Зимой 1885 года «Ньютон Хит» впервые стал участником розыгрыша мужского Кубка Манчестера (Manchester and District Senior Cup) в котором участвовали клубы из графства Большой Манчестер. В первом раунде соперником «язычников» стал клуб «Экклз», который был обыгран 31.01.1885 со счётом 3:2. «Экклз» подал апелляцию на результат матча и она была удовлетворена. Две недели спустя состоялась переигровка, которая завершилась со счетом 3:0 в пользу «Ньютон Хит».

Во втором раунде со счетом 3:0 был обыгран ФК «Манчестер», а в полуфинале – команда колледжа «Далтон Холл Оуэнс» (4:3). В финальном матче, который прошёл на стадионе «Уолли Рейндж» на юге Манчестера 25.04.1885, «язычники» проиграли клубу «Херст» со счётом 0:3.

Через год «Ньютон Хит» вновь достиг финала Кубка Манчестера, в котором принимали участие только футболисты-любители. В полуфинале «язычники» взяли реванш за поражение в прошлом сезоне у «Херста» (3:1), а решающем матче победили ФК «Манчестер» со счетом 2:1 (отличились Блэк и Уоткинс). А в розыгрыше Кубка Ланкашира сезона 1885/1886, который впервые разыгрывался отдельно для мужчин и юниоров, «Ньютон Хиту» позволили выступать лишь в турнире младших команд, где «язычники» в первом же раунде проиграли клубу «Литэм» со счетом 3:6. По другой информации, обиженное руководство «Ньютон Хит» решило вообще не выставлять свою команду в играх Малого Кубка Ланкашира.

Летом 1886 года «Ньютон Хит» подписал первых профессиональных футболистов. Доходов клуба не хватало для выплаты зарплат игрокам, из-за чего стоимость входных билетов на «Норт Роуд» решили поднять в два раза.

В сезоне 1886/1887 «Ньютон Хит» дебютировал в розыгрыше Кубка Англии. Соперником «язычников» в первом раунде стал клуб «Флитвуд Рейнджерс». Матч завершился со счётом 2:2, а оба гола за «Ньютон Хит» забил Джек Даути, прежде выступавший за валлийский «Друидс». И в «Друидсе» и в «Ньютон Хит» он играл вместе со своим братом Роджером. Оба защищали цвета сборной Уэльса.

После завершения 90 минут матча главный арбитр назначил дополнительное время, но капитан «Ньютон Хит» Джек Пауэлл отказался играть, настаивая на назначении переигровки. «Флитвуд» пожаловался в Футбольную ассоциацию, которая присудила «язычникам» техническое поражение за отказ подчиняться требованиям судьи. После этого «Ньютон Хит» в знак несогласия с решением Футбольной ассоциации решил бойкотировать Кубок Англии, что продолжалось до 1889 года.

В своем первом общенациональном кубковом поединке «Ньютон Хит» играл таким составом: Роберт Бэкетт, Джон Пауэлл, Дж. Митчелл, Том Берк (ранее выступал за валлийские клубы «Рексем Олимпик» и «Ливерпуль Кэмбрианс»), Джо Дейвис, Эдвард Хауэллс, Джон Ирп, А. Лонгтон, Джек Даути, Джеймс Готеридж, Л. Дейвис.

В финале розыгрыша Большого Кубка Манчестера «Ньютон Хит» проиграл клубу «Уэст Манчестер» со счетом 1:2.

В сезоне 1887/1888 «Ньютон Хит» вновь выиграл Кубок Манчестера, победив в финале со счетом 7:1 клуб «Уолли Рейндж». Хет-трик в этом матче оформил Джек Даути, «дубль» на счету его брата Роджера, по мячу провели Джо Дейвис и Том Берк. Летом 1888 года «Ньютон Хит» подал заявку на вхождение в Футбольную Лигу Англии, но получил отказ. После этого клуб стал одним из членов-основателей альтернативной лиги под названием «Комбинация», созданной для команд с севера Англии. Свой первый лиговый матч «Ньютон Хит» провел 22.09.1888 против клуба «Дарвен» и выиграл со счетом 4:3. Отличились Джек Даути (дважды), Роджер Даути и Дж. Гейл.

Уже в апреле 1889 года Комбинация столкнулась с организационными и финансовыми трудностями и была распущена ещё до завершения сезона. На момент роспуска лиги «Ньютон Хит» успел провести 12 матчей (+8=2–2) и лидидировал в турнире. В основном составе «язычников» в этом сезоне играли: Том Хей (из «Бёрслем ФК»), Эндрю Митчелл (из шотландского «Эйрдрионианса»), Джек Пауэлл, Том Берк, Джо Дейвис, Джек Оуэн (обладатель Кубка Уэльса в составе «Черка»), Джеймс Готридж, Джек Даути (всего провел 49 матчей и забил 39 голов, в т. ч. забил 12 голов в 15 официальных встречах), Роджер Даути, Дж. Гейл, Джордж Альфрэд Оуэн («Черк», бывший одноклубник и однофамилец братьев Уильяма и Джека Оуэн), Уильям Тейт.

Дебютировали в команде англичанин Альфрэд («Альф») Фармен, игравший прежде за «Астон Виллу» и «Болтон Уондерерс», и шотландец из клуба «Уорикшир Каунти» Уильям («Вилли») Стюарт. 07.04.189 Стюарт оформил первый лиговый хет-трик в истории «Ньютон Хит» в матче против «Смолл Хит». Интересно, чо в этом сезоне футболисты «Ньютон Хит» получали не регулярную еженедельную зарплату, а процент от выручки за проданные билеты. А играла команда в половинчатых бело-красных рубашках, темно-синих бриджах и гольфах.

В 1889 году группа из 12 клубов («Бирмингем Сент-Джорджес», «Бутл», «Дарвен», «Гримсби Таун», «Лонг Итон Рейнджерс», «Кру Александра», «Ноттингем Форест», «Ньютон Хит», «Смолл Хит», «Сандерленд Альбион», «Уолсолл Таун Свифтс» и «Уэнсдей») сформировала лигу Футбольный альянс. В стартовом матче нового турнира «Ньютон Хит» 21.09.1889 победил клуб «Сандерленд Альбион» со счетом 4:1. Голы забили Эдгар Уилсон, Джек Даути, Вилли Стюарт (с 10 забитыми в 19 матчах голами он стал лучшим бомбардиром клуба в этом сезоне) и Уильям Тейт.

В первом сезоне существования Футбольного альянса (1889/1890) «Ньютон Хит» финишировал на восьмом месте (+9=2–11, мячи 40–45). Также клуб выиграл Большой Кубок Манчестера, победив в финале клуб «Ройтон» со счетом 5:2. Хет-трик оформил дебютант Томас Крейг, по мячу провели Джордж Оуэн и Альф Фармен. А вот очередная попытка выступления в Кубке Англии вновь оказалась неудачной – 18.01.1890 «язычники», открыв счет уже на 5-й минуте (отличился Крейг), в итоге проиграли клубу «Престон Норт Энд» со счетом 1:6.

В следующем году «Ньютон Хит» официально отказался от добавления «Ланкашир энд Йоркшир Рейлуэй» в своём названии. Железнодорожная компания перестала спонсировать клуб, но большинство игроков «Ньютон Хит» все ещё составляли работники «Ланкашир энд Йоркшир Рейлуэй». В сезоне 1890/1891 «Ньютон Хит», который ввел в состав пять новых игроков, занял в Футбольном альянсе 9-е место. В финале Кубка Манчестера «язычники» со счетом 0:1 проиграли клубу «Ардуик» (будущий «Манчестер Сити»).

В розыгрыше Кубка Англии «язычники», победив со счетом 2:0 «Хайер Уолтон», смогли пройти ло второго квалификационного раунда, где их остановили резирвиста «Бутла» (0:1). Лучшими бомбардирами стал Дэниел Робертсон («Роберт») Рэмзи, прибывший из «Стока», и Альф Фармен. Оба забили по 7 голов.

Сезон 1891/1892 стал для «Ньютон Хит» третьим и последним в Футбольном альянсе. Перед началом сезона Фрэда Аттока на посту президента клуба сменил высокопоставленный чиновник мэрии Т. Коннолли. Альфрэд Харолд Элбат, более известный как Эй Эйч Элбат, стал первым в истории клуба тренером (официально – секретарь). Он был назначен на этот пост в 1892 году и занимался всеми возможными вопросами по управлению клубом. До своего назначения на пост секретаря «Ньютон Хит» Элбат работал в «Астон Вилле».

Состав команды пополнили сразу четыре нападающих: шотландец Роберт («Боб») Дональдсон из «Блэкберн Роверс», Альф Эдж из «Сток Сити», Джон Снеддон и Артур Хенрис, а также опытный защитник Джон Эрнест Клементс из «Ноттс Каунти».