Фон Гомпеш был должным образом избран Великим магистром в июле 1797 года. Он видел в русском царе союзника, способного восстановить состояние ордена через польско-русский приорство, а также надеялся на поддержку австрийского императора, в землях которого он родился, и французских рыцарей, потрясенных тем, что происходило во Франции, где ордену принадлежало много земель.31 Фон Гомпеш справедливо полагал, что настоящие заботы Наполеона лежали в другом месте; но Наполеон был убежден, что для достижения своих целей в восточном Средиземноморье ему необходимо контролировать Мальту. Когда в мае 1798 года огромный французский флот покинул Тулон и направился в Египет через Мальту, фон Гомпеш продолжал уповать на русских и австрийцев, как будто они действительно были в состоянии предложить ему какую-либо помощь. Дублет, служивший секретарем предыдущего Великого магистра, заметил, что "никогда еще Мальта не видела в своих водах такого многочисленного флота", а лидеры мальтийской общины размышляли об иронии судьбы, что именно западноевропейский, а не турецкий флот готов был отнять остров у Ордена.32 Как только французский флот достиг Мальты, фон Гомпеш осторожно настоял на том, чтобы корабли могли входить в гавань только по четыре за раз, и эмиссар Наполеона пожаловался: "Сколько времени, в самом деле, не потребуется 500-600 кораблям, чтобы достать таким образом воду и другие вещи, в которых они так нуждаются? Далее эмиссар жаловался, что в недавнем прошлом англичанам оказывались гораздо более выгодные услуги.33 Тем не менее, это был ответ, которого Бонапарт ждал. Теперь у него было достаточно поводов, чтобы выгрузить 15 000 человек и взять остров под свой контроль. Фон Хомпеш понял, что у него нет шансов выстоять против превосходящих сил. Он сдал остров, а 13 июня Наполеон изгнал рыцарей; он переплавил огромное количество серебряных пластин и присвоил их архивы, но не для того, чтобы читать документы, а потому что снаряды для боеприпасов обычно были упакованы в бумагу. Таким образом, рыцари были лишены своей идентичности и брошены на произвол судьбы христианскими державами, как это было после падения Акры и Родоса. И снова выживание ордена оказалось под большим вопросом.

Захват Мальты только укрепил решимость царя Павла вернуть русский флот в Средиземноморье. То, что он переоценил ее полезность как источника древесины и воды, не вызывает сомнений. Но он вполне рассчитывал перейти от Мальты к более значительным завоеваниям.34 Первым его шагом было убедить российский приорский совет ордена объявить фон Гомпеша низложенным и избрать царя новым Великим магистром в ноябре 1797 года.35 Он назначил несколько русских православных дворян рыцарями Мальты и каждый день носил свою магистерскую мантию, создавая впечатление, что он гордился своим (спорным) положением Великого магистра так же, как и положением российского императора. Он считал себя образцом рыцарства. "Сейчас, - заметил один австрийский министр, - царь озабочен только Мальтой".36

Одним из многочисленных сюрпризов, которые Павел преподнес своим современникам, стал его союз с османами. Это произошло после великой победы адмирала Нельсона над флотом Наполеона в заливе Абукир, недалеко от Александрии, летом 1798 года (битва на Ниле); после этого англичане смогли изгнать французские армии из Египта, хотя и не раньше, чем Наполеон лишил страну огромного количества древностей.37 Возвышенная Порта оставалась в целом довольна своим французским союзом с XVI века. Однако высадка французского десанта в Османском Египте не могла быть терпимой. Кроме того, на Балканах были смутьяны, которые, казалось, опасно симпатизировали Франции, в частности великий албанский военачальник Али-паша, повелитель Иоаннины. Теперь, очевидно, султану пришло время выступить против Франции, которая проявила себя в Леванте более амбициозной, чем могли допустить османы, и в то же время показала себя более уязвимой, чем можно было ожидать, наблюдая за флотами и армиями Наполеона. Важнейшей особенностью русско-турецкого альянса стало предварительное соглашение, подписанное всего через несколько недель после Абукира, которое позволило русскому флоту пройти через Босфор в Средиземное море.38 К счастью, турки и русские смогли договориться об общей цели: Ионических островах, которые Наполеон захватил незадолго до этого, когда зачищал остатки Венецианской империи после взятия Венеции в мае 1797 года. Турки подозревали, что Анкона будет использована в качестве базы для французского вторжения на Балканы, и рассматривали контроль над Корфу и соседними островами как необходимый шаг к блокаде Адриатики. Каждая из сторон сумела отбросить глубокое недоверие к своему новому союзнику. Так, русский флотоводец, хамоватый, говорящий на одном языке Ушаков, приберег свою ревность для Нельсона, поскольку не хотел, чтобы англичане завоевали всю славу, а Нельсон, со своей стороны, был полон решимости удержать этих маловероятных союзников в пределах восточного Средиземноморья, завоевав для Британии Мальту и Корфу. Я ненавижу русских", - писал он, описывая Ушакова как "чернокнижника".39 Турки обладали прекрасно построенным флотом из современных французских кораблей, но их моряки, многие из которых на самом деле были греками, не отличались хорошей дисциплиной, а русские верфи на Черном море были неспособны производить корабли, которым хватило бы выносливости для длительной войны вдали от дома.40 Тем не менее к началу марта 1799 года объединенные силы Турции и России установили контроль над Ионическими островами. Характерно, что царь вспомнил об ордене Святого Иоанна, когда награждал Ушакова, ставшего теперь мальтийским рыцарем. Отличительной особенностью было положение об управлении Ионическими островами. Семь островов должны были образовать аристократическую "Септинсульскую республику" под суверенитетом Турции, однако Россия должна была пользоваться особым влиянием в качестве державы-покровительницы.41

Отбросив сомнения в мореходных качествах русского флота и его командующего, Нельсон написал Ушакову письмо с предложением о совместной атаке на Мальту - перспектива, которая казалась более реальной теперь, когда русская армия продвигалась на юг от Турина. Нельсон опасался, что это превратится в русское вторжение, осуществленное при поддержке Великобритании. Он настаивал: "Хотя одна из держав может иметь на острове несколько больше людей, чем другая, они не должны иметь перевеса. В тот момент, когда срывается французский флаг, должны быть подняты цвета Ордена, и никакие другие".42 По словам одного историка, "перспективы России в Средиземноморье никогда не выглядели более многообещающими, чем в октябре 1799 года". Ушаков тоже знал об этом, и в декабре он был потрясен, получив императорский указ, в котором говорилось, что царь передумал: он должен немедленно покинуть Средиземное море и отступить со всем русским флотом в Черное море; русские позиции на Корфу должны быть переданы непосредственно туркам, в расчете на то, что это заставит султана одобрить переход русского флота из Эгейского в Черное море. Вывод войск произошел слишком быстро. Вмешательство России в дела Ионических островов грозило помешать Габсбургам контролировать Адриатику,