Принц Сулейман и его сторонники, в число которых входил визирь Баязида Чандарли Али-паша, приняли стратегическое решение оставить Малую Азию Тамерлану и взять на себя управление западными землями его отца. Как и у османов, у Тамерлана были свои летописцы, и они тоже придерживались определенных правил: заботясь, чтобы его неспособность преследовать Сулеймана не была воспринята как слабость, официальный историк Тамерлана Шараф аль-Дин Язди писал, что его господин обменивался послами с Сулейманом, который признал сюзеренитет, и в ответ ему была дарована свобода действий в Румелии. Сулейман начал переговоры с христианскими державами на Балканах, стремясь предотвратить осуществление их исторических претензий на румелийские территории его ослабленного государства, которое тем не менее все еще оставалось самым крупным в регионе. Его быстрые действия также не позволили его балканским вассалам, византийским, сербским и латинским, извлечь такую же большую выгоду, как удалось бывшим эмирам Малой Азии, из распада османского государства. Тем не менее по условиям соглашения, заключенного в Гелиболу в 1403 году, принц Сулейман согласился на территориальные уступки, немыслимые всего несколько месяцев назад. Более того, Византия была освобождена от вассального статуса, равно как и некоторые латинские анклавы; если бы не разногласия сербских правителей, Сербия тоже могла бы освободиться от вассальной зависимости. Юго-западное побережье Черного моря и город Фессалоники были среди выгод, полученных византийским императором Мануилом II, который добился дополнительных значительных уступок в соглашении с Сулейманом о взаимопомощи в случае нападения Тамерлана. Поскольку страх Византии перед османами таким образом уменьшился, Мануил осмелился изгнать османских купцов, разместившихся в Константинополе, и разрушить мечеть, недавно построенную в городе для нужд общины. И Венеция, и Генуя добились выгодных торговых договоров в землях, которые контролировал Сулейман. Согласно сообщению венецианского посредника, ведшего переговоры, Пьетро Зено, гази Эвренос-бей выступал против отказа членами Османского дома от земель, которые были завоеваны им и его приближенными пограничными властителями.

Наиболее известная версия последующих событий принадлежит перу анонимного панегириста принца Мехмеда, окончательного победителя в гражданской войне. После битвы при Анкаре Мехмед удалился в свою ставку в северо-центральной Малой Азии, чтобы снова появиться, когда сам Тамерлан отправился обратно на восток в 1403 году. Затем Мехмед разгромил принца Ису в сражении к югу от Мраморного моря и занял Бурсу, находившуюся в руках Исы; впоследствие его войско было вовлечено в стычки с различными местными властителями, защищавшими свою вновь обретенную независимость от османского владычества. Похоже, принц Иса дал бой армии Тамерлана в Кайсери, после чего укрылся в северо-западной Малой Азии, где и был убит Сулейманом в 1403 году. Соглашение, заключенное принцем Сулейманом в Гелиболу, обеспечило ему период стабильности на Балканах. В 1404 году он переправился в Малую Азию и отбил Бурсу и Анкару у принца Мехмеда, который отступил в Токат на севере центральной Малой Азии. Сулейман правил в Румелии и Малой Азии вплоть до Анкары, и казалось, что его будущее в качестве преемника своего отца было обеспечено, и в самом деле некоторые историки считают, что он уже стал султаном, упоминая его как Сулеймана I.

Тем не менее в 1409 году на сцене появился новый персонаж и стал угрожать владениям Сулеймана. Его младший брат принц Муса был отпущен Тамерланом в 1403 году под опеку эмира Гермияна, который в свою очередь перепоручил его Мехмеду. Нападение на Сулеймана произошло с абсолютно неожиданной стороны: Муса приплыл в Валахию из порта Синоп на севере Малой Азии, где обрел плацдарм, женившись на дочери валашского воеводы Мирчи. Мирча перенес на Сулеймана свою ненависть к Баязиду и полагал, что встать на сторону Мусы послужит его выгоде. Военная кампания Мусы в Румелии не обошлась без неудач, но к маю 1410 года он занял столицу Сулеймана в Эдирне и достиг Гелиболу, вынудив Сулеймана с некоторой поспешностью уйти из Малой Азии. Император Мануил видел в борьбе за наследство свое спасение и старался продлить ее: он вернул себе контроль над путями между Малой Азией и Румелией в результате соглашения 1403 года и помогал Сулейману переправляться через Босфор. Но вскоре Сулейман был казнен по приказу Мусы близ Эдирне, будучи пьяным, если верить анонимному летописцу, и поле битвы осталось за Мехмедом и Мусой.

Таким образом принц Муса унаследовал владения своего брата Сулеймана и в Румелии, и в Малой Азии и с трудом управлял ими последующие два года. Сын Сулеймана Орхан нашел убежище в Константинополе и, опасаясь, что тот может стать центром заговора против него, Муса осадил Константинополь осенью 1411 года, но безрезультатно. Постепенно советники и командиры покидали его, а брат, принц Мехмед, с помощью Мануила переправился через Босфор и встретился с Мусой в битве около Чаталджи во Фракии, затем Мехмед вернулся в Малую Азию. Хотя Муса победил, его земли в Румелии были захвачены войсками его бывшего союзника Стефана Лазаревича, который заплатил за это на следующий год, когда Муса отомстил, напав на несколько сербских крепостей.

В 1413 году Орхан высадился в Фессалониках, возможно при содействии императора Мануила, который надеялся отвлечь Мусу от Сербии. Муса сумел пленить Орхана, но по каким-то причинам отпустил его и не смог снова захватить Фессалоники.

Соседние государства считали принца Мусу, не без помощи Валахии, большей угрозой, чем принц Мехмед. Стефан Лазаревич предложил Мехмеду присоединиться к нему в совместном походе против Мусы; Мануил также принял сторону Мехмеда, предоставив суда для перевозки его людей в Румелию еще раз и снабдив его войска продовольствием. К тому времени, когда две армии встретились к югу от Софии, армия Мехмеда включала воинов из эмирата Дулкадир в юго-восточной Малой Азии, благодаря женитьбе Мехмеда на дочери эмира, византийские войска, предоставленные императором, сербские, боснийские и венгерские войска под командованием Стефана Лазаревича, войска из Айдына, чья приверженность Мусе была тверда еще накануне битвы, и войска Румелии под командованием пограничного властелина гази Эвренос-бея. Армия Мусы атаковала решительно, но в конечном итоге была обращена в бегство. Он упалпри столкновении лошадей и был убит одним из командиров Мехмеда.

Со смертью принца Мусы в 1413 году гражданская война, похоже, закончилась, спор решился в пользу принца Мехмеда, с этого времени известного как султан Мехмед I. Первой заботой султана Мехмеда стало завоевание лояльности различных малоазийских эмиратов, которые поддерживали его в военном отношении, но не хотели отказываться от независимости, которую они вновь обрели после победы Тамерлана при Анкаре в 1402 году. Особенно решительное сопротивление Мехмед встретил со стороны Карамана, а также Джунейда, эмира Айдына; крепость Джунейда в конечном итоге была взята с помощью союзников, включавших генуэзцев Хиоса, Лесбоса, Фочи (Фокайи) и рыцарей-госпитальеров с острова Родос. Джунейд был назначен правителем Никополя на Дунае, место победы султана Баязида над крестоносцами в 1396 году. Назначение бывших мятежников на государственные посты было лейтмотивом административной практики османов уже в те далекие времена. Османы полагали более благоразумным располагать к себе побежденных местных властителей, а позднее и слишком независимых государственных подданных, с помощью доли в правительственном вознаграждении, чем убивать их, рискуя спровоцировать дальнейшие волнения среди их сторонников.