Другой важной причиной для дружбы королевы-матери с Лотарингским домом была идея посадить ее внука, наследника герцога Лотарингского, маркиза де Понт-а-Муссон, на французский трон, если Генрих останется бездетным, хотя для этого следовало отказаться от соблюдения салического закона. Она уже не могла надеяться на то, что брак Наваррского с Марго принесет плоды. И еще одно тесно связало королеву-мать с Гизами: утробная ненависть к презренному миньону д'Эпернону. Прежде могущественный фаворит ныне жил в страхе, ибо на его жизнь постоянно готовились покушения. Он, прежде отталкивавший Екатерину в сторону, ныне униженно просил ее об аудиенции.

Папский нунций Морозини сообщал в докладе от 15 февраля 1588 года: герцог «упал перед ней на колени, сняв шляпу. Он оставался в таком положении не меньше часа, а королева не предложила ему подняться или прикрыть голову». Умоляя ее помочь ему примириться с герцогом де Гизом, демонстрируя свое унижение и раболепие, д'Эпернон пообещал, что в будущем всегда будет полагаться только на нее. На регулярных заседаниях совета, где король и королева-мать сидели вместе за маленьким столиком, а остальные члены совета — за длинным столом, чуть поодаль, было заметно, что Екатерина и ее сын мало обращаются друг к другу, вообще почти не разговаривают. Он больше не доверял никому, даже ей.

В апреле, на одном из заседаний, легкая завеса, прикрывающая тлеющую антипатию между Екатериной и Эперноном, была отброшена в сторону, и взаимная ненависть вспыхнула с новой силой. Они переругались, и герцог имел наглость обвинить королеву-мать в том, что она поддерживает Лигу. Екатерина знала, что ее сын-отшельник живет в состоянии развивающейся мании преследования, и малейшей подсказки Эпернона хватило бы ему, чтобы неправильно истолковать мотивы ее дружбы с Гизами. Как она сама это сформулировала, «иногда король ошибочно понимает мои намерения. То ему кажется, будто я хочу всех примирить, то он приписывает мне любовь к ним, как будто есть на свете кто-то, кого я люблю больше него, ведь он мне дороже всех, а порой он считает, что я жалкое существо, слишком доброе ко всем». Уж что-что, а последнее обвинение весьма редко выдвигалось в ее адрес!

Страдая от возрастных недомоганий и жуткой зубной боли, Екатерина писала Бельевру 1 апреля 1588 года, что Гизы не исполняют своих обещаний, прежде всего, не хотят подчиниться королю. А Генрих «желает, чтобы ему повиновались». Король упомянул о том же, когда писал Вильруа: «Я отчетливо вижу, что если позволить этим людям делать то, что им нравится, они не просто перестанут быть моими соратниками, но превратятся в моих же хозяев. Настало, наконец, время вернуть все на свои места». Далее он продолжал: «с этого момента мы будем королем, ибо слишком долго являлись слугой». Когда Мо, Мелен и Шатотьерри подпали под власть Лиги, король оставался внешне спокойным, но пророчески изрек: «Боль вызывает ярость, если рану слишком часто бередить. Пусть лучше не испытывают слишком долго мое терпение».

В мае Екатерина, все еще страдая подагрой и болезнью легких, прибыла в Париж. Она провела большую часть времени в постели в «Отеле Королевы», но отдохнуть ей там не удалось, ибо атмосфера в городе все более пропитывалась ненавистью к королю и д'Эпернону. Солдаты Лиги в больших количествах собирались в городе, готовясь к новой Варфоломеевской ночи. По сигналу своего господина они должны были восстать и убить всех, кто поддерживал короля, ворваться в Лувр и захватить Генриха Валуа (вначале перерезав горло его миньону). Благодаря доброй службе Никола Пулена, шпиона, работавшего на Генриха, сумевшего внедриться в Лигу, этот заговор был раскрыт. Он должен был осуществиться в ночь на 24 апреля. Еще одна попытка похищения короля была замышлена сестрой Гиза, герцогиней де Монпансье. (Сам Гиз не одобрял методов сестры, которая создала целую сеть агентов-провокаторов, шпионов и убийц. Этому сброду не хватало достоинства и благородства, осенявших, как казалось герцогу, его собственные действия, в соответствии со святостью принятой им миссии и княжеским титулом.) Король, предупрежденный заранее, поднял охрану и дал отпор заговорщикам, которые решили дождаться другого удобного случая. Он также велел Эпернону выставить войска вокруг города, чтобы пресечь любое нападение извне.

Парижская Лига решила вызвать герцога де Гиза из Суассона, чтобы тот пришел к ним на помощь. Помимо прочего, они опасались повторения Варфоломеевской ночи, поскольку священники твердили: мол, Генрих Наваррский вновь заключил союз с королем и вскоре въедет в Париж во главе армии. Генрих послал Бельевра к Гизу со строгим приказом не входить в столицу под угрозой того, что в противном случае «с ним будут обращаться как с преступником и виновником бед и раскола в королевстве». Независмо от Генриха его мать придерживалась другого плана. Имеются серьезные подозрения, что Екатерина велела Бельевру передать от нее устное сообщение: пусть герцог как можно скорее войдет в столицу, ибо только он может разрядить обстановку. Гиз получил это послание 8 мая и к полудню следующего дня уже въехал в столицу через ворота Сен-Мартен, с эскортом из десяти человек. Он прибыл без обычных церемоний, низко надвинув на глаза шляпу, закутавшись в плащ. Несмотря на эти тщетные попытки соблюсти инкогнито, толпа вскоре узнала своего героя, и многие прибежали коснуться его плаща. Другие же пали на колени и плакали от радости, умоляя избавить их от злого короля и его негодного ставленника, д'Эпернона.

Гиз и его люди направились прямиком в «Отель Королевы» близ Лувра, где королева-мать лежала в постели. Один из ее карликов, сидя на подоконнике, углядел легко узнаваемую фигуру герцога и закричал, что там, внизу — герцог де Гиз. Королева, решив, что карлик проказничает, чтобы развеселить ее, велела кому-то шлепнуть его — пусть знает, с чем можно шутить, а с чем нельзя. Однако, прислушавшись к шуму на улице, она поняла, что там действительно герцог де Гиз, и сразу «побледнела и задрожала». Она понимала: будет ли ее сын занимать трон и дальше, зависит от следующих мгновений.

Екатерина тепло приветствовала герцога, произнеся: «Как приятно видеть вас снова, хотя я бы предпочла, чтобы обстановка была другая». Гиз объяснил королеве-матери причины его недавних действий. Между тем король впал в неудержимую ярость: как мог этот Гиз ослушаться его приказа и явиться в Париж?! Говорят, когда он услышал о присутствии недруга в городе, то обратился к Вильруа со словами: «Нам пора все переиграть. Что, у королей моей династии уже нет будущего?» Повернувшись к Альфонсо д'Орнано, своему капитану-корсиканцу, он спросил: «Будь вы на моем месте, как бы вы поступили?» Храбрый и преданный корсиканец не долго размышлял над ответом, он просто сказал: «Сир, для этого надо уточнить одно слово. Считаете ли вы г-на де Гиза другом или врагом?» Генрих ничего не сказал, но жест выдал его чувства. Тогда, как утверждают, д'Орнано произнес: «Так давайте покончим с ним».

Несмотря на болезнь, Екатерина, опасаясь ярости сына и окончательного разрыва — если не чего-то еще худшего — между ними обоими, решила сопроводить Гиза в Лувр, где его ждет король. Она оделась и отправилась туда в паланкине, а Гиз шел пешком с ней рядом. Проходя по узким улицам, они слышали, как народ кричал: «Да здравствует Гиз! Да здравствует опора Церкви!» Генрих ждал герцога в покоях королевы. Гиз низко склонился перед монархом, тот же холодно принял его и спросил: «Почему вы здесь, кузен?» На это, после долгой паузы, герцог отвечал, что явился по указанию королевы-матери. Екатерина подтвердила это, так что у Генриха не осталось повода порицать Гиза — неважно, поверил он в это или нет. Затем Екатерина продолжила объяснения: она просила герцога приехать, чтобы смягчить опасную ситуацию и помочь им обоим обрести согласие.