Вечером 9 июля чапаевцы, оставив заслоны в предместьях Уральска, начали отход на северо-запад. Чапаев умело организовал отход под натиском казачьей конницы. Пулеметчики и стрелки отражали ее атаки в боевых порядках, артиллерия находилась в центре, имея возможность сосредоточить огонь на любом направлении. Чапаеву не раз приходилось демонстрировать личное мужество и самообладание, чтобы не допустить паники при отходе. 10 июля атаку неприятельской кавалерии поддержал, как утверждали чапаевцы, броневик. Его появление вызвало замешательство в боевых порядках и особенно в обозах. «Тогда впереди появился Чапаев. Пример бесстрашного Чапаева, спокойно наблюдающего за единоборством батареи и бронемашины, оказал изумительное влияние. Тревога пропадает. Все бойцы спешат занять свои места. Еще сильнее стараются артиллеристы. И вот снаряды, выпущенные одним из лучших чапаевских артиллеристов тов. Рапецким, легли сзади и спереди машины, взяв ее в “вилку”. Следующий снаряд попал в задние колеса, и машина, прикованная к земле, остановилась», — вспоминал Иван Кутяков.

12 июля главные силы Красной армии заняли рубеж сначала в районе станции Алтата, затем — у станции Озинки. Успешному выходу из окружения помогла отправка в тыл моторизованного обоза — колонны грузовиков под прикрытием бронемашины, сумевшего достичь станции снабжения, а затем прорваться через разъезды противника и в критический момент сражения доставить необходимые боеприпасы и продовольствие.

Ряд удачных боев против казаков и последующий успешный выход из окружения укрепили веру чапаевцев в военный гений своего командира, его непобедимость и способность найти выход из трудного положения.

Причины неудачи второго похода Красной армии на Уральск были значительно глубже, чем вымышленная измена или вероятная слабость командования. Да, действительно, командование армии могло недооценить силу сопротивления противника. Но оно вряд ли было способно предвидеть резкое изменение соотношения сил благодаря получению казаками вооружения и боеприпасов от Комуча. Как следствие, стороны поменялись ролями: после подрыва моста у станции Шипово дефицит в патронах и снарядах испытывали уже красные части, а казаки, до этого вынужденные атаковать без артподготовки или действуя только холодным оружием, могли вести огонь необходимой интенсивности. Кроме того, нельзя забывать и о левоэсеровском мятеже в Москве, Ярославле и Муроме 6–7 июля 1918 года. Мятежники захватили Муром, где находился штаб Высшего военного совета, и без единого выстрела взяли в плен членов штаба, принудив их доложить обстановку на фронтах. Вынужденное бездействие штаба и неудавшийся арест его начальника, бывшего генерала Михаила Бонч-Бруевича, который успел проскочить в Ковров в специальном вагоне, в значительной степени дезорганизовали управление войсками на фронтах. Вскоре, 10 июля, против большевиков выступил в Симбирске и командующий Восточным фронтом Михаил Муравьев. Он объявил о прекращении боевых действий против чехов и Народной армии Комуча и возобновлении войны с Германией. «Совнаркому и всем начальникам отрядов. Защищая власть советов, я от имени армий Восточного фронта разрываю позор Брест-Литовского мирного договора и объявляю войну Германии. Армии двинуты на Западный фронт…

Всем рабочим, крестьянам, солдатам, казакам и матросам… Всех своих друзей и бывших сподвижников наших славных походов и битв на Украине и юге России ввиду объявления войны Германии призываю под свои знамена для кровавой последней борьбы с авангардом мирового империализма — германцами. Долой позорный Брест-Литовский мир! Да здравствует всеобщее восстание!» Главком Восточного фронта предложил чехам выдвинуться на запад, на новый фронт борьбы с немцами, что, вероятно, вызвало лишь легкое недоумение у командования корпуса и его частей.

Бонапарт из Муравьева не получился. Большевикам удалось распропагандировать главную опору Муравьева — бронеотряд из шести машин. Кроме того, главковерх был настолько уверен в своем успехе, что не позаботился о личной безопасности и минимальной охране. На следующий день, 11 июля, Муравьев пришел на заседание губисполкома один и потребовал передать всю полноту власти фракции левых эсеров. Он даже предположить не мог, что окружен чекистами и латышскими стрелками. Председатель исполкома Иосиф Варейкис обвинил главкома в измене и потребовал его ареста. Муравьев, по одной версии, погиб в перестрелке, по другой — застрелился, увидев направленные на него винтовки.

Так или иначе, мятеж Муравьева дезорганизовал фронт. Для подавления восстаний пришлось отвлечь значительные военные силы, в том числе резервы, которые предназначались для отправки на передовую. Командующие и военачальники были в растерянности: кому подчиняться, Москве или Симбирску, и против кого воевать. Мятеж левых эсеров вызвал брожение во многих частях Красной армии и спровоцировал переход части ее комсостава на сторону противника. Чехословацкий корпус и Народная армия Комуча воспользовались замешательством в стане противника и захватили Сызрань, Бугульму, Мелекесс и Сенгилей. В начале июля оренбургские казаки заняли свою столицу и вскоре соединились под Бузулуком с отрядами Народной армии. 4 июля части Чехословацкого корпуса без боя заняли Уфу, оборону которой дезорганизовал будущий противник Чапаева, перешедший на сторону врага командующий 2-й армией Восточного фронта Федор Махин. 22 июля бригада Каппеля внезапным ударом выбила красных из Симбирска.

Командарм Ржевский объявил себя командующим «Уральским фронтом» и распорядился о начале наступления на симбирском направлении, но его быстро одернул новый командующий Восточным фронтом Иоаким Вацетис. Он приказал переформировать Особую армию в 4-ю и готовиться к наступлению на Самару и Сызрань. Однако противник опередил красное командование. Нашему герою пришлось сражаться на два фронта — против казаков и Народной армии Комуча.

Самарский Комуч намеревался развить свой успех, нанести удар на юг по обоим берегам Волги, чтобы последовательно занять Хвалынск, Вольск и выйти к Саратову. При благоприятном развитии операций Главный штаб Народной армии предполагал соединиться с донскими казаками, наступавшими на Царицын. Николаевский уезд превратился в важный оперативный плацдарм: защищавшая его бригада препятствовала соединению Народной армии с уральскими казаками, а также угрожала ударом во фланг в случае продвижения противника по правому берегу Волги на Хвалынск и Вольск.

Масштабные планы самарских эсеров и меньшевиков столкнулись с сопротивлением Красной армии и нежеланием мужского населения идти на войну. 23 июля командующий Хвалынской группой Народной армии, бывший подполковник Федор Махин доносил в Главный штаб армии: «Наши войска сражаются недурно, но большого порыва нет и страдает командный состав». Это означало, что солдаты спокойно переносили повседневное неустройство военной жизни: длительные переходы, отсутствие горячей пищи — и достаточно стойко вели себя в обороне. Однако они с трудом поднимались в атаку, залегали при более или менее интенсивном огне противника. Чтобы продолжить наступление народоармейцев, офицерам приходилось идти вдоль цепи, становясь удобной мишенью для стрелков и пулеметчиков Красной армии. Заметим: речь идет об июльской ситуации, когда мобилизация в Народную армию только начиналась и большую часть бойцов составляли добровольцы. Еще одной серьезной проблемой вооруженных сил Комуча была плохая управляемость, когда каждый командир отряда предпочитал действовать самостоятельно, без должного взаимодействия с другими отрядами и старался сосредоточить артиллерию, пулеметы и другие ресурсы у себя, за счет соседей. Значительная часть Народной армии лишь номинально входила в ее состав, оставаясь, по сути дела, большим партизанским отрядом, готовым защищать свою волость, город или уезд от большевиков, но не желавшим решать даже тактические задачи за пределами родных мест. Кроме того, как отмечал один из лидеров эсеров Прокопий Климушкин, «между Комучем и офицерством с самого же начала гражданского движения на Волге создалось взаимное непонимание, приведшее потом к полному расхождению».