Таким образом, трибунал начал работу, но поначалу деятельность его была практически парализована валенсийскими властями. 17 августа 1485 года Фердинанд, раздраженный происходящим, приказал альгвасилу Кораскиеру именем короля арестовывать и бросать в тюрьму по первому требованию инквизиторов всякого дворянина, какое бы место он ни занимал. Но и это, по-видимому, не подействовало; из письма Фердинанда от 23 января 1486 года видно, что валенсийцы охотно давали приют беглецам инквизиции, даже тем, кто был осужден на смерть и сожжен in effigie.

Только ценой колоссальных усилий королю и инквизиции удалось сломить сопротивление валенсийцев. В ход шли, с одной стороны, угрозы, а с другой — обещания проявить невиданную для инквизиции мягкость в обращении с грешниками. Присоединившимся к церкви обещали, что их имущество не будет конфисковано, и все долговые обязательства и денежные расписки, данные им, сохранят силу. Впрочем, дабы вознаградить себя за отказ от конфискации, инквизиторы стали накладывать на раскаявшихся грешников — под видом епитимии — значительные денежные штрафы.

Похожие события происходили в Арагоне, в столицу которого, Сарагосу, Торквемада отправил инквизиторов Гаспара Хуглара и Педро Арбуэса. Они прибыли туда 3 мая 1484 года, и уже через неделю состоялось первое аутодафе: за совершение еврейских обрядов четверо были подвергнуты епитимии с конфискацией имущества — им поставили в вину, что они ели в пост мясо. На следующем аутодафе, 3 июня, наказание было уже серьезнее: обвиненные «в еврейской ереси» двое мужчин были отправлены на костер, а женщина, которая умерла до начала процесса своей смертью, подверглась сожжению in effigie.

После этого инквизитор Хуглар бесследно пропал — поговаривали, что его отравили мараны. Но не это стало причиной того, что аутодафе прекратились. В Сарагосе, как и в Валенсии, подняли голову противники инквизиции, причем среди них были не только новообращенные, но и «настоящие» христиане, которых возмущало тайное ведение следствия и конфискация недвижимого имущества: то и другое противоречило местным традициям. Глава высшего суда Арагона Тристав де ла Порта заявил, что инквизиция нарушает права народа.

К Фердинанду была направлена депутация, чтобы просить его прекратить действие в Арагоне инквизиционного трибунала. Фердинанд принял депутацию крайне холодно, заявив, что сам он является простым орудием церкви и всего лишь проводит в жизнь канонические правила. Когда же депутация стала просить, чтобы инквизиция осталась в том виде, в каком была в Арагоне с давних пор, и не нарушала фуэро, Фердинанд ответил, что никто не думает о нарушении фуэро; речь, наоборот, идет об их упрочении. Если бы прежние инквизиторы действовали согласно каноническим законам и своей совести, то не было бы нужды вводить новую инквизицию. Беда заключается в том, что прежние инквизиторы были продажны. А если в Арагоне так мало еретиков, как это утверждает депутация, то, значит, там некому бояться инквизиции.

Между тем во втором по величине городе Арагона Теруэле дело шло к народным волнениям. Сюда одновременно с организацией инквизиционного трибунала в Сарагосе были отправлены инквизиторы Коливера и Наварра для устройства такого же трибунала. Муниципалитет отказался впустить их в город, и они, удалившись в близлежащую деревню Селья, выпустили манифест, которым отлучили от церкви членов муниципалитета, а городу угрожали интердиктом. Тогда теруэльцы обратились напрямую в Рим, и папа — что не удивляет, если иметь в виду его трения с испанской короной, — прислал двух священников, уполномочив их снять как отлучение, так и интердикт, если он будет наложен. Возмущенный Фердинанд отдал приказ архиепископу Сарагосы этих священников арестовать и доставить в цепях в королевский суд. Распоряжение это, однако, ввиду настроения жителей Теруэля осталось на бумаге. Не желая обострять ситуацию, город отправил к Фердинанду депутацию. Но в ответ на просьбу отменить введение инквизиции в Теруэле депутаты услышали приказ беспрекословно повиноваться распоряжениям инквизиции; в противном случае горожанам были обещаны наказания столь тяжкие, что они навеки останутся устрашающим примером для нежелающих покориться. Отдан был также приказ губернатору Арагона отправиться в Теруэль и принять присягу у всех городских деятелей в готовности служить инквизиции; отказ сделать это должен был расцениваться как нарушение воли короля. Члены депутации Хуан де ла Мата и Мисер Хаиме Море были оставлены в Мадриде в качестве заложников; впрочем, им удалось тайком бежать, и лишь через шесть месяцев, к неописуемой радости Фердинанда, один из них, Хуан де ла Мата, был пойман.

Добиться присяги от членов теруэльского муниципалитета не удалось, и 2 октября 1484 года инквизиторы отдали приказ, которым все находящиеся на службе в Теруэле лица были признаны негодными к занятию государственных должностей; им была прекращена выдача жалованья. Одновременно инквизиторы обратились к Фердинанду с просьбой предоставить в их распоряжение светскую власть в городе. 5 февраля 1485 года король издал указ, согласно которому все чиновные лица Арагона, равно как все дворянство, вместе с находящимися в их распоряжении солдатами поступали в распоряжение инквизиции, дабы та могла арестовать виновных жителей Теруэля и конфисковать их имущество. Одновременно Фердинанд распорядился, чтобы войска из Куэнки и других кастильских городов вступили в пределы Арагона и начали там войну против врагов инквизиции. Мы не знаем, отправилось ли крестоносное войско из Кастилии в Арагон; известно лишь, что теруэльцы после этого наконец сдались. 15 апреля 1485 года Фердинанд назначил губернатором покорившегося города Хуана Гарсеса де Марсилью, предоставив ему диктаторские полномочия. Фактически город всецело оказался в руках инквизиторов, так как Марсилья слепо исполнял все их приказания.

Инквизиционная касса обогатилась громадными суммами: по малейшему подозрению налагались большие денежные штрафы на тех, кто в период бунта сочувствовал противникам инквизиции; немало людей вовсе лишились имущества только потому, что они считались неблагонадежными. Во время беспорядков в Теруэле близлежащие местности, в частности Селья, давали теруэльским инквизиторам взаймы значительные суммы, которые те обязались выплатить из конфискованных у бунтовщиков средств; этим объясняется, почему жители теруэльского округа были на стороне инквизиции.

Жестокое подавление теруэльских беспорядков вызвало крайнее недовольство в Сарагосе. У сарагосских новообращенных — в наивной надежде запугать инквизицию — возник план убить какого-нибудь важного инквизитора. Выбор пал на Педро Арбуэса, который пользовался в Сарагосе ужасной репутацией. За короткий срок он выстроил в городе систему доносительства, сделал тем самым господами положения наиболее испорченных людей. Среди заговорщиков было немало высокопоставленных людей, в том числе, между прочим, королевский казначей Габриэль Санчес. Весной 1485 года состоялось первое покушение на Арбуэса; оно оказалось неудачным и побудило инквизитора принять меры предосторожности: он стал носить панцирь под платьем и железную каску под шапкой. Но это ему не помогло: в ночь на 15 сентября Арбуэс был зарезан в церкви во время молитвы. Как позже выяснилось, трое убийц были наняты кожевником Хуаном де Эсперандеу, чей отец томился в тюрьме.