Результат убийства Арбуэса оказался противоположен тому, на какой рассчитывали враги инквизиции: инквизиторы не только не испугались, но умело использовали его в интересах своего дела. В народе был пущен слух, что евреи, мусульмане и мараны решили убивать христиан и что церкви угрожает страшная опасность. Фанатичная толпа легко в это поверила и завопила о мести. Эти настроения быстро передались высшим классам. Город пообещал 500 дукатов тому, кто укажет бежавших убийц, а Фердинанд заявил, что не остановится ни перед какими расходами ради их отыскания. Была опубликована особая прокламация, которая отлучала от церкви всех, кто знал что-либо о заговоре против Арбуэса и не сообщил об этом инквизиционному трибуналу. А папа Иннокентий VIII опубликовал 3 апреля 1487 года бреве, в силу которого все правители, государи и судьи христианского мира должны были по указанию испанской инквизиции выдавать ей скрывавшихся в их странах беглецов и в течение тридцати дней, под страхом отлучения и обвинения в содействии ереси, доставлять их в Испанию. Инквизиция, таким образом, становилась международной. Правда, бреве это осталось лишь на бумаге, поскольку иностранные государства отказывались подчиняться требованиям испанских инквизиторов. Так, когда в 1501 году в Португалию сбежали два еретика из Кордовы, король Мануэл отказался их выдать до тех пор, пока ему не будут предоставлены доказательства виновности обоих беглецов. Им был даже учрежден особый комитет, на рассмотрение которого должны были поступать все просьбы испанской инквизиции.

После смерти Арбуэса преследование еретиков приняло в Сарагосе страшные размеры. 20 декабря 1485 года на аутодафе были сожжены Альваро де Сеговиа и Хоана Синфа. Первому было, между прочим, поставлено в вину то, что он читал сам и заставлял читать своих детей Библию на еврейском языке. Местным властям был дан приказ безжалостно подавлять всякое сопротивление конфискации имущества еретиков, и у приемщика имущества сарагосского трибунала оказалось столько работы, что пришлось назначить ему помощников. Ищейки инквизиции рыскали повсюду и в конце концов напали на след убийц Арбуэса. В Лериде был схвачен один из них, француз Дюранго, который выдал своих сообщников. Трое арестованных понесли наказание 30 июня 1486 года на аутодафе в Сарагосе. Правда, один из них, Хуан де Педро Санчес, успел бежать во Францию, и его сожгли in effigie. Дюранго же отрубили руки и прибили их к дверям депутатского здания; когда он умер, тело притащили на базарную площадь, разрубили на мелкие куски и разбросали по улицам. Кожевеннику Эсперандеу отрубили руки, затем, еще живому, голову и тоже разрубили тело на куски. 28 июля состоялось аутодафе еще шести причастных к убийству Арбуэса. Один из них, Гаспар де Санта-Крус, успел бежать в Тулузу, где умер; сын его, Иеронимо, решением инквизиции отправился в Тулузу, чтобы откопать кости отца, сжечь и доставить в Сарагосу протокол об их сожжении. Жена Гаспара, тоже умершая ко времени аутодафе, была сожжена in effigie. Также были сожжены изображения Мартина де Сантангела и Гарсиа Лопеса, а еще двоих, Педро де Эксеа и Виоланте Руиса, сожгли живыми.

6 августа состоялось аутодафе, на котором наказанию подвергли пять евреев, 24 сентября еще одно — с десятью осужденными. 21 октября сожгли шесть человек, причем одну женщину, Марию Лабидию, за участие в заговоре против Арбуэса.

29 ноября были сожжены одиннадцать человек за следование еврейским и мусульманским обрядам. 15 декабря ожидалось сожжение помощника губернатора Арагонии Франсиско де Санта-Фе, замешанного в убийстве Арбуэса, но он прыгнул с башни, в которой был заключен, и разбился; поэтому сожгли его труп.

16 декабря разного рода наказаниям подвергли девять человек. Еще один участник заговора против Арбуэса, ла Бадиа, решил, подобно Франсиско де Санта-Фе, покончить с собой и в ночь накануне аутодафе, которое назначили на 21 января 1487 года, разбил лампу, наглотался стекла и испустил дух в страшных муках. Его тело протащили по улицам, затем отрубили руки и, по традиции, изрезали на мелкие куски. Как сообщники его были сожжены in effigie Педро де Альмасан, Перес Беленгер и Педро де Вера. 15 февраля сожгли шесть человек. 15 марта еще один человек, замешанный в покушении на Арбуэса, Матео Рам, был сожжен после того, как ему отрубили руки. С ним сожгли его сообщников — одного живьем и троих in effigie.

Разыскивая следы заговора против Арбуэса, сарагосская инквизиция по малейшему подозрению привлекала к ответственности все новых и новых людей, и аутодафе следовали одно за другим. 18 августа 1487 года на базарной площади лишили головы Мосена Луиса Сантангела — одного из руководителей убийства Арбуэса. Голова еще долго после этого красовалась на колу, а тело сожгли. На этом же аутодафе сожгли живьем женщину. Через два дня сожгли живьем троих; in effigie был сожжен некто Кристован де Гелва, принявший христианство, но вернувшийся к иудейским обрядам, а затем принявший мусульманство.

В 1488 году прошла серия аутодафе в связи с арестами тех, кто отзывался о Сантангеле как о добром христианине. Затем стали наказывать тех, кто — хотя бы по слухам — сочувствовал убийству Арбуэса. На этом основании к вечному тюремному заключению был приговорен финансовый инспектор Арагонии Санчо де Патерна и еще множество людей. Всего в Сарагосе только в связи с убийством Арбуэса было подвергнуто различного рода наказаниям свыше 200 человек.

Таким образом, террор, развязанный инквизицией, сломил сопротивление Арагона. Были вырезаны почти под корень многие роды маранов. Особенно сильно пострадала знаменитая семья Сантангелов, происходившая от раввина Азария Гинильо. Носить санбенито и каяться публично на аутодафе вынужден был даже королевский казначей Луис Сантангел (двоюродный брат обезглавленного, носивший то же имя), который уговорил Изабеллу сочувственно отнестись к предприятию Колумба и сам дал на это 17 000 дукатов; как известно, первый подробный отчет о путешествии Колумб прислал на имя Сантангела. Впрочем, король, питавший к нему расположение, оградил его от дальнейших преследований.

Каталония также была недовольна введением новой инквизиции. Барселона, ссылаясь на Римскую курию, пыталась доказать, что она не нуждается в инквизиторах, посланных Торквемадой: дескать, местный инквизитор Хуан Комте сам прекрасно справляется с ересью. Но и здесь Фердинанд проявил упорство и добился от папы передачи права назначать и смещать каталонских инквизиторов. В июле 1487 года в Барселону явился назначенный Торквемадой инквизитор Алонсо де Эспина. Судя по тому, что к нему навстречу не вышли ни депутаты Каталонии, ни магистрат, ни духовенство в полном составе, можно заключить, что сопротивление введению новой инквизиции все еще продолжалось. Тем не менее 30 июля муниципальные чины принесли инквизиции присягу в верности, и король специальным письмом поблагодарил их за это.

Об аутодафе барселонского трибунала сохранился отчет его архивариуса и нотариуса Педро Мигеля Карбонеля. Первое состоялось 25 января 1488 года — на нем заживо сожгли четверых маранов и еще двенадцать in effigie. Затем, 23 мая, сожгли трех женщин; одна из них была женой врача короля Хуана II Бадоса.

8 августа аутодафе обошлось без костра — инквизиция ограничилась тем, что приговорила девять человек к вечному заточению. Большое аутодафе имело место 16 августа: 34 мужчины и 85 женщин прошли в санбенито по городу; их приговорили к ношению позорных костюмов в течение года. 13 мая 1489 года были осуждены четыре женщины и двое мужчин. 24 мая 1490 года 149 человек были сожжены in effigie. 10 июня 1491 года сожгли троих иудействующих заживо и 126 in effigie. 4 октября 1497 года были сожжены in effigie 53 еретика, 20 декабря 1501 года — опять-таки in effigie 20 еретиков. 17 января 1505 года навечно в тюрьму отправили четверых еретиков и двоих — товарища главного королевского казначея в Каталонии Хаиме де Касафранку и каноника Далмасио де Толосу — сожгли. 23 июня была сначала задушена, а затем сожжена жена Касафранки — донья Бланка. Хроника Карбонеля на последней дате останавливается; под конец он замечает, что работы с каждым днем все больше и больше, а выгоды от этого никакой. Большое число сожженных in effigie говорит о том, что, несмотря на запрещение выезжать за границу, многие еретики смогли бежать.