В ведение барселонского инквизиционного трибунала входили диоцезы Таррагоны, Вича, Героны, Лериды, Урхе-ля и Эльны, и повсюду, в особенности в Лериде, где сопротивление инквизиции было очень сильным, инквизиторы действовали с большим усердием. Всего при Торквемаде, то есть в 1485—1498 годах, барселонская инквизиция устроила 31 аутодафе, на которых сожгли заживо 23 человека, 15 мертвых тел и 430 беглецов in effigie, 116 человек отправили в тюрьму и еще 304 вынесли другие наказания.

Наименьшее сопротивление инквизиция встретила в Кастилии, где мараны, прибравшие к рукам власть, были одинаково ненавистны как грандам, так и народным массам. Возникло лишь незначительное брожение в Севилье и Толедо; остальные кастильские города отнеслись к появлению инквизиторов равнодушно. Толедская инквизиция с 1485 по 1501 год — по неполным, судя по всему, данным — осудила на смертную казнь 297 человек, сожгла in effigie 600, заключила в тюрьму около 200 и примирила с церковью во время срока милосердия 5200. Из сожженных заживо 297 человек 180 человек были осуждены за соблюдение еврейских обрядов и еще 117 — за то, что верили в «эррерскую пророчицу». Имеется в виду пятнадцатилетняя девушка, которая рассказывала, как явившийся Мессия взял ее на небо, где она видела всех сожженных еретиков, сидевших в золотых креслах и ожидающих возвращения на землю.

Весьма энергичной была деятельность севильского трибунала, который, если верить подсчетам секретаря инквизиции Суриты, к 1520 году отправил на костер более 4000 еретиков и осудил на различные наказания свыше 30000 человек, не считая тех, кто сумел бежать.

Если же говорить обо всех жертвах новой инквизиции в начальный период ее существования, то здесь стоит обратиться к подсчетам испанского историка инквизиции X. Льоренте.

Такое усердие со стороны инквизиции вызвало панику среди маранов, и неудивительно, что они и вообще все подозрительные в религиозном смысле массами побежали из Испании. Казалось бы, инквизиция, задававшаяся целью освободить страну от еретической заразы, могла лишь приветствовать бегство еретиков, сокращающее ей работу. Но она поступала совершенно иначе: многократно издавались эдикты, запрещавшие оставлять Испанию всем, в чьих жилах текла еврейская кровь, а перевозившие их подвергались штрафу в 500 флоринов. 8 ноября 1499 года архиепископ Мессины Мартин опубликовал приказ, одобренный в 1502 году великим инквизитором, в силу которого ни один капитан или купец не имел права без особого на то разрешения переправлять за море новохристиан, будь они еврейского или маврского происхождения; нарушитель подвергался конфискации имущества и отлучению от церкви. В портовые города были отправлены специальные люди, дабы препятствовать новохристианам покидать Испанию. Таким образом, новохристиане были заперты внутри страны. Не следует, однако, думать, что это было бессмысленной жестокостью со стороны инквизиции. Ересь в глазах инквизиторов была таким же преступлением, каким является для нас самое тяжкое уголовное деяние, и как в настоящее время уголовный преступник безнаказанно не выпускается за границу и преследуется далеко за пределами той страны, где им совершено преступление, точно так же инквизиция стремилась наказать еретиков и навсегда лишить их возможности грешить.

Беспристрастие историка требует сказать, что Фердинанд иногда смягчал акты инквизиции и исправлял то, что находилось в явном противоречии с требованиями элементарной справедливости. При назначении нового инквизитора король обычно призывал его исполнять свои обязанности, как того требует совесть, — честно, умеренно, не прибегая к излишней суровости и не проявляя чрезмерной жестокости; то же писал он и приемщикам конфискуемых у еретиков имуществ. В год смерти Торквемады валенсийские инквизиторы, узнав, что в Серре несколько христианских женщин оделись в мавританские одежды, явились туда, чтобы арестовать виновных, однако найти их не сумели, так как местные мавры всячески этому препятствовали. Тогда инквизиторы решили арестовать всех мавров. Фердинанд счел это неправильным и написал великому инквизитору, чтобы он позаботился о нахождении такого метода наказания, при котором невинные не отвечали бы за преступления виновных земляков. 15 августа 1500 года Фердинанд написал инквизиторам Сарагосы об эдикте, изданном ими в Калатаюде, что, если его провести в жизнь, то в живых не останется ни один человек. Посему он счел важным напомнить им, что инквизиция существует для спасения души, а не для наказания. 5 марта 1501 года Фердинанд упрекнул барселонскую инквизицию за то, что она наложила интердикт на город Перпиньян, поспоривший с ней в связи с уплатой арендных денег. Примеры такого рода можно продолжать долго.

Впрочем, они свидетельствуют не столько о беспристрастности короля, сколько о правильном понимании им состояния Испании того времени. Фердинанд видел, что введение инквизиции было встречено скорее враждебно, нежели благожелательно, и если он не шел ни на какие компромиссы, носившие принципиальный характер, то, с другой стороны, готов был подавлять злоупотребления инквизиции, которые могли ей вредить в общественном мнении. Имея в виду примирение общества с инквизицией, Фердинанд прибегал и к совершенно другим средствам. В 1509 году он известил инквизиторов, что треть конфискованного имущества должна предоставляться дворянам, в вассальной зависимости которых находились подвергнутые репрессиям лица. Дворяне, таким образом, стали наживаться за счет еретиков и естественно должны были сочувствовать производившимся в обширных размерах конфискациям имущества богатых маранов. Это был один из самых удачных шагов Фердинанда по пути примирения Испании с инквизицией.

Другим средством успокоения дворян и привлечения их на сторону инквизиции служило назначение многих из них на вакансии, образовавшиеся вследствие привлечения к ответственности чиновников, происходивших из маранских семей. Причем сам король принимал в этом деятельное участие. 2 июля 1485 года Фердинанд назначил верных католиков, не имевших в своей крови посторонних примесей, на судебные должности, освободившиеся после еретиков в Толедо. Когда нотариус Хуан Кардона был в 1511 году ограничен в правах из-за того, что его отец Монардо Кардона (уже умерший) был признан еретиком, Фердинанд отдал занимаемую им должность нотариусу Хуану Аргенту, участвовавшему в трибунале, который признал Кардону не правоспособным занимать государственную должность.

Вообще не должно остаться впечатления, что Фердинанд часто шел навстречу жалобам пострадавших от инквизиции лиц; наоборот, гораздо чаще жалоба давала повод подозревать, что данное лицо не сочувствует деятельности инквизиции и потому заслуживает наказания. В принципиальных вопросах Фердинанд чаще всего становился на сторону инквизиции, даже если она явно нарушала фуэро.

Он также всегда поддерживал скомпрометированных инквизиторов и не отказывал им в защите даже тогда, когда от них отворачивалась сама инквизиция. В этом отношении особого внимания заслуживает дело кордовского инквизитора Люсеро. Еще предшественник Люсеро, инквизитор Гирал, отличился тем, что за взятки освобождал осужденных от обязанности носить санбенито и вымогал деньги у маранов. Он предлагал в обмен на 2 200 000 мараведи отвести от них преследования за ересь и риск конфискации имущества. Гирал успел получить в счет этой суммы 100000 и еще 50000 мараведи от двух маранов за освобождение их от участия в сборе упомянутых 2 200 000 мараведи. Когда все это раскрылось, Гирала всего лишь переместили из богатой Кордовы в бедный город Авила, где он продолжил заниматься вымогательством, но уже, конечно, в меньших размерах, не останавливаясь перед получением десяти дукатов.