В то же время Линкольн проявлял серьезную озабоченность «…полной приостановкой во многих местах всех обычных способов отправления государственными служащими гражданского правосудия и процедур действующего закона». Речь шла о территориях, где происходили военные действия и которые оказывались под контролем союзных войск. На территории северных штатов действовали обычные институты судопроизводства.

18 мая 1864 г. Линкольн распорядился закрыть типографии «New York World» и «New York Journal of Commerce» и арестовать их редакторов и издателей за публикации подложных прокламаций о новом призыве, хотя спустя всего три дня ограничения на публикации были сняты. Всего за время войны были закрыты 92 газеты (из 3700), а 111 пострадали от нападений толпы[1597].

В одном из своих писем президент писал об опасностях проюжных настроений на Севере: «Симпатии к мятежникам затронули все правительственные учреждения и население. Под покровительством „свободы слова“, „свободы прессы“ и „Habeas corpus“ они надеются утвердить среди нас эффективную группу шпионов, информаторов, помощников и пособников в их деле тысячами способов. Если, как это уже случалось, исполнитель должен приостановить приказ Habeas corpus. тогда может произойти и арест невиновного. Конечно, в таком случае поднимется шум, который может послужить на пользу только делу мятежников. Как бы глубоко я ни уважал гарантированные права личности, я буду постепенно одобрять жесткие меры, которые я имею право декретировать в пределах конституционных полномочий, как необходимые для общественной безопасности. Настало время, когда я должен скорее возложить на себя ответственность за несколько арестов, чем допустить, чтобы их было намного больше». Фактически Линкольн санкционировал такие действия, как введение военного закона и военных судов для гражданских лиц, подавление прессы, конфискацию собственности, запрет почтовым отделениям «рассылать изменническую корреспонденцию» [1598].

Во время Гражданской войны Линкольн трижды приостанавливал действие Habeas Corpus: 27 апреля 1861 г., 24 сентября 1862 г., несколько дней спустя после подписания Декларации об освобождении и 15 сентября 1863 г.[1599] Трудно указать точное число арестованных военными властями, однако в период с февраля 1862 г. до апреля 1865 г. 13 535 граждан подверглось арестам[1600]. Много шума наделали аресты южных агентов: Валандигэма в Огайо и Миллигана в Индиане.

Командующий Огайским военным округом генерал Э. Бернсайд издал приказ № 38, по которому на территории округа запрещались любые действия против правительства. Лидер «мирных демократов» (медянок) Клемент Валландигэм (1820–1871), поддержанный газетой медянок «Chicago Times», выступил с осуждением этого приказа. Издание газеты было приостановлено [1601].

В 1862 г. он был избран в Конгресс, где выступал за признание независимости южной Конфедерации, поскольку она имеет конституционное право на существование. Войну с ней стоит прекратить и начать переговоры о мирном сосуществовании двух государств. Выступая в Палате представителей 14 января 1863 г., Валландигэм заявил: «Я с самого начала осуждал нарушение законов и узурпацию власти президентом и его подчиненными, постоянные произвольные аресты, приостановку Habeas Corpus, посягательство на неприкосновенность переписки, частной собственности, свободы слова и печати, все многочисленные несправедливости и произвол, которые за прошедшие двадцать месяцев сделали эту страну одним из самых деспотичных мест на земле»[1602]. Валландигэм рьяно выступал против каждого военного закона[1603], президента он именовал «королем Линкольном», «тираном, разрушившим американские республиканские ценности своими деспотическими и незаконными действиями». В своей публичной речи 1 мая 1863 г. он заявил, что война ведется «не для того, чтобы спасти Союз, но для того, чтобы освободить черных и поработить белых»[1604]. 5 мая 1863 г. он был арестован, и 7 мая окружным военным судом приговорен к двум годам тюрьмы. Линкольн фактически помиловал его, выслав в Теннесси. Эта мера Линкольна вызвала протест среди активных сторонников Союза: «Если бы вы повесили Валландигэма (а это вы обязаны были сделать) и послали бы его возглавлять „медноголовых“ в аду… то это встретило бы одобрение всего народа», — писала одна из газет. Отпущенный на свободу, Валландигэм, погостив некоторое время у южан, направился затем в Канаду и оттуда осуществлял руководство антифедеральной деятельностью «Ордена американских рыцарей»[1605], продолжая свои выступления против Линкольна.

15 сентября 1863 г. Линкольн ввел военное положение, санкционированное Конгрессом (Martial Law). Закон позволил президенту приостановить действие Habeas Corpus на всей территории Соединенных Штатов. Верховный суд постановил, что введение Линкольном военного положения (путем приостановления действия Habeas Corpus) является неконституционным. В его решении содержался протест против рассмотрения действий гражданских лиц военными судами. Но на практике данное постановление не выполнялось.

В 1863 г. Верховный суд в деле Миллигана (Milligan case) решал вопрос о законности арестов гражданских лиц[1606]. Предыстория этого дела состояла в том, что Лэмбдин Миллиган (1812–1899) и четверо его помощников были обвинены в заговоре с целью похищения оружия из правительственного арсенала и попытке освобождения военнопленных конфедератов из лагеря для пленных в Индиане[1607]. Они планировали использовать освобожденных военнослужащих, чтобы свергнуть правительство Индианы и установить там власть сецессионистов. Обвиняемые были признаны виновными и приговорены к повешению военным судом в 1864 г.[1608] Они были помещены в тюрьму, но приведение приговора в исполнение было отсрочено до мая 1865 г. с тем, чтобы они могли оспорить дело после окончания Гражданской войны.