В связи с переездом на новое место (а это был район Ардуик, в одной миле к востоку от центра города), комитет клуба решил изменить его название. Теперь он стал именоваться «Ардуик АФК». Соответствующий циркуляр был подписан 23.08.1887, а уже через неделю в отеле «Хайд Роуд» состоялось первое заседания переименованного клуба, который с 1887 года стал профессиональным (его игроки стали получать деньги в благодарность за свои услуги).

В 1889 году 31-летний Лоуренс Фернисс (тяжелая травма колена, полученная в сезоне 1886/1887, не позволяла ему больше выходить на футбольное поле) становится секретарем-менеджером «Ардуик АФК», взвалив на свои плечи все организационные и селекционные вопросы, а 04.10.1890 клуб дебютировал в розыгрыше Кубка Англии, разгромив в предварительном раунде со счетом 12:0 клуб «Ливерпуль Стэнли». Хет-трик в этом матче оформил прибывший из клуба «Болтон Уондерерс» Дэвид Уир, по два мяча провели Уильям Маквинни, Ходгеттс, Кэмпбелл и Раштон, один гол забил Дэнни Уиттл. Ворота манукианцев в этом матче защищал шотландец Уильям «Хью» Дуглас, который в 1894 году перейдет в «Манчестер Юнайтед».

В 1891 году «Ардуик АФК» впервые выигрывает Большой Кубок Манчестера (в финале со счетом 1:0 был побежден «Ньютон Хит») и присоединяется к лиге Футбольный Альянс. В сезоне 1891/1892 «Ардуик АФК» занимает 6-е место в турнире Футбольного Альянса (+6=6–10, мячи 39–51), в Кубке Англии терпит разгромное поражение от «Ньютон Хит» (1:5), в мужском Кубке Ланкашира уступает «Аккрингтону» с унизительным счетом 0:6, но при этом во второй раз выигрывает Кубок Манчестера. На сей раз в финале побежденным оказался «Болтон» (4:1). Лучшим бомбардиром «Ардуика» в этом сезоне стал прибывший из «Черка» 19-летний валлиец Хью Моррис, в 23-х матчах забивший 10 голов.

Учитывая успехи клуба за последние годы, Комитет Футбольной Лиги в апреле 1892 года приглашает «Ардуик АФК» в свой новый второй дивизион в качестве одного из членов-учредителей. Первый лиговый матч «Ардуик» провел 03.09.1892 и со счетом 7:0 разгромил мерсисайдский клуб «Бутл». Хет-трик в этом матче оформил Джо Дэвис, «дубль» на счету Хью Морриса, по мячу провели шотландец Джон («Джек») Уильям Ангус из клуба «Терд Ланарк» и Дэви Уир. В дебютном матче цвета клуба защищали: Уильям Дуглас, Джон Маквиккерс (из «Аккрингтона»), Дэвид Робсон, Харри Миддлтон, Дэви Расселл, Уильям Хопкинс, Джо Дэвис, Хью Моррис, Джек Ангус, Дэви Уир, Боб Миларви (уроженец Гортона ранее играл за «Сток», «Дерби Каунти» и «Ньютон Хит»).

По итогам дебютного лигового сезона 1892/1893 команда заняла 5-е место среди 12 участников (+9=3–10, мячи 45–40), хотя долгое время подопечные Лоуренса Фернисса шли в лидерах. Лучшим бомбардиром клуба стал Дэви Уир, в 14 лиговых матчах забивший 8 голов. Джо Дэвис отличился 7 раз в 12 матчах.

В 1893 году первым штатным секретарем-менеджером «Ардуика», получавшим пятьдесят шиллингов в неделю, становится необычайно инициативный и динамичный Джошуа Парби (он был связан с пововаренной отраслью и приехал в Манчестер с целью открыть собственный паб, в связи с чем и оказался сначала в отеле «Хайд Роуд», а затем и в правлении «Ардуик АФК), по инициативе которого, как считают некоторые исследователи, клуб через год меняет свое название на «Манчестер Сити».

Это должно было подчеркнуть, что клуб, в отличие от своего «местечкового» предшественника, впервые в истории региона, представляет весь Манчестер и всех его жителей (манукианцев), независимо от их социального статуса, уровня доходов, национальности или места рождения. И это, по замыслу руководства клуба, должно было привлечь на домашние матчи новых поклонников. По сути, был создан новый клуб, так как в начале 1894 года «Ардуик АФК», переживавший серьезные финансовые затруднения (доходило даже до того, что игроки добирались на выездные матчи поездом «зайцами», так как денек на дорогу в кассе не было), практически обанкротился.

Новое руководство провело масштабную реорганизацию внутри клуба и 16.04.1894 на свет официально появилось акционерное общество с ограниченной ответственностью «Манчестер Сити ФК» (Manchester City Football Club Limited). При этом, Лоуренс Фернисс (он ушел с тренерской должности в возрасте 34 лет, проведя в Лиге с августа 1889 по май 1893 года 23 матча, и до 1989 года оставался самым молодым менеджером в истории клуба, пока это достижение не превзошел Питер Рид) взял на себя всю ответственность за банкротство «Ардуик АФК» и через какое-то время за счет собственных средств расчитался со всеми кредиторами. Для этого ему даже пришлось на три года отложить собственную свадьбу!

Мало того, взятые Ферниссом обязательства по погашению долгов (всего-то 70 фунтов!) положительно отразились на голосовании при переизбрании «Манчест Сити» в Футбольную Лигу. В 1916 году Фернисс некоторое время исполнял обязанности председателя клуба, а с 1921 по 1928 год занимал этот пост на постоянной основе и именно он инициировал переезд «Манчестер Сити» в 1923 году на стадион «Мейн Роуд». Ферниссу также принадлежит заслуга в приглашении в клуб Билла Мередита.

В 1894 году изменился не только юридический статус клуба, но и его форма. Вместо белых рубашки стали небесно-голубыми, шорты вместо темно-синих – белыми, и лишь гетры остались темно-синими. Только в начале 50-х годов «Манчестер Сити» стал играть в голубых гетрах с белыми поперечными полосами.

Первый сезон под руководством Парби (по мнению некоторых историков навыки менеджера и футбольной тактики бывший стаффордширский бухгалтер получил в «Сток Сити», за который некоторое время играл еще в допрофессиональную эру, а потом был членом комитета этого клуба) команда завершила на 13-м месте среди 15 участников (+8=2–18, мячи 47–71), в связи с чем клуб, уже под новым именем, прошел процедуру переизбрания в Футбольную Лигу, а в сезоне 1894/1895 «Манчестер Сити» финишировал девятым среди 16 команд (+14=3–13, мячи 82–72).

В конце мая 1895 года Джошуа Парби, посчитав, что своей главной цели в футболе – поднятию престижа «Манчестер Сити» среди болельщиков, он достиг (действительно, поддержка команды жителями города выросла довольно быстро – до 20 тысяч человек приходили почти на каждый матч, оказывая шумовую поддержку с помощью горнов и барабанов), решил вернуться к торговле пивом, но при этом до 1905 года входил в комитет клуба и был одной из влиятельных фигур в его составе. Всего как тренер «Сити» Парби провел 58 матчей, из которых 22 выиграл и 31 проиграл.

В сезоне 1894/1895 в составе «Манчестер Сити» состоялся целый ряд интересных дебютов. В воротах появился бывший голкипер лондонского «Арсенала» Чарльз («Чарли») Альберт Уильямс. В «Сити» Уильмс за 8 сезонов (1894–1902) провел 232 лиговых матча, а в анналы истории футбола он вошел тем, что стал первым голкипером, который забил гол в ворота противоположной команды (14.04.1900 голкипер поразил ворота «Сандерленда»). Завершив карьеру игрока, Уильямс стал тренером, возглавив в 1908 году национальную сборную Дании, которую привёл к завоеванию серебряных медалей на Олимпиаде 1908 года.

Еще один дебютант – бывший форвард клуба «Нортвич Виктория» Патрик («Пат») Файнхрэн, стал в этом сезоне лучшим бомбардиром «Манчестер Сити», забив в 30 матчах 15 голов. В «Сити» он отыграл три сезона, забив 27 голов в 89 матчей, а в марте 1897 года его продали «Ливерпулю» за 150 фунтов. 12 голов в 18 встречах забил в сезоне 1894/1895 бывший партнер Файхрэна по «Нортвичу» Уильям («Билли») Генри Мередит – одна из знаковых фигур в истории «Манчестер Сити».