Формально верующих преследовали не за исполнение религиозных обрядов или пропаганду религии, а за «контрреволюцию». Так, проверявший работу Чкаловского областного суда по делам о контрреволюционных преступлениях представитель НКЮ СССР указал на недопустимые формулировки в приговоре к расстрелу за «антисоветскую агитацию» грузчика ИТК-3 в Орске Емельяна Дегтярева. В приговоре облсуда от 14 сентября 1941 года говорилось: «15 июня 1941 года восхвалял религию и духовенство», «проводил антисоветскую агитацию религиозного характера, восхвалял царский строй и религию, призывая заключенных встать на защиту религии». «Нет нужды доказывать, — заключал проверяющий, — что такая недопустимо небрежная формулировка, из которой можно сделать вывод, что Советское государство, якобы, преследует религию, является политически вредной».

Думаю, не надо пояснять, что советское государство занималось именно этим.

Дела против верующих квалифицировались, как правило, по статье 58–10 Уголовного кодекса РСФСР и соответствующим статьям УК союзных республик, иногда по статье 58–14 (контрреволюционный саботаж).

Статья 58–10 (пропаганда или агитация, содержащие призыв к свержению, подрыву или ослаблению Советской власти или к совершению отдельных контрреволюционных преступлений) была наиболее «популярной» «контрреволюционной» статьей. Статья 58–10, часть 1 в мирное время предполагала наказание в виде заключения на срок не менее 6 месяцев. Те же действия при массовых волнениях или с использованием религиозных или национальных предрассудков масс, или в военной обстановке, или в местностях, объявленных на военном положении, влекли за собой применение «высшей меры социальной защиты», предусмотренной частью 2 статьи 58–10, — расстрела.

Статья 58–14 (контрреволюционный саботаж), то есть «сознательное неисполнение кем-либо определенных обязанностей или умышленно небрежное их исполнение со специальной целью ослабления власти правительства и деятельности государственного аппарата», влекла за собой лишение свободы на срок не ниже одного года, а при особо отягчающих обстоятельствах — расстрел.

Основным «поставщиком» дел по священнослужителям и верующим был НКВД. «Церковники и сектанты» состояли на учете в НКВД наряду с «участниками антисоветской деятельности бывших политпартий, организаций и групп, троцкистско-бухаринской агентурой иноразведок; эсерами всех оттенков; меньшевиками; анархистами; участниками антисоветской деятельности буржуазно-националистических партий, организаций и групп; бывшими офицерами, жандармами, полицейскими, политбандитами и др.; бывшими кулаками, помещиками, торговцами, фабрикантами и т. п.». В статистических материалах НКВД соответствующая графа именовалась «по окраскам учета». Лексика после начала войны нисколько не изменилась. Не изменились и первоочередные объекты репрессий.

Русская православная церковь (РПЦ), крупнейшее религиозное объединение на территории СССР, в 1930 году насчитывала около 30 тысяч приходов, 163 епископа. К 1941 году число действующих храмов сократилось до 3732, причем 3350 из них находились на территориях, вошедших в состав СССР в 1939–1940 годах. К 1941 году, по разным оценкам, число репрессированных священнослужителей составило от 50 до 140 тыс. человек, а общее число «репрессированных за веру» — около 350 тыс. В РСФСР в 25 областях не было ни одного действующего храма, в 20 — от одного до пяти. На Украине были закрыты все православные церкви в шести областях, по одной действовали в трех. В Киевской епархии оставалось в 1940 году два прихода с тремя священниками. Для сравнения: в 1917 году в епархии насчитывалось 1710 церквей и 1435 священников. В 1939 году из архиереев на своих кафедрах оставались Патриарший местоблюститель митрополит Московский и Коломенский Сергий, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), архиепископы — Петергофский Николай (Ярушевич) и Дмитровский Сергий (Воскресенский). Двое последних были агентами НКВД. Точнее, НКВД считал их своими агентами. По наблюдению О. Ю. Васильевой и И. Соловьева, «положение самого митрополита Сергия (Страгородского)… напоминало марионеточное управление». Церковь не являлась юридическим лицом, не имела собственного счета, издательства, какого-либо канала по взаимодействию с властью. Не лучше было положение других конфессий и разного рода религиозных групп.

В конце 1939‐го и в 1940 году РПЦ неожиданно оказалась востребована властью в связи с присоединением Западной Белоруссии и Западной Украины, а затем прибалтийских республик, Бессарабии и Северной Буковины. На этих территориях действовали 3350 православных храмов, а приступить к немедленной ликвидации религиозных институций на вновь присоединенных территориях было политически нецелесообразно. На священнослужителей присоединенных областей властями было сочтено необходимым «распространить марионеточную по существу юрисдикцию в условиях нового для них общественного строя». Выполнять решение Сталина, принятое по представлению НКВД (формально — Московской патриархии), были направлены архиепископы Николай (Ярушевич) и Сергий (Воскресенский), управляющий делами Московской патриархии. Николай возглавил учрежденный 28 октября 1940 года по указу митрополита Сергия (Страгородского) Западный экзархат, в который входили западноукраинские и западнобелорусские епархии. Он был возведен в сан митрополита Волынского и Луцкого, затем Киевского. В конце 1940 года Сергий (Воскресенский) прибыл в Ригу, в начале 1941‐го был назначен митрополитом Виленским и Литовским, а затем возглавил Прибалтийский экзархат, учрежденный 14 марта 1941-го. В декабре 1940 года временное управление Кишиневской епархией было поручено епископу Тульскому Алексию (Сергееву).

«Колонизаторская» миссия РПЦ на присоединенных в 1939–1940 годах территориях дала Церкви отсрочку, однако не изменила конечных целей советского государства по ликвидации религиозных институций. Закрытие храмов и аресты священников продолжались, хотя и не с прежней интенсивностью. К примеру, в 1939–1940 годах в Пермской (с 1940-го — Молотовской) области было закрыто 139 православных молитвенных зданий. В первой половине 1941 года были закрыты 32 церкви и 5 часовен, включая единственный еще действовавший в Молотове храм. Последнее решение о закрытии церквей было принято Молотовским облисполкомом 20 июня 1941 года. В области осталось, по разным оценкам, от 6 до 11 храмов. Мнения исследователей о числе действующих православных храмов на «старых» советских территориях накануне войны расходятся: от 100 до 350–400. В любом случае это число было ничтожным.

Массовое закрытие храмов загнало верующих в подполье: любое молитвенное собрание могло быть квалифицировано как контрреволюционное сборище, а группа верующих приравнена к контрреволюционной организации. В этом случае к статье 58–10 добавлялась статья 58–11: «Всякого рода организационная деятельность, направленная к подготовке или совершению… контрреволюционных преступлений, приравнивается к совершению таковых и преследуется уголовным кодексом по соответствующим статьям». Это служило отягчающим обстоятельством наряду с «использованием религиозных пережитков» и могло подвести под расстрел. В случае с группами «церковников и сектантов» задача сотрудников НКВД и прокурорско-судейских работников облегчалась тем, что верующие не возносили молитв за здравие советских вождей. Любые критические слова в адрес власти интерпретировались как антисоветская агитация, которая и объявлялась главной целью «организации». К этому иногда добавлялись — в зависимости от усердия следователей и их способности выбить нужные показания — террористические намерения или подготовка вооруженного восстания, которые приписывали деятельности представителей любых конфессий.