Вскоре после восшествия на престол Яков приказал построить в часовне Генриха VII в Вестминстерском аббатстве две величественные гробницы в стиле раннего барокко, каждая с лежачей фигурой — одну для Елизаветы, а вторую для своей матери. Гробница Елизаветы должна была находиться в северном нефе часовни, а Марии — в южном. Яков не хотел двух одинаковых гробниц. Они были выполнены в одном стиле, но гробница Марии была больше и обошлась в астрономическую сумму, 2000 фунтов, тогда как на гробницу Елизаветы потратили только 765 фунтов.

В октябре 1612 г. тело Марии извлекли из могилы в Питерборо и торжественно захоронили в Вестминстере. Мифотворчество не заставило себя ждать. После смерти Елизаветы венецианский посол сообщал, что многие ее портреты были сняты и заменены на портреты Марии. Она снова стала королевой, достойной почестей, затмив Эдуарда VI и Марию Тюдор, брата и сестру Елизаветы. Яков не построил для них мемориалов. Эдуард остался лежать там же, где лежал; Елизавету сначала похоронили в могиле деда, Генриха VII, под алтарем часовни, но затем Яков перенес ее тело в неф, рядом с гробницей ее старшей сестры, а затем поставил на этом месте гробницу, словно здесь покоится она одна. И лишь краткое стихотворение на латыни на боковой стороне гробницы указывало, что под ней также лежит Мария Тюдор.

Затем торжественная процессия перевезла тело его матери из Питерборо, чтобы захоронить в южном нефе рядом с телами Маргариты Бофорт, матери Генриха VII и бабушки Якова со стороны отца, графини Леннокс. Это был бесстыдный пример династического ревизионизма, предназначенный для того, чтобы поставить самого Якова в центр британской истории. Тем не менее попытка оказалась в высшей степени успешной. Новые династические символы были в буквальном смысле вырезаны в камне: сегодня они входят в число самых популярных достопримечательностей Вестминстерского аббатства. А «Мария», которой посвящен самый большой и величественный памятник, — это Мария, королева Шотландии. Яков одним махом воздал честь двум своим «родителям», «родной» и политической матери, и при этом легитимизировал Стюартов как «основателей» государства, которое Яков любил называть «империей» Великобритания.

Новый король также поощрял ведущего историка того времени, Уильяма Кэмдена, завершить свой неоконченный труд, «Анналы», посвященный правлению Елизаветы. Кэмден, независимо мыслящий ученый, работал с оригинальными документами. Он был очень уважаемым человеком, и его рассказ о правлении Марии в Шотландии тщательно выверен, чем выгодно отличается от очернения Марии в работе его шотландского коллеги Джорджа Бьюкенена «История Шотландии» и других трудах. Именно это и требовалось Якову. Кэмден прославил Марию до такой степени, что в 1624 г. его «Анналы» были опубликованы как «История жизни и смерти Марии Стюарт, королевы Шотландии», а вовсе не как «История Елизаветы». Его интерпретация правления Марии в Шотландии резко контрастировала с клеветой Бьюкенена.

По мнению Кэмдена, Мария была «тверда и постоянна в своей вере, отличаясь верностью Богу, неизменным благородством души, редкой для ее пола мудростью и достойной восхищения красотой». Однако нельзя сбрасывать со счетов и ее провал как политика. Мария должна занять место в ряду тех правителей, «которые сменили свое счастье на страдания и катастрофу», но причина заключалась не в недостатках ее личности, а в том, что она была правительницей, «которую швыряла и бросала» судьба. Она стала жертвой «неблагодарных и честолюбивых подданных» — в основном ее единокровного брата и главного советника Джеймса Стюарта, графа Морея.

Кэмден выступил против Бьюкенена, которого назвал по имени. Особый скепсис у него вызвала версия лордов, изложенная в досье, которое Бьюкенен представил Морею, а через него и Сесилу после бегства Марии в Англию в 1568 г. Именно это досье, подтверждавшее обвинения, которые прозвучали в «письмах из ларца» и в «Расследовании деяний Марии, королевы Шотландии, касательно убийства ее мужа…», Сесил одобрил для публикации на подобии шотландского языка. «То, что написал Бьюкенен, — язвительно заявил Кэмден, — нет ни в одной книге, напечатанной людьми». В те дни это звучало гораздо более оскорбительно, чем сегодня. Кэмден имел в виду, что не смог найти в архивах ничего, что подтверждало бы предположения Бьюкенена. Его критика была тем более сокрушительной, что все знали о его энциклопедических знаниях в том, что касалось архива Сесила, к которому он и его помощники получили привилегированный доступ.

Более экстравагантные и тенденциозные аргументы в пользу Марии вышли из-под пера Адама Блэквуда, шотландца, католика и ярого роялиста, высланного во Францию; он был главным ее защитником после казни. Он даже приехал в Питерборо и прикрепил к колонне рядом с могилой Марии табличку, восхваляющую ее как «украшение наших дней» и «поруганное величие всех королей и государей». Она была «светочем истинного монаршего достоинства», погашенным «варварской жестокостью и тиранией». Блэквуд опубликовал свидетельство ее мученичества, «Martyre de la Royne d’Escosse», в Париже в 1587 г., положив начало спорам, которые усилились после того, как ее гробницу в Вестминстере стали почитать как усыпальницу канонизированного святого и связывать с ней ряд чудес.

Защитники Марии всегда подчеркивали, что лишь немногие из шотландских лордов, выступавших против нее в бурный период ее правления, пережили ее. Почти всех ждал неприглядный конец. Быстрый ум, грубоватый юмор и знаменитые «царственные манеры» — все это не спасло Морея. Он наслаждался желанной должностью регента Шотландии меньше полутора лет. Морея убили в январе 1570 г., когда он ехал верхом по улицам Линлитгоу.

Морей сам приблизил собственную смерть — своей беспринципностью и коварством. Он поддержал план герцога Норфолка жениться на Марии, а затем рассказал обо всем Елизавете. Этого не могли простить союзники Норфолка, которые попытались убить Морея, когда тот возвращался домой после трибунала, созванного Елизаветой для исследования «писем из ларца». Морей сумел ускользнуть от убийц и по возвращении в Эдинбург заявил, что всегда был сторонником брака Марии с Норфолком, а обвинения против сестры были сделаны под давлением Елизаветы и Сесила.

Выиграв таким образом время, он стал регентом и получил официальное освобождение от ответственности за все свои действия против Марии. В апреле 1569 г. он бросил в тюрьму герцога Шательро, лидера клана Гамильтонов. Герцог вернулся в Шотландию из добровольной ссылки, в которую отправился после убийства Риццио, когда он встал на сторону Марии вместе с Хантли и Аргайлом. Морея убьют через девять месяцев после того, как он подписал ордер на арест Шательро. Смертельная пуля, пронзившая его насквозь, была выпущена Джеймсом Гамильтоном из Босуэллхо. У убийцы имелись и личные мотивы, поскольку Морей отнял у его жены земли в окрестностях Эдинбурга и разрешил выгнать ее из дома.

Морей не дожил и до сорока лет. Мария не оплакивала его и, похоже, даже не упоминала о его смерти. Заупокойную службу в соборе св. Джайлса провел Нокс, а Бьюкенен сочинил эпитафию на латыни, восхвалявшую Морея как достойного человека и шотландского патриота. Эпитафию вырезали на бронзовой пластине, которую прикрепили к надгробию.

Мейтланд, которого называли «шотландским Сесилом», «Макиавелли» и «хамелеоном», умер через три года после Морея. Он поссорился со своим давним союзником по поводу мошенничества с «письмами из ларца», копии которых он мог даже передать адвокатам, защищавшим Марию во время трибунала, где он присутствовал как член шотландской делегации. Когда Мейтланд вернулся в Шотландию, Морей обвинил его в соучастии в убийстве Дарнли, но смерть регента избавила его от тюрьмы. Он присоединился к Хантли и Аргайлу, главным сторонникам Марии, но его усилия оказались тщетными, и в 1573 г. он укрылся в Эдинбургском замке.