По итогам сезона клуб занял в этом турнире второе место, уступив «Ноттингем Форест» всего два очка. При этом «язычники» проиграли всего три матча и стали самой результативной командой турнира, забив в 22 матчах 69 голов. Боб Дональдсон забил больше своих одноклубников в лиге (20 голов), а Альф Фримен – во всех официальных турнирах (22). В конце сезона «Ньютон Хит» подал заявку на вхождение в состав Футбольной лиги, которая была удовлетворена.

В 1892 году произошло расширение Футбольной лиги, которая объединилась с Футбольным альянсом, и стала состоять из двух дивизионов. «Ньютон Хит» и «Ноттингем Форест» были приглашены в Первый дивизион. Перед стартом в компании сильнейших команд Англии «Ньютон Хит» пригласил сразу 10 новичков, в том числе 8 футболистов из Шотландии. Свой дебютный матч в элите «Ньютон Хит» провел 03.09.1892 на выезде против «Блэкберн Роверс» и проиграл со счетом 3:4. Голы у «язычников» забили Боб Дональдсон (забив за сезон 16 голов, он стал лучшим бомбардиром клуба, оформив, как и Стюарт, два хет-трика), Альф Фармен и шотландец Джимми Купар, прибывший из клуба «Данди Ауа Бойс». Дональдсон стал автором первого гола «язычников» в высшем дивизионе. Этот форвард, сразу же ставший любимцем публики, будет играть за «язычников» до декабря 1897 года, после чего уйдет в «Лутон Таун». На его счету 155 официальных матчей и 66 забитых голов.

В историческом стартовом поединке в первом дивизионе, который проходил под проливным дождем, цвета «Ньютон Хит» защищали: Джеймс Уорнер (дебютант из «Астон Виллы»), Джеймс Браун («Данди Олд Бойс»), Джон Клементс, Фредерик («Фрэд») Чарльз Эренц («Данди Олд Бойс»), Уильям Стюарт, Джордж Перринс («Бирмингем Сент-Джордж»), Уильям Мэтисон («Глазго Тистл», «Клейдесдаль ФК»), Альфрэд Фармен, Боб Дональдсон, Адам Карсон («Глазго Тистл»), Джимми Купар.

В сезоне 1892/93 «Ньютон Хит» занял последнее, 16-е место в турнирной таблице первого дивизиона (+6=6–18, мячи 50–85). Чтобы сохранить место среди сильнейших, клубу пришлось играть два тестовых матча против чемпионов второго дивизиона, клуба «Смолл Хит». Первая игра завершилась вничью (1:1), а в переигровке сильнее оказался «Ньютон Хит», победивший со счетом 5:2. Хет-трик на счету Альфа Фармена, по мячу провели Джимми Купар и еще один дебютант – Джо Кэссиди, прежде выступавший за шотландские клубы «Мотеруэлл» и «Блайт». В финале Кубка Манчестера «Ньютон Хит» со счетом 2:1 победил «Болтон Уондерерс» и в пятый раз стал обладателем этого трофея.

В результате раскола в отношениях между клубом и железнодорожной компанией, последняя отказалась оплачивать работы по реконструкции арены (улучшение дренажа поля, оборудование раздевалок с горячей водой, увеличение вместимости трибун) и арендную плату за землю. Оставшись без финансовой поддержки «Ньютон Хит» в конце мая 1893 года был выселен со стадиона. В июле команда переехала на новый стадион «Бэнк Стрит» в Клейтоне, в трех милях от «Норт Роуд». Рядом находился химический завод. Говорили, что когда «Ньютон Хит» проигрывал, предприятие извергало клубы едких токсичных газов, с целью дезорганизации игроков команды гостей. На своих эти отравляющие вещества не действовали. Привыкли.

В сезоне 1893/94 «Ньютон Хит», в составе которого дебютировали вратарь Джозеф «Джо») Уильям Фэлл («Мидлсбро Иронополисэед ФК»), Уилл Дэвидсон и Томас Фитцсиммонс (оба – «Аннбанк»), Джеймс Рэнкин Макнаф и Джек Педен («Линфилд»), Джон Кларкин («Глазго Тистл») и Сэм Паркер («Харлфорд ФК»), вновь завершил чемпионат на последнем 16-м месте (+6=2–22, мячи 36–72), и вновь сыграл тестовый матч, на этот раз с «Ливерпулем». 28.04.1894 «Ньютон Хит» проиграл со счетом 0:1 и стал первым клубом в истории, вылетевшим во второй дивизион.

В этом году команда поменяла свои красно-белые футболки и домашние матчи проводила в желтых (золотистых) рубашках с зелеными вертикальными полосами, подчеркивая свою историческую связь с железной дорогой. В выездных матчах использовались также белые рубашки. Начиная с сезона 1894/1895 «Ньютон Хит» стал проводить домашние матчи в зеленых футболках с золотой отделкой на воротнике и рукавах.

По итогам сезона 1894/1895 «язычники» в турнире второго дивизиона заняли 3-е место, проиграв «Бери» 10 очков, а «Ноттс Каунти» – всего очко. Лучшим бомбардиром команды в сезоне стал Ричард («Дик») Смит, приглашенный из клуба «Хейвуд Сентрал», забивший 20 голов. Команда получила право на тестовый матч против занявшего в первом дивизионе 14-е место «Сток Сити». 27.04.1895 «гончары» оказались сильнее и победили со счетом 3:0, сохранив тем самым место в элите. Этот сезон стал последним для ветеранов Уильяма Стюарта Стюарта, который в мае 1895 года отправился в «Лутон Таун» (87/5, 1889–1895) и Альфрэда Фармена (61/28, 1889–1895). Вскон покинул клуб и отличный полузащитник Джордж Перринс (102 матча в 1892–1896), перешедший в «Лутон Таун».

03.11.1894 «Ньютон Хит» впервые встретился в лиговом матче с «Манчестер Сити». Победу со счетом 5:2 одержали «язычники». Четыря мяча провел Дик Смит, один – Джон Кларкин. У «горожан» дважды отличился Билли Мередит.

Быстрого возвращения в элиту не получилось и на протяжении последующих 11 сезонов «Ньютон Хит» выступал во втором дивизионе. Лучшие результаты – 2-е место в сезоне 1896/1897, 3-е место в сезонах 1894/1895, 1903/1904 и 1904/1905.

Сложная финансовая ситуация, с которой столкнулся клуб в начале XX века, оказывала негативное влияние и на игровые результаты команды. В сезоне 1900/1901 «Ньютон Хит» финишировал только на 10-м месте, а в следующем году завершил сезон на 15-м месте! Не помогла и замена секретаря-менеджера. В августе 1900 года Совет директоров «Ньютон Хит» отправил в оставку Альфа Элбата, а секретарем клуба был назначен Джеймс Уэст, заслуживший репутацию толкового финансового управляющего в «Линкольне». Уэсту удалось несколько замедлить падение темпов продажи билетов, «урезать» зарплатную ведомость, но долги клуба продолжали расти. Постоянно приходилось продавать лучших игроков.

Так, в 1898 году в «Тоттенхэм Хотспур» отправился Джеймс Макнаф, на счету которого 162 матча и 12 забитых голов (1893–1898), а в апреле 1900 года в «Манчестер Сити» за 100 фунтов отдали лучшего нападающего «язычников» Джо Кэссиди, забившего 100 голов (он первый в истории клуба достиг такой отметки) в 174 официальных матчах (1892–1893, 1894–1900). Тогда же за 50 фунтов продали в «Блэкберн Роверс» еще одного хорошего форварда – Вилли Брайанта. Он пришел в команду в 1896 году, а до этого защищал цвета «Честерфилда» и «Ротерем Таун». За «язычников» Брайант провел 127 матчей и забил 33 гола.

В мае и июне 1900 года пришлось растаться с шотландским нападающим Мэттью Гиллеспи (89/21, 1896–1900) и проданным в «Нью Брайтон Тауэр» вратарем Фрэнком Барреттом (в 1896 году он приехал из «Данди» и провел за клуб 136 матчей). А в январе 1901 года в «Болтон Уондерерс» отправили форварда Дика Смит (101/37; 1894–1989, 1899–1900) и растались с Джимми Коллинсоном (71/17, 1895–1901).

Летом 1902 года завершил выступления ветеран Фрэд Эренц, с 1892 года проведший за «Ньютон Хит» рекордные для того времени 310 матчей, и забивший 9 голов. А из дебютантов отметим пришедшего в августе 1900 года из «Эвертона» форварда Альфрэда Джона Скофилда (179/35, 1900–1907).