Самым опасным врагом Баязида на Балканах стало Венгерское королевство, в то время одно из крупнейших государств Европы. Поскольку оно устояло перед монгольским нашествием середины XIII века и служило интересам папы, посылая миссионеров искоренения ереси православия и богомилов, оно считалось западным бастионом католической Европы. Венгерская и османская сферы влияния столкнулись после битвы на Косовом поле, и теперь Баязид намеревался подорвать попытки Венгрии сплотить своих балканских союзников. В 1393 году он аннексировал владения непокорного Иоанна Шишмана в придунайской Болгарии, чтобы противостоять набегам на южный берег Дуная валашского воеводы Мирчи (Старого), вассала Венгрии. В 1395 году Баязид пошел войной на Мирчу, заключившего оборонительный договор с Венгрией, Мирча вынужден был бежать. В том же году было завершено завоевание османами Македонии. Такие успехи османов на Балканах придали характер безотлагательности венгерским призывам о помощи со стороны Запада, и на этот раз угроза совпала с редким периодом единения между потенциальными крестоносцами, в основном рыцарями Франции и Англии, и их правительствами. 25 сентября 1396 года армии крестоносцев встретились с османскими силами под командованием Баязида под Никополем на Дунае. Крестоносцев больше воодушевляли успехи их предшественников нежели религия. В своем нетерпении встретиться с врагом французские рыцари отказались признать, что валашские союзники короля Венгрии Сигизмунда обладают большим опытом сражений с мобильной османской кавалерией, чем громоздкие западные армии, и отстранили его от обшего командования. Несмотря на это, собственные силы Сигизмунда были близки к тому, чтобы обратить Баязида в бегство (хотя сам Сигизмунд был спасен лишь усилиями своего вассала Стефана Лазаревича), но итогом стала победа османов.

Успех под Никополем принес Баязиду контроль над Балканами к югу от Дуная. После битвы он впервые переправился через реку на территорию Венгрии, и его армия вторглась глубоко в страну. Молодой баварский крестоносец по имени Иоганн Шильтбергер описывает, как он едва избежал казни: на следующий день после битвы многие христианские пленники были хладнокровно убиты, но его пощадили в силу его молодости и оставили в плену вместе с несколькими дворянами. В отличие от него, захваченные с ним дворяне были выкуплены в течение девяти месяцев после ходатайства их лордов и подношения Баязиду дорогих подарков и 300 000 флоринов деньгами.[4]

Успехи Баязида не произвели впечатление на его зятя Алаеддина. Караманидский правитель отказывался признать себя подданным османов. По словам Шильтбергера, бывшего в свите Баязида, когда тот вел победоносную армию на караманидский город Конья после победы на Дунае, он заявил: «Я такой же великий правитель, как и вы». За высокомерие Алаеддин поплатился жизнью, а эмират Караманидов утратил свою независимость.

Присоединение Карамана освободило от давления со стороны одного враждебного государства, но на восточной границе османам все еще угрожали: на севере Кади Бурхан аль-Дин Ахмад, ускользнувший от Баязида во время предыдущего похода. Кади Бурхан аль-Дин, поэт и образованный человек, узурпировал трон династии Эретна, чьей ставкой был Сивас, в северной Малой Азии. Османы считали себя наследниками государства Сельджуков в Малой Азии, и сопротивление Карамана их претензиям на господство было сопротивлением враждебного эмирата туркоманского же происхождения, а Кади Бурхан аль-Дин представлял наследников монгольской империи Чингиз-хана Ильханидов. Как вскоре доказали армии Тамерлана, уже тогда легендарного монгольского правителя Трансоксианы в Центральной Азии, монгольский вызов был гораздо более опасным. Различие между подданными османов и подданными Кади Бурхан аль-Дина отметил император Мануил II, когда сопровождал Баязида в походе на восток в 1391 году; он считает турецкое население западной Малой Азии «персами», распространенная византийская формулировка того времени, но называет народ Кади Бурхан аль-Дина «скифами», так именовали монголов.

К 1397 году осада Баязидом Константинополя превратилась в непрерывную блокаду, и император Мануил вновь ищет помощи за границей, чтобы спасти столицу Византии. В июне 1399 года после многочисленных дипломатических переговоров между Парижем, Лондоном, Римом и Константинополем король Франции Карл VI отправил на помощь Мануилу небольшую армию. Во главе ее стоял французский маршал Жан Бусико, один из рыцарей, захваченных под Никополем, заключенный в тюрьму, а затем освобожденный османами за выкуп. Бусико смог добраться до Мануила, только проложив путь сквозь османскую блокаду. Он понимал, что его армии недостаточно для освобождения Константинополя, и убедил императора отправиться в Европу и лично представить свои аргументы. В декабре он двинулся в обратный путь в сопровождении Мануила, сначала морем в Венецию, а затем по суше в Париж, где император задержался на шесть месяцев. 21 декабря 1400 года он прибыл в Лондон, где король Генрих IV встречал его на въезде в город. Несомненное благочестие и искренность завоевали ему всеобщую симпатию, а появление его экзотической свиты из бородатых священников вызывало удивление, где бы они ни появлялись в течение своего двухмесячного визита. Как писал английский хроникер того времени Адам Уск:

Принятый и Карлом и Генри с пышностью и по всем правилам этикета, Мануил был убежден, что какая бы помощь ему ни понадобилась для противостояния Баязиду, он ее получит. Но деньги, которые собирали для Мануила по всей Англии, похоже, куда-то исчезли (и вопрос их исчезновения был еще предметом расследования в 1426 году).

Мануил вернулся домой в начале 1403 года, чтобы обнаружить, что его мир сильно изменился. Его город был спасен от неминуемого разрушения событием, которое, казалось, предвещало конец османского владычества: поражением армии Баязида от войска Тамерлана при Анкаре (Анкире). Поражение Баязида перевернуло с ног на голову всю Малую Азию и принесло жесткие репрессии на Балканы. В долгой перспективе оно также позволило Константинополю просуществовать в качестве столицы Византии еще полстолетия.

Тридцатью годами ранее Тамерлан начал серию походов, которые привели его из Китая в Иран и завершились, насколько это касалось османов, противостоянием при Анкаре. Тамерлан считал себя преемником Чингиз-хана и таким образом наследником территорий сельджукидов-ильханидов в Малой Азии, что давало ему убедительные аргументы для использования разногласий среди пестрой смеси местных, все еще независимых династий. Баязид, правда, посягал на те же самые территории, и с захватом османами Сиваса после убийства его эмира Кади Бурхана аль-Дина Ахмада летом 1398 года сферы влияния Баязида и Тамерлана столкнулись в восточной Малой Азии. Баязид обратился с просьбой к калифу в Каире пожаловать ему титул «румского султана», наследовавшийся сельджукскими султанами Малой Азии. Тамерлан потребовал, чтобы Баязид признал его своим сюзереном, но Баязид недвусмысленно отказался. Убийца Кади Бурхана аль-Дина вождь туркоманского племенного союза Аккоюнлу («Белые овцы»), чья ставка была в Диярбакыре на юго-востоке Малой Азии, воззвал к Тамерлану, который ответил в 1399 году, начав самый длительный за все свое правление поход. Ему суждено было длиться семь лет.