. Екатерина откликнулась с сочувствием к дочери; она жаловалась, что Марго «впала в крайнюю нужду» и даже «не имеет денег на пропитание». Вильруа получил приказ доставить Марго деньги. А ведь совсем незадолго до описываемых событий Екатерина называла дочь и зятя лучшей парой на земле!

Но чувства Екатерины подверглись жестокому испытанию, когда она услышала, что Марго пишет бывшему зятю, вдовому герцогу Лотарингскому, прося его взять ее под защиту. Это воззвание, а также ее сочувствие — если не открытая поддержка — в отношении Лиги, враждебной ее мужу и брату, поставили Марго на грань краха. Прекрасная принцесса уже давно мало-помалу растрачивала свою честь на скандальные похождения, открытые любовные интриги и поддержку авантюрных замыслов покойного брата, но теперь Маргарита Наваррская была полностью скомпрометирована. Муж считал, что ей нельзя более доверять, ибо репутация ее запятнана, того же мнения придерживался и король, ее брат. Взбешенная последней выходкой дочери, Екатерина называла ее «бременем, посланным мне Господом в наказание за грехи». Вскоре Марго была изгнана из Ажена маршалом Матиньоном, действующим по приказу короля, при поддержке населения, которому успела осточертеть. Она пыталась строить в городе фортификационные сооружения и организовать независимое владение, но недостаток денег и отсутствие такта в обращении с горожанами сделали ее затею напрасной. Тогда она направилась в одно из своих имений, где ее сторонник, Франсуа де Линьерак, наместник Верхней Оверни, предложил ей свою защиту.

Эту неприступную крепость, расположенную высоко в горах, было нелегко захватить; но жить в ней было еще тяжелее. Жилые помещения крепости внутри фортификационных стен лежали в развалинах. Средневековый редут сильно отличался от красот Блуа или Фонтенбло, где Марго диктовала моду, танцевала и была звездой двора. Несмотря на то, что дочь впала в немилость, Екатерина предложила ей поселиться в Ибуазе, близ Иссуара, но королева Наваррская знала: это предложение означает опеку со стороны матери и контроль ненавистного братца. Она отклонила предложение, написав Екатерине: «Господь помогает мне, я ни в чем не нуждаюсь, ибо нахожусь в очень хорошем месте, принадлежащем мне, в окружении славных людей». Она добавила также, что должна защищать себя, «дабы не попасть в руки тех, кто охотится за моей жизнью, моим добром и моей честью». В течение года, проведенного в глубинке, Марго страстно привязалась к выходцу из захудалого дворянского рода, Жану де Ларту де Галар, сеньору д'Обиак. Как только этот молодой красавец положил глаз на королеву, то сразу объявил друзьям, что станет спать с ней, даже если его повесят за это.

Осенью 1586 года, с отвращением услышав о романе Марго с д'Обиаком, означавшем, что ее дочь отныне — падшая женщина, Екатерина посоветовала Генриху «взять это гнусное создание» под стражу, пока та «снова не навлекла на нас позор». В данном случае король в подсказках не нуждался: он уже отдал необходимые распоряжения относительно сестры. 13 октября 1586 года Марго была арестована маркизом де Канильяком, губернатором Верхней Оверни, и увезена сперва в Ибуаз, а затем в укрепленную цитадель, замок Юссон, где ее держали узницей. Некогда Людовик XI очень любил помещать в этот замок политических узников, и те, кто попадал туда, редко снова видели белый свет. Король также приказал, чтобы в письмах или документах Марго больше не именовали «его возлюбленной или дорогой сестрой». Что же до Обиака, то, как он и предвидел, ему пришлось заплатить жизнью за любовную интригу с блистательной и магнетически притягательной дамой. Хотя Генрих и писал Вильруа, что «королева, моя мать, желает, чтобы я повесил Обиака [sic] в присутствии этого несчастного создания [Марго] во дворе Юссона», к счастью для королевы Наваррской, ее пощадили, и ее любовник был предан смерти в Эгперсе, без стечения зрителей.

За тройными стенами Юссона, охраняемая швейцарцами и под надзором Канильяка, Марго боялась, что ее тоже убьют. В драматическом прощальном письме к матери она просила выплатить ее «несчастным слугам» жалованье, задолженное за несколько лет, а также прислать к ней какую-нибудь благородную даму, чтобы скрасить ее одиночество в заключении. Она добавляла просьбу: если ее приговорят к смерти, пусть сделают вскрытие, дабы восстановить ее честь, опровергнув слухи, будто она носила ребенка от д'Обиака. Зная семейные методы избавления от врагов, она также тайно наняла дегустатора пищи.

Но, как это часто случалось в ее недолгой, но богатой перипетиями жизни, удача снова повернулась к Марго лицом. Канильяк почувствовал себя оскорбленным: он не хотел считаться простым тюремщиком, хоть бы и королевской сестры. Вскоре после ее прибытия в Юссон он нанес визит в Лион. Здесь, в начале января 1587 года, он вступил в Лигу. Отослав швейцарцев прочь, он отпустил Маргариту. Весьма вероятно, что к этому делу приложили руки Гизы — помня, что король Наваррский, хотя и женат, но детей не имеет, они сочли нужным освободить его королеву.

В обмен на свободу Марго отдала Канильяку свои владения в Оверни, а также щедрый пенсион и другие дары. Некоторые утверждали, будто она также и соблазнила маркиза, чтобы умилостивить его. Несмотря на вновь обретенную свободу, следующие четырнадцать лет Марго оставалась в Оверни, вдали от политических и династических бурь, живя на попечении вдовы Карла IX, Елизаветы Австрийской, которая разделила с ней половину вдовьего содержания. Ни мать, ни брата она никогда больше не видела.

В течение нескольких месяцев падения и позора Марго Екатерина боролась, пытаясь устроить встречу глав партий, угрожавших ее сыну. Больная, она, тем не менее, предприняла несколько поездок, дабы встретиться с Наваррским, хотя он считал, что королева-мать уже не способна повлиять на ход событий. Несомненно, королева-мать, еще недавно всемогущая, почувствовала себя глубоко оскорбленной, поняв, что ее считают второстепенной, малозначимой фигурой в политике. В декабре 1586 года, встретившись с Генрихом Наваррским в Сен-Брисе близ Коньяка, Екатерина пожаловалась, каких тяжких трудов ей стоит попытка предотвратить войну. Он ответил язвительно: «Эти трудности доставляют вам удовольствие и питают ваши силы. Будь вы на отдыхе, чем бы вы тогда занимались?» Именно в Сен-Брисе королева-мать и сделала Наваррскому поразительное предложение.