Борьба непосредственно на Крите продолжалась в течение еще одного года. Германия и Австрия, продолжавшие поддерживать султана, шли вразрез с остальными державами в знак протеста против проэллинской политики последних и вывели с острова свои оккупационные войска.

Остальные державы искали подходящего губернатора автономного Крита под суверенитетом султана. Вслед за волнениями мусульман, которые привели к смерти британского вице-консула, державы уведомили султана, что все турецкие войска должны быть эвакуированы с острова, и со временем это было сделано. Греческий принц Георгий стал губернатором. Абдуд Хамид практически потерял Крит. Афины ликовали по поводу восстановления свободы Крита впервые после завоевания острова Римом девятнадцать веков тому назад.

Теперь от Турции в Европе осталась только одна крупная провинция Османской империи. Это была Македония, самый центр Балкан. Соседние государства Болгарии и Сербии достигли после освобождения от господства турок заметного прогресса в развитии и порядка. Далекая от того, чтобы следовать их примеру, провинция Македония устойчиво регрессировала под властью правительства, становившегося все более грабительским, продажным и некомпетентным, превзойдя все вопиющие злоупотребления властью, которые уже привели к утрате бывших провинций. Турецкие войска, не получавшие денежного содержания, превратились в тяжкое бремя для населения тех мест, где они были расквартированы. Справедливость в судах для подданных христианского происхождения едва ли существовала, а беззаконные вымогательства мусульман были обычным делом. Они присваивали себе земли христиан, которым было отказано во всех средствах возмещения. Абдул Хамид делал мало или вообще ничего для того, чтобы положить конец этим злоупотреблениям. Результатом стала постоянная эмиграция христиан в прилегающие свободные государства, особенно в Болгарию, где вскоре около половины населения Софии стали составлять беженцы из-за границы.

Македония, в миниатюре воспроизводившая саму Османскую империю, представляла собой причудливое смешение самых разных национальностей, языков и религий без четких географических границ между ними, которые пребывали в постоянном конфликте как между собой, так и с турецкими провинциальными властями. За третьей границей Македонии лежала Греция, культура которой в прошлом была доминирующей. Но это преобладание, еще более ослабленное недавней греко-турецкой войной, теперь оспаривалось славянами, которые представляли собой наиболее крупный элемент христианского населения. В последние годы в Македонии признали национальные чувства болгар, создав болгарский экзархат, чтобы уравновесить авторитет греческого патриархата. Порта использовала это в своих целях, подбадривая болгар за счет влияния греков, и в течение 1890-х годов появилось семь болгарских епископов. Тем временем сербы впервые добились епархии, представлявшей их собственную церковь. Такими были элементы конфликта в Македонии между греками и славянами, который по мере приближения к концу XIX века постоянно усиливался, практически без перспективы на примирение. Конфликт обострился из-за поддержки, оказанной Абдул Хамидом албанским мусульманам, посягавшим на земли как греков, так и славян.

В Салониках возникла македонская революционная организация, которая призывала к автономии провинции; альтернативный комитет в Софии призвал к ее аннексии Болгарией и в 1895 году организовал масштабный рейд в Македонию. Шайки болгарских разбойников рыскали по горам, нападая на турецкие деревни и, в свою очередь, подвергаясь нападениям греческих бандитов, в то время как турецкие нерегулярные войска сражались на обеих сторонах — как их больше устраивало в тот или иной момент. Все вместе они наносили огромный ущерб жителям сельской местности Македонии. В результате провинция медленно погружалась в хаос и анархию. В 1903 году бесчинства в Салониках привели к организованному восстанию, которое было подавлено с помощью турецких подкреплений из Стамбула.

Это событие наконец привлекло внимание европейских держав, чего и добивались славянские повстанцы, в надежде на то, что турецкому владычеству будет положен конец. И мусульмане, и христиане считали, «что провинциям Турции в Европе нельзя позволять оставаться в их нынешнем плачевном состоянии», и султан назначил генерального инспектора, чтобы разобраться с проблемами законности и порядка. Но великим державам было далеко до единства. Ни Германия, ни Австрия не одобряли перспективу появления независимой Македонии за счет их союзника султана. Австрия вместе с Россией уже предложили умеренную, консервативную программу административной реформы в провинции, которая практически не ставила под угрозу статус-кво.

С другой стороны, Британия заняла более позитивную либеральную позицию, предлагая реформы, которые давали больше прав христианской общине, возглавляемой губернатором-христианином, и включали вывод турецких нерегулярных войск. На конференции Мюрцштеге, под Веной, царь и австрийский император в итоге согласились с модифицированной версией предложения англичан, согласно которой турецкому губернатору должны были помогать, исключительно в роли советников, два гражданских агента, один русский и один австриец. Европеец должен был командовать жандармерией, и каждая из держав должна была отвечать за поддержание правопорядка в определенной части провинции, с пересмотром административных границ вдоль примерных «национальных линий» и поддержкой стремления к местной автономии. В небольших городах решения о мерах по местному реформированию должны были принимать смешанные комиссии мусульман и христиан. Но вывод турецких войск был отвергнут всеми шестью державами, за исключением Британии. В остальном они пришли к согласию, поддержав предложения, и дали своим консулам указания подготовиться к их исполнению.

Ввиду подобного единодушия султану ничего не оставалось, кроме неохотного принятия Мюрцштегской программы. Но ее применение постоянно откладывалось и блокировалось Портой с вечной ссылкой на защиту суверенных прав султана. Согласованные нововведения нередко трактовались Портой таким образом, что они превращались в неприемлемые или неработающие. Так прошло два года переговоров и поиска компромиссов, во время которых существенных реформ практически не было. На самом деле Германия и Австрия почти не прилагали усилий, чтобы сдвинуть дело с мертвой точки. Они действовали совместно и даже не помышляли, исходя из своих собственных интересов, оказывать давление на Порту или покушаться на драгоценные суверенные права султана. Стало совершенно очевидно, что Германия и Австрия на деле противились любому изменению ситуации в Македонии. Им было выгоднее как можно дольше продлить существование Македонии в качестве отсталой провинции, чем видеть в ней смену турецкого правления новым, более стабильным международным режимом. В это время зарождался план распространения влияния Австрии на район Эгейского моря и далее на восток. Свидетельством тому стал зловещий знак: в 1908 году австрийцы потребовали от Порты экономических уступок в Македонии и взамен обещали поддержку против давления европейцев в отношении реформ и «во всех проблемах, затрагивающих Балканский полуостров».

Британское правительство укрепилось в своем желании улучшить положение в Македонии. В 1905 году, когда выполнение Мюрцштегской программы все еще затягивалось, Британия предложила султану создать международную комиссию, из специально отобранных представителей ведущих европейских держав, но под председательством турецкого генерального инспектора, которая разработала бы финансовые реформы в провинции. Султан сначала отказался от подобного иностранного вмешательства, требуя вместо этого повышения таможенных пошлин. Но когда державы, за исключением Германии, совместно продемонстрировали свою военно-морскую мощь, захватив таможни Митилены и Лемноса, он уступил, согласившись признать четырех европейских финансовых экспертов, присланных для сотрудничества с русским и австрийским гражданскими агентами в Салониках. Но эта международная комиссия не имела исполнительных полномочий. В 1908 году Британия внесла предложение, чтобы губернатор Македонии, хотя он был турецким подданным, назначался только с согласия держав и чтобы при нем состояла группа европейских чиновников, оплачиваемая из доходов провинции. Это предложение было принято как Францией, так и Россией и скреплено соглашением между царем и королем Эдуардом VII в Ревеле, тогда как положения Мюрцштегской программы, теперь уже выполнявшейся в определенных рамках, были продлены еще на шесть лет.