Наконец, власти воспользовались поводом, чтобы двинуть и старое дело против о. Илиодора. Судебный следователь по особо важным делам округа Саратовского окружного суда возбудил против священника дело по знаменитой ст.129 Угол. Улож. (пропаганда революции, неповиновения властям и вообще тяжких преступлений) за разные речи, произнесенные на царицынской земле, начиная с 25 ноября 1907 г. Едва ли тут обошлось без пресловутой речи, в которой о. Илиодор неуважительно отозвался о пророке Магомете. В общем, как и в первом случае, священник привлекался к ответственности не за действия, а за неосторожные слова.

В дальнейшем список инкриминируемых о. Илиодору статей был расширен стараниями губернатора гр. С. С. Татищева, который 4.X переслал прокурору Саратовского окружного суда восемь докладов Бочарова и некоторые другие документы.

Дело по ст.129 выглядело более опасным для обвиняемого, чем первое. 17.XI судебный следователь по особо важным делам сообщил консистории, что приступил к следствию. Вскоре следователь А. В. Вишлинский и прокурор Е. А. Богданов прибыли с этой целью в Царицын.

Однако планы судебных властей были нарушены в том же ноябре 1908 г., когда конфликт между Бочаровым и о. Илиодором был разрешен соглашением П. А. Столыпина и П. П. Извольского — перевести из Царицына и полицмейстера, и иеромонаха. Решение Св. Синода о переводе о. Илиодора в Минскую епархию состоялось 27.XI. А 1.XII вице-губернатор П. М. Боярский телеграфировал гр. Татищеву в Петербург: «Доверительно сообщаю: Миндер получил от Веревкина распоряжение Щегловитова — дела Илиодора направить [на] прекращение». По этой сложной цепочке был передан приказ, который сам о. Илиодор, едва ли ошибаясь, приписывал Высочайшей воле.

Распоряжение министра юстиции быстро остудило боевой пыл судебных властей. Первым закрыли дело по ст.129 — решением Саратовской судебной палаты от 13.II.1909 согласно заключению подлежащего прокурора. В мае прокурор Саратовского окружного суда направил к прекращению самое, казалось бы, бесспорное дело — об избиении Эрастова.

О нелепом деле по ст.286 и газеты, и администрация как-то позабыли. Но царицынский следователь 3-го участка, в отличие от своих саратовских коллег, отступать не собирался. 1.VI.1909 он сообщил благочинному, что о. Илиодор привлечен им к ответственности по этой статье и что с него взята подписка о невыезде из Царицына. К тому времени Государь успел повторно помиловать иеромонаха, отменив перевод в Минск. Но псарь не желал следовать примеру царя и передал дело в местное отделение Саратовского окружного суда.

Обвиняемый отнесся к этой опасности легкомысленно. Подписку о невыезде откровенно игнорировал, а на судебное заседание даже не явился. Дело назначили к слушанию утром в праздник Знамения Пресвятой Богородицы (27.XI.1909), и о. Илиодор, не любивший пропускать праздничные и воскресные богослужения, предпочел остаться в монастыре: «Мне как служителю алтаря приличествовало более находиться пред престолом Всевышнего Судии, а не в зале суда пред земными судьями».

Пока слушалось его дело, о. Илиодор, как ни в чем не бывало, служил Литургию и молебен. Но в проповеди не умолчал о беспокоившем его вопросе: «Мы вот здесь молимся и беседуем, а за стенами Окружный Суд заочно судит духовного пастыря православной церкви, стоящего за православную веру. Какие это судьи и слуги Государя, когда они с гордостью и самолюбием судят не по закону. Государь это дело прекратил, а они его подняли. Но судьи тут не виноваты, а виноват тот, кто поднял это дело».

Тем временем суд в составе председателя А. Г. Найденова, членов суда С. С. Модестова и почетного мирового судьи А. А. Репникова в публичном судебном заседании без участия г.г. присяжных заседателей слушал дело о. Илиодора. Репникова подсудимый считал своим «личным врагом». Суд постановил: «иеромонаха Илиодора, 29 лет, подвергнуть аресту на один месяц». Памятуя и о луцком приговоре, суд признал, что имеет место совокупность проступков по 152 ст. Улож. о Наказ., и потому объединил оба наказания, признав старый приговор поглощенным новым.

На первый взгляд наказание выглядит очень мягким: ст.286 предусматривала тюремное заключение сроком от 2 до 4 мес. Однако в самой же этой статье предлагается замена наказания денежным штрафом для лиц, действовавших в опьянении или по неразумию. Тем более судьи могли бы сделать скидку ввиду крайнего душевного потрясения, в котором находился о. Илиодор, обзывая полицию «собаками» и «разбойниками». Несомненно, монах-нестяжатель вновь отказался бы платить штраф, и дело все равно кончилось бы арестом. Но судьи предпочли закрыть глаза на обстоятельства совершения преступления.

Таким образом, через две недели после окончания действительной или мнимой монастырской епитимьи бедному священнику предстояло пройти еще одну, только вдвое дольше. Но у него были дела поважнее: он как раз отправлялся в Тобольскую губ. вместе с Григорием Распутиным. Да, в эти дни брат Григорий гостил в Царицыне. Несомненно, хлопоты по приему дорогого гостя в Царицыне сыграли свою роль в том, что о. Илиодор не уделил судебному заседанию должного внимания. Ныне, стоя на площадке вагона, он сказал провожавшим его приверженцам: «У меня очень много врагов, которые давно желали бы сослать меня в Сибирь, куда я сам теперь еду. Приговором суда я присужден на месяц в тюрьму, и я этим доволен». Его даже забавляло, что после суда он едет словно в ссылку.

Гораздо серьезнее к делу отнесся брат Григорий. 4.XII он с пути телеграфировал в царицынский монастырь на имя иеромонаха Порфирия, прося прихожан послать всеподданнейшее ходатайство о помиловании о. Илиодора, что и было исполнено.

Исполнение же самого приговора задержалось по формальным соображениям. Прокурор Саратовского окружного суда опротестовал постановление царицынских судей, указывая, что два приговора были объединены неправильно и наказания следует разделить. К тому же консистория сообщила (17.II.1910), что первый арест уже отбыт о. Илиодором. Луцкий же суд еще 28.VIII.1909 заявил, что его приговор не совместим с другим, поскольку предполагает денежный штраф, который в силу прим.2 к 133 ст. Улож. о Наказ. не может сочетаться с более высоким наказанием. 19.III.191 °Cаратовская судебная палата отменила часть царицынского приговора, разделив, как и просил прокурор, два наказания.

Наконец царицынский приговор вступил в законную силу. В последующие два года продолжалась переписка, инициированная судебными властями, тщетно добивавшимися исполнения приговора. В течение первого года прокурор Саратовского окружного суда направил консистории 7 отношений на этот счет (5.VII, 30.IX, 13.XII.1910, 21.V, 9.VII, 8.VIII, 26.VIII.1911). Но послать о. Илиодора на епитимью в какой-нибудь монастырь было невозможно без разрешения епископа Саратовского Гермогена, а тот отмалчивался и тянул время.

Правда, на запрос Синода 28.VII.1910 преосвященный ответил (12.VIII), что первый приговор уже исполнен, а второй будет исполнен посредством отбытия епитимии при саратовском Спасо-Преображенском монастыре. Зато доклады консистории: 30.X.1910 — испрашивавший архипастырского указания монастыря для отбытия епитимьи и 15.XI.1910 — об очередном запросе прокурора — еп. Гермоген сдал обратно почти через полгода, 5.IV.1911, со своей пометой: «В Духовную Консисторию, к делу».