Ф.Ф. Ушаков 21 октября направил Павлу I рапорт об освобождении островов Кефалонии и Св. Мавры и следовании соединенной эскадры к острову Корфу для его блокады.

21—23 октября эскадра Ф.Ф. Ушакова перешла к острову Кефалония. Здесь им было получено сообщение от Д.Н. Сенявина, что на острове Св. Мавры гарнизон более чем в 500 человек своими силами расположенную на крутом утесе, окруженном со всех сторон водой, крепость взять не сможет. Поэтому Ф.Ф. Ушаков направил 28 октября к Корфу на помощь отряду И.А. Селивачева корабль «Св. Троица» с двумя турецкими фрегатами под командованием капитана 2 го ранга И.С. Поскочина. Эти суда прибыли к Корфу 31 октября 1798 г.

С остальными кораблями Ф.Ф. Ушаков 29—31октября перешел к острову Левкада (Св. Мавра), которую блокировал Д.Н. Сенявин. Авизо «Красноселье» (лейтенант А.М. Рябинин) остался как брандвахтенный пост у острова Кефалония. 2 ноября после 10 дневной осады и бомбардировки крепость Св. Мавры капитулировала.

В крепостях освобожденных островов союзники взяли много трофеев. Пленные гарнизоны были перевезены в Патрас и оттуда отправлены в Константинополь. Гарнизон острова Китира (Цериго) и офицерский состав других гарнизонов были отпущены на родину с обязательством не участвовать в войне против союзников. 26 октября русский фрегат «Счастливый» и турецкий фрегат, приняв пленных французов, направились к полуострову Морея.

Население Ионических островов встречало русских как освободителей, помогая им в борьбе против французов. После изгнания французов на островах были созданы органы самоуправления. Ф.Ф. Ушаков оставил им в помощь небольшие отряды (по 25 человек). Адмирал написал вице-президенту Адмиралтейств-коллегии Г.Г. Кушелеву о желании населения освобожденных Ионических островов остаться под русским управлением, а также с просьбой о присылке на эскадру историографа, художника и переводчика.

3 ноября Ф.Ф. Ушаков направил Г. Нельсону письмо с извещением об освобождении от французов островов Цериго, Занте, Кефалония, Св. Мавры и начатой блокаде острова Корфу. В нем он просил также сообщить «о местопребывании вашем с английскою эскадрою и какие вами в той стороне чинятся предприятия и деятельности…»

Полномочный министр при неаполитанском правительстве В.В. Мусин-Пушкин-Брюс 6 ноября сообщил Ф.Ф. Ушакову просьбу неаполитанского правительства об оказании содействия неаполитанским войскам. Ушаков ответил ему о возможности перехода эскадры к Анконе лишь после взятия Корфу и ремонта кораблей эскадры.

9 ноября эскадра Ф.Ф. Ушакова («Св. Павел», «Мария Магдалина», фрегаты «Св. Николай» и «Счастливый») пришла к Корфу и встала на якорь в бухте Мисанги. У острова Св. Мавры остались линейный корабль «Св. Петр» и фрегат «Навархия» для установления порядка на острове.

Союзные русско-турецкие силы у Корфу насчитывали всего восемь линейных кораблей, семь фрегатов и малых судов. Остальные суда в составе небольших отрядов находились у берегов Египта, Мореи и Ионических островов.

Остров Корфу – самый северный и самый крупный в Ионическом архипелаге, служил базой французов в северо-восточной части Средиземноморья. Он был наиболее укреплен. В июне 1797 г. в порт острова вошла французская эскадра, доставившая более трех тысяч человек, составивших гарнизоны оккупированных островов. В своих дальнейших захватнических планах в восточном Средиземноморье Бонапарт отводил Корфу роль опорной базы своих морских и сухопутных сил.

Крепость Корфу, построенная венецианцами и модернизированная французами, считалась одной из сильнейших крепостей на Средиземном море. Она была расположена на скалистом полуострове, выдвинутом в пролив Корфу. На восточной оконечности полуострова – мысе Сидеро, круто поднимающемся над морем на 64 м, находилась цитадель (Старая крепость), отделенная от города глубоким каналом, через который был переброшен подъемный мост. Город Корфу был также окружен глубоким рвом и высоким двойным валом с бастионами.

С суши город был защищен Новой крепостью с укреплениями в скале и тремя фортами – Сан-Авраам, Сан-Роке и Сальвадор, соединенными подземными ходами. С моря крепость прикрывалась высоким скалистым островом Видо, служившим ключевой позицией ее обороны. На нем располагались пять мощных батарей и центральный редут, соединенные засеками. Ушаков назвал Видо ключом Корфу.

Гарнизон крепости Корфу, которым командовал дивизионный генерал Л.Ф.Ж. Шабо, состоял из 3,7 тысячи человек (в том числе на острове Видо под командой генерала Пиврона – 821 человек). В Корфу и на острове Видо имелись 650 орудий разных калибров. Гарнизон был обеспечен полугодовым запасом продовольствия.

Линейные корабли «Женере», «Леандр» и фрегат «Брюн», стоявшие вместе с мелкими судами в гавани Мандракио, своим огнем могли содействовать обороне крепости с моря. Они имели на борту более 200 орудий, экипажи насчитывали около 1,5 тысячи моряков.

Отсутствие достаточного количества сухопутных войск и осадной артиллерии вынудили Ф.Ф. Ушакова в ожидании прибытия остальных отрядов установить тесную блокаду крепости с суши и моря. Подготовку к взятию крепости начали с постройки на берегу вблизи укреплений крепости осадных батарей.

Адмирал 10 ноября направил В.С. Томаре письмо, в котором сообщал о недостатках в снабжении эскадры продовольствием и об отсутствии средств для обмундирования личного состава эскадры.

12 ноября французский корабль «Женере», выйдя из порта Корфу, открыл огонь по «Св. Троице». Увидев, что на помощь русскому кораблю двинулся «Захарий и Елизавета», французский корабль ушел под прикрытие береговых батарей. Через полчаса он вышел другим проходом и начал перестрелку со «Св. Павлом», но, получив повреждения, вернулся в порт.

14 ноября на берег к северу от крепости был отправлен отряд в 128 человек под командой капитана Кикина и лейтенанта Ганфельда. Этот отряд занял холм у деревни Мандуккио, против форта Сан-Авраама, и построил там батарею из 9 орудий. В ту же ночь отряд отразил вылазку, произведенную большими силами неприятеля.

Через два дня с южной стороны крепости был высажен другой небольшой отряд – лейтенанта Ратманова с 13 ю морскими солдатами и 6 ю артиллеристами. Отряд этот построил при помощи вооруженных жителей батарею (две пушки и гаубица) на холме св. Пантелеймона. Эти две батареи, несмотря на свою слабость, сильно беспокоили французов. И комендант крепости решил их уничтожить.

Сам генерал Шабо утром 20 ноября повел из крепости на холм св. Пантелеймона отряд в 600 человек с двумя орудиями. Вооруженные корфиоты числом до 1,5 тысячи дрогнули под стремительным натиском неприятеля и бросились бежать. 17 наших солдат были захвачены в плен, два спаслись на шлюпке. Три наших орудия достались французам.

В тот же день, через несколько часов, французы в числе 1 тысячи человек бросились на приступ второй нашей батареи у Мандуккио. Здесь находились 310 русских, 100 турок и 30 албанцев. Бой длился с полудня до самого вечера, наступление велось с трех сторон, причем в атаке участвовала и кавалерия. Наш отряд выступил из батареи и бросился в штыки. Неприятель отступил, и несмотря на повторявшиеся атаки французов, все они были отражены. Батарея оставалась до самого падения крепости.