Согласно статистике НКВД, в 1939 году были арестованы 987 «церковников и сектантов», в том числе 414 «служителей культа». По мнению М. В. Шкаровского, на сокращение арестов в десятки раз по сравнению с 1937–1938 годами повлияло «улучшение государственно-церковных отношений». От Церкви в этих отношениях зависело очень мало, если вообще что-либо зависело; она не имела возможности каким-либо образом повлиять на эти отношения. Резкое сокращение репрессий против священнослужителей и мирян имело другие причины. Год 1939‐й уникален в истории репрессивной практики. Большой террор был остановлен, как и начат, практически одномоментно, постановлением ЦК и СНК от 17 ноября 1938 года «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия». Началась интенсивная чистка НКВД от «ежовцев»; ответственность за «перегибы» была возложена на исполнителей. В рамках так называемой бериевской оттепели в 1939 году были освобождены около 110 тысяч человек, а вновь арестованы 44 731 (в 15 раз меньше, чем в предыдущем году), причем 65,6 % всех арестов были произведены в западных областях Украины и Белоруссии. Таким образом, резкое снижение числа арестованных среди верующих (речь идет об абсолютных цифрах: по моим подсчетам, доля арестованных «церковников и сектантов» среди всех арестованных осталась практически неизменной по сравнению с 1938 годом — чуть более 2 %) объясняется «феноменом 1939 года». Можно было бы предположить, что соотношение арестованных среди «церковников и сектантов» соответствует доле арестованных на «старых» и новообретенных советских территориях, однако это не так. В 1939 году в западных областях БССР и УССР был арестован «всего лишь» 51 «служитель культа».

Аресты священников в присоединенных в 1940 году прибалтийских республиках также носили «точечный» характер: НКВД интересовали участники Белого движения и причастные, хотя бы в прошлом, к какой-либо политической деятельности. Так, в Эстонии и Латвии в 1940–1941 годах арестовали по 16 служителей православной церкви и причастных к ней. Почти все арестованные были расстреляны, погибли при невыясненных обстоятельствах или умерли в заключении. Показательно дело отставного епископа Печерского Иоанна (Н. А. Булина), арестованного 18 октября 1940 года в Петсери (Эстония). В 1932 году епископ Иоанн, отстаивавший интересы русских прихожан, был отстранен от службы в Эстонской православной церкви в результате конфликта с ее руководством. Он жил у родных как частное лицо. После ареста Булина поместили в тюрьму в Таллине, затем перевезли в Ленинград. Его обвинили в том, что он «в проповедях с амвона выступал против Советского правительства и Коммунистической партии», а также состоял «председателем комиссии для собирания материалов по биографиям погибших при Советской власти в России русских архипастырей, пастырей и церковных деятелей с целью издания их потом в печати». Восемнадцатого апреля 1941 года Ленинградским областным судом Булин был приговорен к смертной казни. Его расстреляли 30 июля. Патриарший местоблюститель митрополит Сергий признал Иоанна в звании епископа Печерского и в письме главе Эстонской апостольской православной церкви митрополиту Александру (Паулусу) от 13 декабря 1940 года предложил определить ему архиерейское служение, не ведая, что тот уже почти два месяца находился в тюрьме.

Таким образом, львиная доля «церковников и сектантов» в 1939–1940 годах была арестована на «старых» советских территориях. Они по-прежнему оставались одной из главных мишеней НКВД. В инструкции зам. наркома НКВД УССР А. З. Кобулова начальнику УНКВД новообразованной Сумской области от 3 июля 1939 года предписывалось «срочно приступить к выявлению на территории области сектантских групп: иеговистов, адвентистов, евангельских христиан, баптистов, церковников ИПЦ, старообрядцев, тихоновцев и еврейских клерикальных организаций. Взять в активную разработку руководящий состав религиозных обществ — попов, дьяконов, архимандритов, раввинов, проповедников сект, мобилизовав внимание агентуры на выявление их связей и практической антисоветской деятельности». Понятно, что это не было личной инициативой Кобулова.

В 1940 году число арестов «церковников и сектантов» возросло по сравнению с 1939‐м более чем в два раза: был арестован 2231 человек, включая 910 «служителей культа». Число арестованных по религиозным мотивам было даже несколько выше: в отношении еврейских организаций в скобках пояснено: «сионисты, клерикалы». Статистика, очевидно, неполна, но позволяет проследить динамику репрессий.

По словам протоиерея В. А. Цыпина, после разгрома Польши, когда «потенциальный противник вышел на границы нашего государства», «над страной нависла грозная военная опасность, которая побуждала к единению, к преодолению вражды и ненависти… В последние предвоенные месяцы давление на Русскую Православную Церковь ослабло, волна репрессий утихла». Статистика арестов свидетельствует об обратном: действия НКВД-НКГБ, отвечавших за «взаимодействие» с религиозными институциями в условиях нарастания военной угрозы, были прямо противоположными и вполне предсказуемыми — расширение и ужесточение репрессий. В первом полугодии 1941 года были арестованы 1618 «церковников и сектантов». Власть по-прежнему видела в «служителях культа» и верующих ненадежные и враждебные элементы. Надо сказать, что она приложила немало усилий, в особенности в 1930‐е годы, чтобы превратить их в таковые. Теперь пришло время пожинать плоды собственной политики.

Репрессивные органы относили священнослужителей и верующих любых конфессий и религиозных групп к противникам советской власти. НКВД никогда не прекращал борьбу с ними: вопрос заключался в масштабах репрессий и степени их жестокости. Репрессии против верующих становились предметом специальных исследований, им уделялось внимание в общих работах по истории РПЦ и некоторых других религиозных объединений и в работах по истории репрессий в целом. Оценки числа репрессированных «за веру» существенно разнятся.

Исследователи репрессий против верующих обращаются преимущественно к следственным делам и довольно редко — к судебным материалам. Между тем основным «инструментом» репрессий в предвоенный период были суды общей подсудности. В значительной мере они сохраняли эту роль в первые полтора года войны. Всего по делам о «контрреволюционных преступлениях» судами всех видов в 1941–1945 годах были осуждены 640 629 человек; 108 024 из них осуждены верховными судами союзных и автономных республик, краевыми и областными судами. К этому числу следует прибавить 28 326 человек, осужденных лагерными судами, лагерными отделениями и постоянными сессиями верховных судов союзных и автономных республик, краевых и областных судов. Львиная доля дел о контрреволюционных преступлениях, рассмотренных судами общей подсудности, приходится на 1941–1942 годы — в этот период были осуждены 72 694 человека, а с учетом постоянных сессий «гражданских» судов в лагерях — почти 90 тыс. Наибольшую часть дел о контрреволюционных преступлениях в 1941–1945 годах рассматривали военные трибуналы. Всего ими были осуждены 471 988 человек. Однако во второй половине 1941 года, когда в условиях военного времени резко возросла численность и расширилась компетенция военных трибуналов, судами общей подсудности было рассмотрено наибольшее число дел о контрреволюционных преступлениях.

Материалы военных трибуналов в основном остаются недоступными для исследователей. В то же время архивы Наркоматов юстиции СССР и РСФСР, Верховного суда (далее — ВС) СССР неплохо сохранились и в значительной своей части открыты. Эти материалы и являются преимущественно источниковой основой настоящей статьи.