12 сентября Ушаков пишет командующему английской Средиземноморской эскадрой Г. Нельсону и командиру английского отряда при Александрии командору С. Смиту о посылке в помощь англичанам к берегам Египта десяти турецких канонерских лодок. Уже 14 сентября отряд капитана 2 го ранга А.А. Сорокина – фрегаты «Св. Михаил», «Богородица Казанская», два турецких фрегата и 10 турецких канонерских лодок – вышел из Дарданелл и направился к острову Родос и далее к Александрии для содействия английскому отряду командора Сиднея Смита.

Ф.Ф. Ушаков намеревался выйти в море 16 сентября, но противный ветер задержал его. 20 сентября русско-турецкий флот вышел из Дарданелл и направился в Архипелаг. Впервые русские военные корабли вышли из Черного моря – это событие исторического значения.

Освобождение Ионических островов Ф.Ф. Ушаков начал с острова Китира (Цериго). В соответствии с ордером адмирала 24 сентября русские фрегаты «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и судно «Панагия Апотуменгано» для связи с эскадрой под общим командованием капитан-лейтенанта И.А. Шостака отделились от флота и направились к о-ву Цериго. И.А. Шостак должен был вручить жителям острова письменное воззвание Ф.Ф. Ушакова, призывавшее их к совместным действиям против французов. 28 го отряд подошел к острову и высадил десант, занявший небольшое укрепление Св. Николая, оставленное французами. Гарнизон острова перешел в крепость Капсали, защищенную высокими стенами. В тот же день к острову подошел весь флот (10 линейных кораблей, 7 фрегатов, 4 корвета, 7 малых судов). 29 сентября у крепости Капсали был высажен десант под командованием капитана Д. Никонова (550 человек, в том числе 300 турок), а под стенами крепости установлены две батареи. Орудия для них пришлось с большим трудом переносить на руках по гористой местности.

29 сентября Ф.Ф. Ушаковым был направлен ордер капитану 2 го ранга А.А. Сорокину, находившемуся с отрядом у берегов Египта, о следовании с отрядом к острову Цериго для присоединения к эскадре, в случае подтверждения известия об уничтожении англичанами французских судов в Александрии.

1 октября после упорного сопротивления была взята крепость Капсали. Она была атакована с суши и с моря – тремя фрегатами и авизо, с «Григория» и «Счастливого» был высажен десант (300 человек) под командованием И.А. Шостака. Потерь ни русские, ни турки не имели. У французов – 9 убитых и много раненых. В качестве трофеев досталась 31 пушка.

Сразу же после взятия Цериго у Ф.Ф. Ушакова появились новые, не свойственные флотоводцу дипломатические функции: надо было определить, какое установить на острове административное правление. До Петербурга было далеко, а быстро развивающиеся события требовали действовать безотлагательно. Адмирал объявил населению, что на острове вводится самоуправление. Начальником крепости Капсали Ф.Ф. Ушаков 4 октября назначил поручика Диаманти.

6 октября флот покинул Цериго и, оставив там небольшой отряд, направился к острову Закинф (Занте), куда, задержанный противным ветром, прибыл 13 го. Накануне к острову подошли фрегаты «Григорий Великия Армении» и «Счастливый», под командованием капитан-лейтенанта А.А. Шостака отправленные Ф.Ф. Ушаковым вперед.

Они артиллерийским огнем разрушили береговые батареи французов и высадили десант (350 человек), к которому присоединились вооруженные жители острова. Ф.Ф. Ушаков, прибыв к острову, приказал десанту штурмом взять крепость Занте. Но штурм не состоялся, так как комендант крепости предложил перемирие. 14 октября была подписана капитуляция.

Сдавшийся гарнизон (47 офицеров и 444 нижних чина) получил разрешение на почетный выход из крепости. В крепости и на батареях было взято 62 пушки, часть из которых погрузили на фрегаты. У Занте была взята в плен французская полугалера. Комендантом крепости на острове Занте Ф.Ф. Ушаков назначил мичмана М.Н. Васильева.

Чтобы ускорить освобождение архипелага, Ф.Ф. Ушаков и Кадыр-бей решили разделить объединенную эскадру на отряды. От Занте были отправлены три отряда для действий против французских гарнизонов на островах Кефалония, Левкада и для блокады Корфу.

Отряд капитана 2 го ранга И.С. Поскочина – корабль «Св. Троица», фрегаты «Сошествие Святого духа», «Счастливый», авизо «Красноселье» и турецкий фрегат – 14 октября был отправлен к острову Кефалония, к которому подошел 15 го. На остров был высажен десант 56 человек. На следующий день были высажены еще 164 человек, и 17 октября десант овладел без сопротивления двумя городами – Аргостолион и Ликсурион, крепостями Ассос и Сталамье и двумя укреплениями. В плен было взято 208 французов и 56 пушек, большое количество пороха и ядер.

18 октября отряд капитана 1 го ранга Д.Н. Сенявина – корабль «Св. Петр», фрегат «Навархия», турецкие корабль и фрегат – отправился к острову Левкада (Св. Мавры). 21 октября, подойдя к острову, отряд высадил десант – 487 человек (в том числе 40 турок) при 10 офицерах с 6 орудиями под командованием капитан-лейтенанта графа Н.Д. Войновича, на остров и материк, от которого Левкада отделен узким мелководным проливом. 23 октября построенная русскими батарея открыла огонь по крепости Св. Мавры и десантники приступили к ее осаде. Французы ожесточенно отвечали из орудий и ружей. 25 октября Д.Н. Сенявин предложил французам сдать крепость, но они отказались вести переговоры. До конца месяца на остров было высажено 674 человек и 10 орудий, к десанту присоединились сотни вооруженных жителей острова.

20 октября отряд капитана 1 го ранга И.А. Селивачева: корабли «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне», фрегат «Григорий», корабль и два фрегата турецких – отправлен к острову Корфу. 24 октября этот отряд подошел к крепости и приступил к ее блокаде. Турецкий линейный корабль и два фрегата заняли северный пролив, русских два линейных корабля и фрегат – южный. Корабли постоянно находились под парусами. На рейде Корфу были заблокированы французские корабли: новый 74 пушечный «Женерё», 54 пушечный «Леандр», 32 пушечный фрегат «Брюн», 24 пушечный бомбардирский корабль «Фримёр», бриг и несколько вспомогательных и гребных судов. И.А. Селивачев по прибытии к острову предложил гарнизону крепости сдаться, но получил отказ.

29 октября корабль «Богоявление Господне» взял в плен французскую 18 пушечную шебеку. Ее назвали «Макарий» и включили в состав эскадры.

Быстрому освобождению крепостей Св. Мавры и Корфу препятствовали враждебные действия Али-паши Янинского. Этот наместник султана в Эпире был неограниченным властителем земель на восточном побережье Адриатического моря, фактически независимым от турецкого правительства. Он имел около 10 тысяч пехоты и 3 тысяч конницы, а при необходимости мог довести численность пехоты до 40 тысяч и конницы – до 10 тысяч. Али-паша стремился использовать войну для расширения своих владений. Он тайно вел переговоры с французскими гарнизонами крепостей, предложив им заключить союз против русских и сдать крепости Св. Мавры и Корфу ему. Надежда на поддержку Али-паши продлила сопротивление французов. Али-паша сам пытался захватить французские владения в Эпире. В октябре 1798 г. его войска заняли и разграбили город Превезу. Русскому адмиралу удалось путем дипломатических переговоров с Али-пашой помешать осуществлению его планов. По просьбе населения Ф.Ф. Ушаков объявил города Паргу, Бутрино, Превезу и Воницу находящимися под покровительством России и Турции.