Средиземное море, находившееся в продолжение полутора лет в полном владении Франции, теперь было занято английскими, русскими, турецкими и португальскими эскадрами и отрядами, и к концу 1798 г. у французов оставался в этом море только один линейный корабль, заблокированный на Мальте. Наибольшую активность проявляли французские каперы, весьма многочисленные в Средиземном море.

Весной 1799 г. Франция сделала попытку восстановить утраченное обладание Средиземным морем, для чего в командование брестским флотом вступил сам морской министр адмирал Ф. де Брюи. Воспользовавшись тем, что английская эскадра из-за свежего ветра отошла на 12 миль к западу от острова Уэссана, французский флот (25 линейных кораблей, 5 фрегатов, 2 корвета) 26 апреля вышел в море и направился на юг. Он имел задачу деблокировать находившуюся в Кадиксе испанскую эскадру из 19 линейных кораблей, вместе с ней войти в Средиземное море, деблокировать Мальту, овладеть Миноркой и восстановить сообщение между Францией и армией Бонапарта в Египте.

Не зная намерения французов, английская эскадра от Бреста поспешила к берегам Ирландии для защиты ее от возможного нападения. Время на поиск Ф. де Брюи было упущено.

Небольшая английская эскадра, блокировавшая Кадикс, не стала препятствовать французам, и они 5 мая вошли в Средиземное море. Штормовой ветер препятствовал испанцам присоединиться к союзникам.

Английские морские силы в это время были сильно разбросаны и не смогли сразу организовать преследование противника. Их эскадры стягивались в Порт-Магон на острове Минорка.

Воспользовавшись уходом англичан в Средиземное море, испанцы 14 мая вышли из Кадикса, прошли Гибралтар и 20 го прибыли в Картахену.

22 мая лорд Сент-Винсент с 20 линейными кораблями вышел к Тулону, а 30 го он узнал, что французский флот три дня назад покинул Тулон. Английский флот искал французов, а французская эскадра адмирала Брюи – 22 корабля, 11 фрегатов и корветов, 2 транспорта – 26 мая вышла из Тулона и направилась на восток. 31 мая она вошла в бухту Вадо (у Генуи), высадила 1000 солдат и припасы для помощи Савоне, обложенной русско-австрийской армией.

Затем адмирал Ф. де Брюи направился к Генуе, куда прибыл 5 июня. 6 июня французы снялись с якоря и 23 июня пришли в Картахену, где соединились с испанцами. И 29 июня, когда английский флот, обойдя западную часть Средиземного моря, шел к Тулону, Ф. де Брюи вышел из Картахены в сопровождении 16 испанских кораблей (всего в соединенной эскадре – 40 линейных кораблей) и направился в океан. 12 июля Брюи уже вошел в Кадикс, а адмирал Д. Кейт только 10 июля вышел за ним в погоню из Порт-Магона с 31 кораблем и направился к Гибралтару, куда прибыл 29 июля – уже через три недели после прохода союзников.

21 июля союзники вышли из Кадикса в море. 30 июля Д. Кейт с 31 линейным кораблем вышел из Гибралтара в погоню. 14 августа английские фрегаты обнаружили союзников в Бресте, куда они прибыли накануне. Д. Кейт отправился в Торбей. Вследствие прихода французско-испанского флота в Брест, в Англии вновь началась тревога за свое побережье, но теперь и англичане сосредоточили в Ла-Манше огромную силу из 56 линейных кораблей.

В начале января 1799 г., когда адмирал Ф.Ф. Ушаков готовился к штурму Корфу, генерал Наполеон двинулся к Сирии с отрядом 13 000 человек, при 27 полевых орудиях и 11 гаубиц. Остальная французская армия – 17 000 рассеялась по провинциям Египта.

Английский отряд – два линейных корабля, два бомбардирских судна и фрегат 2 февраля прибыл к Александрии. На следующий день началась бомбардировка, продолжавшаяся с перерывами до 22 февраля.

Еще в марте англичане начали переговоры с турками для составления плана действий турецкой армии против французов в Египте. 11 июля 1799 г. на Абукирский рейд прибыл англо-турецкий флот. 14 го турки высадили на Абукирский полуостров 16 тысяч войск под командованием Мустафы-паши. Турки овладели фортом.

Получив известие о прибытии турецкого флота, Бонапарт направил к Абукиру подкрепления. 25 июля Бонапарт атаковал Мустафу. Сражение закончилось на следующий день полным разгромом турецкой армии.

Позиции французской армии в Египте были также ослаблены действиями русской эскадры под командованием Ушакова. Овладев в октябре – ноябре 1798 г. Ионическими островами и изгнав оттуда французов, Ушаков лишил их первоклассной средиземноморской позиции для дальнейшего захвата Египта и Константинополя.

В Европе в это время Франция терпела неудачи (в Италии и на Рейне), а внутри ее царили несогласие и упадок духа. Вследствие известий об этом и сознания невозможности, из-за потери флота, при настоящих силах армии удержать за собой Египет, Бонапарт решил возвращаться во Францию.

Пользуясь отсутствием у берегов Египта английского флота, Наполеон и сопровождавшие его генералы на двух фрегатах отплыли 23 августа из Египта и, зайдя на Корсику, 9 октября прибыли в Фрежю на побережье Франции.

Завершив в феврале 1799 г. освобождение Ионических островов, эскадра Ф.Ф. Ушакова с началом военных действий на суше активно взаимодействовала с союзными войсками.

26 февраля 1799 г. Ф.Ф. Ушаков направил письмо неаполитанскому королю о взятии крепости Корфу и о подготовке к отправке части эскадры в Бриндизи. В тот же день он пишет В.В. Мусину-Пушкину-Брюсу о предполагаемом походе части эскадры в Бриндизи и Отранто, а затем в Мессину.

Ф.Ф. Ушаков сообщил Г. Нельсону о взятии крепости Корфу и о дальнейшем плане действия эскадры: «Ваше превосходительство, милостивый государь!

За почтеннейшие письма вашего превосходительства всепокорнейшее благодарю и известить честь имею: крепости Корфу оружием соединенных эскадр, сильными и решительными действиями взяты нами на договор и нами приняты со всеми укреплениями.

От сего времени отделил я половину эскадры мне вверенной с такой же половиною эскадры Блистательной Порты в разные командировки, и коль скоро получим ожидаемую нами провизию для служителей отправимся в Бриндичи и Отранту для вспоможения и ободрения жителей оных мест, а оттоль, обходя Калабрию, пойдем в Мессину, где надеюсь иметь удовольствие лично засвидетельствовать вашему превосходительству истинное мое почтение и преданность».

2 марта фрегат «Счастливый» (капитан-лейтенант Г.Г. Белли) у Бриндизи взял в плен французский 8 пушечный требакул. Французское судно шло из Анконы в Александрию с депешами генералу Бонапарту.

Англичане неоднократно просили направить часть русских и турецких кораблей к берегам Египта и Сирии, но это разделило бы силы объединенного флота и осложнило бы выполнение основной задачи – освобождения побережья Италии.

5 марта Ф.Ф. Ушаков направил письма Томаре о нежелательности ослаблять силы эскадры посылкой судов к берегам Сирии и Египта по требованию англичан и командующему отрядом английских судов, блокирующих побережье Сирии и Египта, о невозможности прислать из состава соединенной эскадры суда для усиления его отряда.