Ставший в 1894 году администратором «Ардуика» Лоуренс Фернисс впервые заметил талантливого валлийца когда судил один из матчей с участием «Нортвича». Мередит также сыграл в обеих встречах между «Нортвичем» и «Ардуиком» в сезоне 1893/1894. По совету Фернисса на переговоры с Мередитом в Уэльс отправились Джошуа Парби и председатель клуба Джон Чепмэн. По легенде, их сначала прогнали недоверчивые местные жители, но затем всё-таки им было разрешено говорить с Мередитом после того, как они заказали выпивку его коллегам-шахтёрам.

После долгих уговоров Мередит всё-таки согласился подписать контракт с «Манчестер Сити», но лишь в качестве любителя. Он продолжал работать в шахте ещё, по крайней мере, год, уезжая из родного Черка лишь для футбольных матчей. Дебют Мередита за «Манчестер Сити» состоялся 27.10.1894 в матче против «Ньюкасл Юнайтед», в котором «Сити» проиграл со счётом 4:5. Неделю спустя, 3 ноября, Мередит сыграл свой первый матч на домашнем стадионе «Сити» – против «Ньютон Хит». Эта встреча стала первым в истории манчестерским дерби в рамках Футбольной Лиги. В этом матче харизматичный правый крайний, игравший с зубочисткой во рту, забил два гола, но победу со счётом 5:2 одержал «Ньютон Хит». В январе 1895 года Мередит подписал профессиональный контракт с «Сити».

В августе 1895 года новым менеджером «Манчестер Сити» стал 47-летний Сэм Ормерод. В 70-х годах XIX века он был довольно известным игроком в родном Аккрингтоне (графство Ланкашир). В 1876 году Ормерод стал одним из основателей клуба «Аккрингтон ФК», с которым выиграл Кубок Ланкашира в 1881 году, а семь лет спустя его клуб был среди учредителей Футбольной Лиги. Завершив игровую карьеру, Сэм Ормерод с 1883 года судил лиговые матчи, после одного из которых, с участием «Болтона», толпа болельщиков догнала рефери на железнодорожной станции и избила. Это событие чуть было не привело к исключению «Болтона» из рядов Футбольной Ассоциации.

В первый же сезон под началом Ормерода команда, набрав одинаковое количество очков с «Ливерпулем», финишировала на втором месте и получила право участвовать в тестовых матчах с «Вест Бромом» и «Смолл Хит». Выиграв лишь одну встречу из четырёх (у «Смолл Хит» со счетом 3:0; в повторном матче с этим соперником, который вскоре стал называться «Бирмингем Сити», манукианцы потерпели разгромное поражение со счетом 0:8), «Сити» на этот раз не смог решить задачу по выходу в первый дивизион.

Лучшими бомбардирами «Сити» в сезоне 1895/1896 стали Билли Мередит и Сэнди Роуэн, прежде выступавший за «Бертон Свифтс». Первый забил 12 голов в лиговых матчах и один в тестовом, а второй – 11 в Лиге и два в тестовых встречах.

Следующий сезон был менее удачным – «голубые» заняли только шестое место. В сезоне 1897/1898 «Манчестер Сити» занимает в турнире 3-е место (звание лучшего бомбардира клуба завоевал пришедший из «Линкольн Сити» Билли Гиллеспи, забивший в 30 лиговых играх 18 голов), а в следующем году становится победителем второго дивизиона, опередив на шесть очков «Глоссоп Норт Энд». Форварды «Сити» забили в этом году больше всех (92 гола), а вратарь и защитники (Чарли Уильямс, Ди Джонс и Дик Рэй), надежно сыграв в обороне, пропустили меньше всех (35 мячей). «Голубые» выиграли 23 матча, 6 завершили вничью и 5 проиграли.

Билли Мередит в 33 лиговых матчах забил 29 голов, оформив при этом 4 хет-трика, Билли Гиллеспи отличился 17 раз, а пришедший из «Блэкпула» Фрэд Уильямс-11. К тому времени Билли Мередит уже стал любимцем болельщиков, прозвавших его «Валлийским волшебником» (Welsh Wizard), и собирал множество зрителей на любое событие, которое он посещал, как на футбольном поле, так и за его пределами.

В своем дебютном матче в элите «Манчестер Сити» 02.09.1899 проиграл на стадионе «Ивуд Пару» со счетом 3:4 «Блэкберну». Первые голы «Сити» в первом дивизионе забили Билли Мередит, приглашенный из «Бернли» шотландец Джимми Росс и Фрэд Уильямс. Вот, кто защищал цвета «Сити» в этом историческом матче: Чарли Уильямс, Дик Рэй, Ди Джонс, Бобби Моффатт, Уильям «Бакстон» Смит (в это время в команде играл еще один Уильям Смит, и чтобы футболистов не путать, им дали прозвища по имени тех клубов, откуда они пришли – «Бакстон Смит» и «Стокпорт Смит»), Билли Холмс, Билли Мередит, Джимми Росс, Билли Гиллеспи, Фрэд Уильямс, Джордж Дугал.

Дебют «Сити» можно назвать удачным: команда финишировала в верхней половине таблицы, на 7-м месте. «Голубые» по 13 матчей выиграли и проиграли, а 8 завершили с ничейным результатом. Соотношение мячей: 50–44. В следующем году «Манчестер Сити» занял 11-е место (бывший форвард «Ньютон Хит», первым забивший в его составе 100 голов, и «Селтика» Джо Кэссиди провел 14 мячей и опередил Мередита и Гиллеспи в споре лучших бомбардиров клуба, однако вскоре его продали в «Мидлсбро» за 75 фунтов стерлингов, посчитав, что он не заслуживает зарплату в размере 4 фунтов в неделю), а в сезоне 1901/1902 – последнее, 18-е. Так команда вылетела во второй дивизион. Учитывая такой результат, а также появившуюся задолженность клуба в размере тысячи фунтов, Сэм Ормерод в июле 1902 года подал в отставку.

Новым менеджером «Манчестер Сити» стал Томас («Том») Эдвард Мейли по прозвищу «Красивый Том из Глаго» (Handsome Tom). Он родился в Портсмуте в семье шотландского военнослужащего, после переезда в Шотландии выступал за клубы «Партик Тисл», «Данди Харп», «Хайберниан», «Терд Ланарк», «Селтик», а с 1891 года играл за «Престон» в качестве любителя. По профессии он был школьным учителем, преподавал и был заведующим промышленного училища в Глазго. В 1897 году его пригласили в «Селтик» на административную работу и назначили директором. Его брат – Уильям («Вилли») Партик Мейли, вместе с Томом был одним из первых игроков в составе «Селтика», а в 1897 году стал первым официальным наставником глазговцев, а потом – одним из лучших менеджеров в истории клуба.

Уже в сезоне 1902/1903 «Сити» выиграл турнир второго дивизиона, на три очка опередив «Смолл Хит». Победители одержали в этом сезоне 25 побед, забив 95 голов в 34 матчах. Лучшими бомбардирами клуба стали Билли Гиллеспи (30 голов), Билли Мередит (22), Джимми Бэннистер и Сэнди Тернбулл (оба по 13).

Появились в клубе и новые лица. Так, ворота стал защищать Джек Хиллман, прибывший из «Бернли» (в его активе был даже один матч в составе сборной Англии). Умершего при трагических обстоятельствах правого защитника сборной Уэльса и большого друга Билли Мередита Ди Джонса заменил шотландец Томми Хайндс, прежде защищавший цвета «Селтика» и «Болтона» (позже его перевели в полузащиту), а беки Роберт Дэвидсон и Джонни Макмэн (он раньше играл в «Престоне») составили конкуренцию за место в основном составе Билли Холмсу и Бобби Моффатту. Правый инсайд Джимми Бэннистер прежде играл за любительские команды «Лейленд Темперанс» и «Чорли», а 18-летний шотландский форвард Александр («Сэнди») Тернбулл прибыл в «Сити» из скромного «Херлфорд Тисл»

Вернувшись в элиту, «Манчестер Сити» сходу стал вице-чемпионом Англии, пропустив вперед только «Шеффилд Уэнсдей». Команда Тома Мейли стала самой результативной в этом сезоне, забив в ворота соперников 71 гол. В этом же сезоне «голубые» впервые пробились в финал Кубка Англии и стали его победителями.

На пути к решающему матчу «Сити» переиграл «Сандерленд» (3:2), «Вулвич Арсенал» (2:0), «Мидлсбро» (0:0, 3:1) и «Шеффилд Уэнсдей» (3:1). Финальный поединок состоялся 23.04.1904 на лондонском стадионе «Кристал Пэлас». Соперником «Манчестера» стал «Болтон Уондерерс». В финал самого старого футбольного турнира сразу две команды Ланкашира вышли впервые и поэтому на игру прибыло 30 тысяч ланкаширцев, многие из которых ночевали на вокзалах.