Союзный флот испытывал большие трудности со снабжением боеприпасами и продовольствием. Турки, обязавшиеся снабжать корабли провиантом, доставляли недоброкачественные продукты и с большими перебоями. 22 ноября к эскадре Ф.Ф. Ушакова у Корфу пришли из Черного моря бриг «Феникс» (лейтенант Л.Ф. Морской) и шхуна № 1 (капитан-лейтенант П.М. Макшеев), доставив провиант.

К Корфу постепенно стягивались все русские и турецкие суда. 22 ноября пришел отряд Д.Н. Сенявина от острова Св. Мавры.

9 декабря от берегов Египта пришел отряд А.А. Сорокина – фрегаты «Св. Михаил» и «Казанская Богородица». Этот отряд 14 сентября выйдя из Дарданелл, сделав остановки у островов Станчио и Родос, прибыл к Александрии. Отряд Сорокина за время участия в блокаде Александрии перехватил несколько судов, пытавшихся доставить пополнение французам. Но русские суда, находившиеся у берегов Египта, не получали провианта ни от турок, ни от англичан. 22 октября отряд направился к Корфу.

Наконец 30 декабря в Корфу прибыл отряд контр-адмирала П.В. Пустошкина, вышедший из Севастополя 26 октября. Он состоял из кораблей «Св. Михаил» (капитан 1 го ранга И.О. Салтанов), «Симеон и Анна» (капитан 2 го ранга К.С. Леонтович).

Однако сухопутных войск для штурма крепости не хватало. 26 ноября Ф.Ф. Ушаков пишет письмо Али-паше Янинскому с напоминанием о скорейшей присылке войск для совместных действий против Корфу. В начале декабря фрегат «Счастливый» и турецкий фрегат направлены в Химару для доставки албанских войск в Корфу.

2 декабря Ф.Ф. Ушаков написал письма Кадыр-бею о необходимости скорейшей присылки для осады Корфу войск, обещанных турецким правительством, и принятию мер к ускорению доставки продовольствия для эскадры. Затем он еще несколько раз напоминал о присылке войск, обещанных турецким правительством.

Г. Нельсон направил 12 декабря 1798 г. Ф.Ф. Ушакову письмо из Неаполя о ходе военных действий на Средиземном море и своих планах на будущее.

«Милостивый государь!

Я имел честь получить любезное и лестное для меня письмо вашего превосходительства от 30 ноября. Я с гордостью буду поддерживать вашу хорошую и ценную дружбу….

Я еще ничего не слышал о взятии Александрии турецкой и русской эскадрой совместно с моим дорогим другом капитаном Гудом, оставленным мною в качестве руководителя блокадой. Я надеюсь в скором времени услышать об истреблении французских кораблей в Александрии, а также всей французской армии в Египте. Мальта блокирована эскадрой в составе 3 линейных судов и четырех фрегатов. Мортиры и пушки недавно отправлены из здешнего арсенала для употребления их мальтийцами, которые направили 14 000 человек под ружьем против города Ла-Валет; Гоцо (небольшой остров вблизи Мальты) несколько времени тому назад сдался войскам его величества. Я немедленно приказал поднять там флаг короля обеих Сицилий и передать этот остров в его законное владение вместе с Мальтой, где развевается неаполитанский флаг, под которым сражались храбрые мальтийцы.

Я только что вернулся, доставив войска его сицилийского величества в Ливорно и оставив эскадру крейсировать у северного берега Италии. С большим удовольствием сообщаю вашему превосходительству о завоевании английской армией и эскадрой, вышедшей из Гибралтара, острова Минорка, бывшего во власти испанцев.

Я питаю надежду на то, что Корфу скоро будет сдан благодаря вашим усилиям, направленным на эту крепость.

Поверьте мне, что успехи оружия вашего государя так же радуют меня, как и победы моего доброго милостивого короля. Остаюсь с чувством истинного уважения к вам вашего превосходительства покорнейшего слуга Нельсон.

P. S. Только что прибыл сюда один английский фрегат, и с истинным огорчением я думаю о том, что ни одна эскадра с 2 ноября не пришла помочь капитану Гуду, который давно очень нуждался в продовольствии и снаряжении. Прибыли только один или два фрегата и морские канонерки, в то время как, несомненно, должны были бы быть присланными 3 парусных линейных судна, 4 фрегата с мортирами. Египет должен быть первым объектом, Корфу – вторым… Нельсон».

Английский адмирал считал, что русско-турецкая эскадра должна в первую очередь оказывать помощь англичанам и уже во вторую – решать свои задачи.

18 декабря Ф.Ф. Ушаков направляет рапорты в Адмиралтейств-коллегию и Павлу I об израсходовании на эскадре запасов продовольствия, о присылке обмундирования и денег для выплаты жалования.

В конце декабря 1798 г. французы направили из Анконы для поддержки гарнизона Корфу три линейных корабля, два вспомогательных судна и около 3 тысяч человек войск. 5 января 1799 г. Ушаков выслал им навстречу отряд контр-адмирала П.В. Пустошкина: корабли «Св. Михаил», «Симеон и Анна», фрегаты «Богородица Казанская», «Счастливый» и два турецких фрегата. 7 января 1799 г. отряд пришел к городу Авлона, а 13 го – в Новую Рагузу. Здесь выяснилось, что французский отряд, стоявший у острова Лисса, узнав о выходе русско-турецкого отряда, поспешно вернулся в Анкону. 3 февраля 1799 г. отряд П.В. Пустошкина вернулся в Корфу.

1 января 1799 г. соединенная русско-турецкая эскадра находилась у Корфу, встав вокруг острова Видо. По южную сторону Корфу стоял отряд Д.Н. Сенявина – «Св. Петр», фрегаты «Св. Михаил», «Григорий Великия Армении», «Навархия», «Сошествие Святого Духа», «Счастливый», акат и два авизо. С 4 января по 19 февраля продолжалась ежедневная редкая перестрелка неприятеля с русскими береговыми батареями.

13 января французские канонерские лодки попытались выйти дальше выстрелов орудий крепости Видо, но, попав под огонь русских кораблей, возвратились.

Во время чрезвычайно темной ночи с 25 на 26 января при крепком южном ветре корабль «Женере», бриг и галера, у которых паруса были выкрашены в черный цвет, прорвался и ушел в Северный проход в сторону Анконы, хотя наши суда при его проходе немедленно открыли огонь. За французским кораблем погнались «Захарий и Елизавета», «Богоявление Господне» и два турецких фрегата. Но в ночной темноте французские суда оторвались. Еще раз подтвердились прекрасные ходовые качества французских судов. Линейный корабль «Женере», в январе ушедший с Корфу, 18 ноября 1799 г. был взят в плен эскадрой Г. Нельсона у Мальты.

Против Корфу 28 января возвели новую береговую батарею. К концу января общее число присланных албанских войск доходило до 4250 вместо обещанных Портою 10 тысяч.

Ф.Ф. Ушаков разработал диспозицию штурма крепости, которая была точно выдержана во время боя. Принимая в расчет мощную оборону крепости и недостаток десантных войск, адмирал предусматривал атаку крепости с моря, а затем с суши при четкой согласованности действий десанта с корабельной артиллерией. Этот метод противоречил общепринятой в то время тактике действий флота против морских крепостей, которая предписывала блокаду крепости с моря и штурм с суши.

Из-за нехватки сухопутных войск адмирал решил бросить на штурм укреплений и часть команд кораблей. Моряков обучали стрельбе из ружей, применению штурмовых лестниц и фашин – всему, что необходимо было уметь в сухопутном бою.