Чистка милиции проводилась в срочном порядке. Другие элементы контрремонстрантского переворота протекали более медленно. Хотя контрремонстранты вели активную подготовку к Национальному Синоду уже с марта 1618 г., когда Паув созвал собрание в амстердамской ратуше, на котором присутствовали также представители из Лейдена и Энкхейзена, эта долгожданная ассамблея, призванная покончить с разногласиями в общественной Церкви, собралась только в ноябре и дошла до формального осуждения арминианской теологии лишь весной 1619 г. До этого никакой законной основы для увольнения проповедников, школьных учителей и университетских преподавателей не существовало, так что чистки в церковной и преподавательской сферах пришлось надолго отложить. Комиссия, назначенная для проведения читки в Лейденском университете, приступила к работе только в августе 1619 г. Непокорный школьный учитель в Кампене, который отказался учить Нидерландскому исповеданию или, впоследствии, подписать акты Дордрехтского Синода, был отстранен от занимаемой должности только в августе 1620 г. Естественно, там, где дело касалось хороших учителей, всегда оставалось место для проволочек и споров. Но даже те, кто добровольно согласился подписать акты Национального Синода, далеко не всегда были избавлены от чистки. Дирк Шревелий, ректор латинской школы в Харлеме и, с 1607 г., член ремонстрантского городского совета, был изгнан из ратуши в 1618 г., но лишен поста ректора только после долгих обсуждений, в 1620 г.

Несмотря на это, теологический раскол был слишком острым и глубоким, чтобы откладывать его урегулирование до окончания работы Национального Синода. Фактически «очищение» Церкви началось намного раньше, пусть даже оно нигде не проводилось систематически до самого 1619 г. В Лейдене раскол общественной Церкви фактически начался уже в 1614 г., когда обе стороны договорились о том, что будут проводить богослужения в двух главных городских церквях по очереди. В большинстве ремонстрантских городов, однако, регенты отказывались разрешать любую форму разделения, благоприятную для контрремонстрантской проповеди. Соответственно, в этих городах контрремонстрантские общины ко времени государственного переворота Морица не имели в своем распоряжении ни проповедников, ни школьных учителей, ни консисторий, ни церкви.

Таким образом, первый приоритет нового режима в церковных делах заключался в учреждении контрремонстрантских конгрегаций там, где они отсутствовали, и передаче им главных церквей. В Утрехте (еще преимущественно ремонстрантском) приверженцы «истинно реформатской религии» попросили консисторию во избежание беспорядков добровольно уступить им кафедральный собор, но получили отказ. В сентябре 1618 г. новый контрремонстрантский пенсионарий обратился с увещеванием к консистории, но последняя непреклонно отвечала, что не видит, на каком основании должна отказываться от своих прав на главную городскую церковь до начала работы Национального Синода. В конечном счете, городской совет отнял у нее кафедральный собор, но в течение нескольких месяцев позволял ремонстрантам совершать богослужения в других городских общественных церквях. Только в феврале 1619 г. совет запретил ремонстрантским проповедникам проводить службы в городе, и только после окончания Синода они были лишены своих приходов — и домов, если последние принадлежали консистории.

В Утрехте, Харлеме и Лейдене, где существовала сильная контрремонстрантская поддержка, чистка ремонстрантизма началась раньше и проходила поэтапно. Например, в Роттердаме, Гауде, Алкмаре и Кампене городские советы действовали медленно и с оглядкой, и ко времени окончания прений на Национальном Синоде не могли похвастаться сколько-нибудь значимыми успехами. В Алкмаре царило полное бездействие, пока в город — под насмешки ремонстрантских толп — не прибыла особая комиссия, в состав которой входил Петр Планций; Мориц был вынужден прислать войска, прежде чем она смогла приступить к работе. В присутствии вооруженной охраны члены комиссии экзаменовали проповедников классис, четверых из которых отстранили. Первое контрремонстрантское богослужение в главной церкви Алкмара было взрывоопасным событием, подобным образом проводившимся под военной охраной. В Гауде новый контрремонстрантский городской совет действовал с аналогичной осторожностью. Он не осмелился отнять у ремонстрантов большую церковь Сант-Янс до формального осуждения ремонстрантизма, и только 28 июля 1619 г. проповедник, специально приглашенный из Делфта, произнес первую контрремонстрантскую проповедь в главной церкви. Даже это событие с точки зрения контрремонстрантов обернулось настоящим скандалом. Прихожане издевались, топали ногами, кричали, заглушая голос проповедника; вся торжественность момента была нарушена. В течение следующих недель город был охвачен волнениями. Ремонстранты продолжали устраивать свои молитвенные собрания и подстрекали к уличным беспорядкам. Обеспокоенные Делегированные Советы отправили двух своих членов в городской совет Гауды, предлагая прислать войска.

Судебный процесс над Олденбарневельтом, Гроцием и Хогербетсом также происходил медленно. Он имел важное политическое значение и представлял определенные трудности с политической точки зрения, отличаясь от всех, которые проводились в Республике до этого. Первая проблема заключалась в том, кто должен был судить обвиняемых — Генералитет или Штаты Голландии. Последние отмечали, что судебная власть в Голландии принадлежит им; но другие провинции доказывали, что государственная измена, в которой обвинялись ответчики, была направлена против Генералитета. Наконец, было принято компромиссное решение, что суд будет происходить на Генеральных Штатах, но Штатам Голландии в нем отводилась особая роль. Были избраны 24 судьи — 12 представляли Голландию, и еще 12 — остальные шесть провинций, по два от каждой — среди них Паув, Якоб ван Бронховен (вождь контрремонстрантской партии в Лейдене), Адриан Плос (Утрехт), Госен Шаффер (Гронинген), и доверенное лицо Морица в качестве первого дворянина Зеландии, Адриан Манмакер.

Процесс тянулся четыре месяца. Олденбарневельт держался с достоинством, даже вызывающе. Гроций выразил протест, заявив, что Генеральные Штаты не являются его сувереном и не имеют полномочий судить его и его коллег, но в других отношениях не сопротивлялся. Судьи утверждали, что суверенитет в Соединенных Провинциях был разделен между Генеральными Штатами и отдельными провинциями, отвергнув точку зрения Гроция, что каждая провинция обладала суверенным правом организовывать общественную церковь в своих границах так, как считала нужным. Они также отрицали, что отдельные провинции могли на законных основаниях вербовать войска или отдавать военные приказы. Олденбарневельт, Гроций и Хогербертс были признаны виновными в измене 12 мая 1619 г. К удивлению Олденбарневельта (и многих других), он был приговорен к смерти. Приговор был приведен в исполнение на следующий день, чтобы избежать всяких ходатайств в его пользу. Несмотря на это, в Гааге звучали просьбы о помиловании, в том числе от таких людей, как французский посол и Луиза де Колиньи. Но Мориц оставался неумолим, считая, что интересы государства требуют казни старика. 13 мая 1619 г. семидесятидвухлетний Адвокат Голландии был выведен из тюрьмы и обезглавлен на глазах у большого скопления народа в Бинненхофе.

Гроций и Хогербетс были приговорены к пожизненному тюремному заключению. Великий ученый был переведен в замок Лёвенштейн, но, из уважения к его научным заслугам, ему разрешили иметь при себе большое количество книг и бумаги для его изысканий и письма. За время заточения он написал большую часть своего труда «De Veritate Religionis Christianae» и введение к законам Голландии. В конечном счете, его тюремщикам надоело обыскивать его сундуки с книгами, и в марте 1621 г. Гроций совершил свой знаменитый побег из заточения, устроенный его женой и слугами, которые вынесли его из тюрьмы в пустом сундуке. Он бежал в Антверпен, где поселился у бывшего роттердамского проповедника Гревинсховена, но после истечения перемирия, не желая навлекать на себя упреки общественности за то, что оставался в Испанских Нидерландах, перебрался в Париж, где и провел большую часть оставшейся жизни.