Поползли слухи, будто разгневанная толпа угрожает Генриху, обвиняя его в том, что якобы он приложил руку к казни Марии. Дабы чувствовать себя вне опасности, он увеличил штат своих телохранителей и, надеясь успокоить население, велел двору надеть траур. 13 марта в соборе Нотр-Дам отслужили заупокойную мессу. Жуайез и д'Эпернон вернулись в Париж в то же самое время, и представители Лиги опасались, что их присутствие «наполнит короля отвагой». Жуайез за время своего отсутствия дискредитировал себя в глазах короля, ибо, по слухам, начал поддерживать Гизов.

Теперь, когда Мария была мертва, Филипп II Испанский решил, что поведет войну с английской королевой, правда, гибкой во взглядах, но все же еретичкой, дабы на беспокойных островах восстановилась единая Истинная Вера. Он начал готовиться к грандиозному вторжению. Герцог Пармский, губернатор Испанских Нидерландов, получил инструкции подготовить все необходимое для морских и сухопутных сражений. В то же время Филипп требовал, чтобы Гиз, ныне его клиент и союзник Испании, решительно двигался к победе над Наваррским и французскими протестантами. Планируя использовать французские порты на Ламанше, чтобы атаковать англичан, Филипп нуждался в послушной Франции под контролем католиков, прежде чем приступить к своему «великому предприятию». Войну трех Генрихов пора было разжечь как следует.

Уловки, перестрелки и вялые баталии с периодическим преимуществом то одной, то другой стороны, чуть ли не по предварительной договоренности, отличали поначалу эту войну смешанных сил и противоестественных союзов. Теперь ей предстояло стать настоящей. Оставив Екатерину отвечать за дела в государстве, 12 сентября Генрих покинул столицу во главе армии, держа путь в долину Луары, где должен был перехватить рейтаров из Германии, идущих на помощь королю Наваррскому. Королева-мать, сразу помолодевшая, кинулась собирать снаряжение и оружие для войск сына. Никогда она не была более счастлива, чем в моменты наивысшего напряжения всех своих сил, осматривая фортификации и береговые оборонительные сооружения на случай нападения с моря. Ее неутомимые хлопоты приносили заметные результаты, несмотря на ограниченность ресурсов.

20 октября 1587 года, в битве при Кутра, Генрих Наваррский наголову разбил войска герцога де Жуайеза, который погиб в этом бою. Гиз одержал две победы над рейтарами — в Вимори (26 октября) и Оно (24 ноября), хотя к этому времени наемники уже отступали, подкупленные королем и давшие обещание покинуть территорию Франции. Гиз в ярости жаловался испанскому послу: «Эпернон не только встал между рейтарами и мной, он также дал им денег… да еще тысячу аркебузиров из собственной гвардии короля, и десять отрядов стрелков, чтобы прикрывать их отступление. Странно, что католическим силам приходится платить еретикам за тот ущерб, который они нанесли Франции. Каждый добрый француз должен почувствовать гнев». Екатерина видела вещи в совершенно ином свете и писала маршалу Матиньону, воодушевляя его: «Теперь мы должны благодарить Господа за помощь нам в таком деле, ибо это настоящее чудо, показывающее, что Он любит короля и королевство».

Когда Генрих 23 декабря вернулся в Париж, чтобы отпраздновать еще одну бесполезную победу, он посетил мессу, где восславил Господа за помощь католикам. На самом же деле причиной временной приостановки сражений стали только зимние холода, но отнюдь не военные достижения. Ситуация оставалась в подвешенном состоянии. У Наваррского все еще был весь юг, а народ стал куда беднее, голоднее и отчаяннее, нежели чем до начала войны. К вящему раздражению короля, Гиз был объявлен героем за свои победы в Вимори и Оно. В результате он стал ожидать соответствующего жеста от короля, в особенности же он надеялся получить привилегии покойного герцога де Жуайеза. Вместо этого Генриху удалось разозлить Гиза и парижан: он не только устроил Жуайезу пышные, почти королевские похороны, но и наградил и без того уже осыпанного милостями Эпернона, отдав ему владения и титулы покойного. Сестра Гиза, герцогиня де Монпансье, известная под прозвищем Фурия Лиги, еще более ревностная католичка, чем ее братья, осудила короля за неблагодарность и стала носить на поясе золотые ножницы. Она объявила, что они принесут Генриху третью корону; первая была польской, вторая — французской, третья же будет не короной, а тонзурой монаха.

В январе-феврале 1588 года сторонники Гизов встречалась в Нанси, чтобы еще раз обсудить свои позиции и требования. В Париже население становилось все более мрачным и непокорным. Д'Эпернон, уцелевший фаворит Генриха, сделался мишенью нападок Гизов и клеветнических памфлетов. Один из них, озаглавленный «Великие военные подвиги д'Эпернона», представлял собой, когда его откроешь, пустой лист с единственным словом «ничто». Католические демагоги ополчились на него и на короля за неэффективность действий на поле битвы: затраты денег и людской силы велики, а Генрих Наваррский все еще гуляет на воле.

Когда итоги дискуссий Лиги были объявлены королю, он решил, что никогда более не допустит подобной наглости, хотя, во избежание столкновений, воздержался от комментариев. Требования Лиги стали намного жестче по сравнению с первоначальным вариантом. От короля ждали претворения в жизнь договора при Немуре, сам же он должен был беспрекословно вступить в Лигу. Требовали также публикации постановлений Трентского Собора и введения во Франции святейшей инквизиции. Как следствие, все важные должности в государстве у нечленов Лиги отбирались, и большое количество городов передавалось под контроль Лиги. Последнее условие прикрывало простое желание католиков захватить для себя побольше крепостей. Владения и собственность протестантов подлежали продаже, а часть вырученных денег пойдет на военные нужды.

Внешняя политика Франции, по сути, расколотой на два государства (протестанты — на юге, католики — на севере и в центре), выглядела весьма курьезно и противоречиво. Будучи связанной оборонительным союзом с Англией, она — в лице Лиги — помогала Испании готовиться к походу против английских еретиков. Гизы, получавшие помощь от герцога Пармского из Нидерландов, захватили Пикардию, но не сумели взять Булонь. Филипп, «милостью коего он [Гиз] жил», нуждался в портах Ламанша и землях вдоль берега для вторжения своего флота и сухопутных частей. А еще ему была нужна абсолютная уверенность, что король не станет помогать Елизавете и каким-либо образом препятствовать его наступлению. Соответственно, было запланировано, что, под воздействием священников Лиги и парижской смуты, короля захватят врасплох. Народное восстание под руководством Гизов обезвредит монарха, и он лишится возможности активно влиять на события как раз перед тем, как Армада высадится и начнет атаку.

Екатерина давно уже похоронила надежду, что Наваррский сделает всем, кроме Гизов, одолжение и вновь примет католичество, и вместо этого начала прибиваться к Лотарингскому семейству с мыслями о будущем. Ее связи с этой династией были очень сильны. Герцог Лотарингский был ее зятем, и она надеялась счастливо устроить браки для внуков. Талантливая сваха, она добивалась союза между дочерью герцога Лотарингского, Кристиной, и Фернандо Медичи, новым великим герцогом Тосканским (Козимо I умер в 1574 году, ему наследовал Франческо Медичи, также скончавшийся 9 октября 1587 года).

Несмотря на внешнее давление, осложнявшее отношения, Екатерина сохранила близкую дружбу с герцогиней де Немур, матерью герцога де Гиза, а также ухитрялась тепло общаться с самим герцогом. Она знала его с рождения и в некотором смысле воспринимала его, со всеми братьями и сестрами, как часть своей семьи. Она проявляла внешнюю сердечность даже к наиболее ревностной участнице Лиги, герцогине де Монпансье, но как при этом она воспринимала золотые ножницы, всегда болтавшиеся у той на поясе, трудно даже представить. Однако не оставалось сомнений: главной причиной дружбы с герцогом и его семьей было желание защитить сына. Генрих по-прежнему был единственным человеком, действительно значившим для нее все самое важное в жизни.