В объемистом пакете, который 25 августа в Розетте вручил Клеберу шеф бригады Эссотье, находилась пространная инструкция Бонапарта по общим вопросам международной и военной политики с четырьмя дополнявшими ее мемуарами - «О внутреннем управлении», «Об укреплениях», «Об обороне Египта» и «О политических делах».

В первом и главном из этих документов Бонапарт объяснял свой отъезд необходимостью вернуть Франции утраченную в его отсутствие Италию. Перечислив взятых им с собою генералов и ученых, он просил Клебера в течение октября отправить следом генерала Ж. А. Жюно, а также оставленных Бонапартом в Каире «офицеров и слуг». Отдельно оговаривалась дальнейшая судьба Дезе: «В намерения правительства входит, чтобы генерал Дезе в течение ноября отправился в Европу, если этому не помешают какие-либо важные события». Очевидно, решив, что ввиду важной роли, которую Дезе играл в экспедиции как фактический правитель Верхнего Египта, одной только личной просьбы здесь окажется недостаточно, Бонапарт ссылается на некие «намерения правительства», хотя понятно, что при долгом отсутствии связи с Францией подобной информации он ниоткуда получить не мог.

Сообщая о прибытии в Тулон французской эскадры из Бреста, а в Картахену - флота союзной французам Испании, Бонапарт заверял своего преемника, что скоро будет обеспечена беспрепятственная доставка в Восточную армию необходимых ей подкреплений и оружия. Сам он «и как общественный деятель, и как частное лицо» обещал сделать всё возможное, чтобы Клебер впредь регулярно получал новости из Франции.

Однако главное в этой инструкции было высказано как бы между делом, вперемежку с частными и сугубо техническими деталями - приём, который Бонапарт позднее еще не раз будет применять в разных обстоятельствах, в частности при составлении конституций.

Именно так, мимоходом, он устанавливает Клеберу сроки дальнейшего пребывания Восточной армии в Египте:

«Если в силу непредвиденных событий все попытки [установить постоянное сообщение с метрополией] окажутся бесплодными, если к маю вы не получите из Франции ни подкреплений, ни известий, если в этот год, несмотря на все предосторожности, в Египте будет чума и убьет у вас более 1500 человек - потери значительные и превышающие те, что ежедневно наносит война, - то в таком случае, я думаю, вы не должны рисковать, вступая в новую кампанию, и вам дозволяется заключить с Османской Портой мир, даже если его главным условием станет эвакуация из Египта. Надо только оттянуть выполнение этого условия, если удастся, до заключения общего мира».

Таким образом, согласно воле Бонапарта, забытой им в Египте армии следовало продержаться как минимум до мая 1800 г., то есть без малого год, после чего ее командование получило бы в соответствии с его инструкцией право начать переговоры об эвакуации. Такой срок оставлял Бонапарту достаточно времени для того, чтобы решить во Франции вопрос о власти еще до того, как брошенные им в Египте десятки тысяч солдат и офицеров, едва ли питающих к нему из-за этого теплые чувства, вернутся на родину во главе с авторитетным и враждебно к нему настроенным генералом. К тому же если бы Восточной армии удалось каким-либо образом сохранить свои позиции в Египте до заключения общего мира, то на переговорах о таковом вполне можно было постараться в той или иной форме продлить доминирование Франции в этой стране, заслуга завоевания которой в подобном случае полностью принадлежала бы Бонапарту. Свои соображения о стратегическом значении владения Египтом он постарался донести в инструкции и до Клебера: «Вы лучше, чем кто-либо другой, гражданин генерал, можете оценить, насколько владение Египтом важно для Франции. Турецкая империя, которая грозит осыпаться с любой из сторон, сейчас разваливается, а потому эвакуация французов из Египта стала бы тем большим несчастьем, что на наших глазах сия прекрасная провинция перешла бы в руки других европейцев».

К инструкции Бонапарт приложил копию своего письма, которое еще 18 июля 1799 г. отправил Юсуф-паше, великому визирю Османской империи. В этом послании автор пытался убедить адресата в дружественных намерениях французов по отношению к туркам и в том, что Республика отнюдь не претендует на Египет. Правда, об эвакуации оттуда французской армии не говорилось ни слова, но «зато» Бонапарт предлагал туркам заключить союз против их «общих врагов» - России и Австрии.

На случай, если визирь положительно ответит на это предложение, Бонапарт советовал Клеберу вступить в переговоры, а в ходе них постоянно подчеркивать, что «Франция никогда не собиралась отбирать Египет у Порты», и требовать у Османской империи покинуть антифранцузскую коалицию, предоставив французам право торговать на Черном море. Если же результатом таких переговоров станет подписание какого-либо соглашения, то Бонапарт рекомендовал не спешить с исполнением его условий вплоть до ратификации данного документа французским правительством, а до того времени заключить полугодичное перемирие.

Во внутренней политике Бонапарт требовал продолжать его линию на «приручение» мусульманских элит страны. Для этого он советовал не давать слишком больших прав христианам, чтобы мусульмане не перенесли на французов свою «ненависть» к тем. Опираясь на местных религиозных лидеров - шейхов, «пугливых и не умеющих сражаться», а потому наименее опасных для французов, можно, по мнению Бонапарта, «усыпить религиозный фанатизм, пока не появится возможность его выкорчевать». Религиозные деятели, утверждал корсиканец следом за философами Просвещения, «возбуждают в людях фанатизм, сами не будучи фанатично верующими», а потому для успешного управления народом нужно привлечь симпатии его духовенства на свою сторону.

Остальные же рекомендации Бонапарта и вовсе отдавали утопизмом, порожденным характерной для просветительского мировоззрения верой в неоспоримое превосходство европейской цивилизации над всеми остальными. Считая, что французы выполняют на Востоке именно цивилизаторскую миссию, Бонапарт предлагал довольно специфические методы воспитания египтян в духе утвердившейся во Франции системы ценностей. Он советовал арестовать 500-600 мамлюков или арабов и принудительно отправить их во Францию в качестве заложников. Прожив там год или два, эти люди не смогут не оценить преимуществ французского образа жизни и по возвращении на родину станут деятельными сподвижниками оккупантов в утверждении их ценностей на египетской земле. В качестве еще одного средства изменения нравов и европеизации местных жителей Бонапарт обещал прислать из Франции в Египет труппу комедиантов.

Завершалась же инструкция велеречивым панегириком Бонапарта... себе самому: «Привыкнув считать наградой за страдания и труды моей жизни мнение потомства, я покидаю Египет с величайшим сожалением. Лишь интересы родины, ее слава, моя верность ей и недавно происшедшие там чрезвычайные события побудили меня пуститься в плаванье среди вражеских эскадр ради возвращения в Европу» и т. д.

Обозначенные в инструкции вопросы получили развернутое освещение в четырех тематических мемуарах. Наиболее важным из них, бесспорно, был мемуар «О политических делах». Здесь Бонапарт наметил линию, которой, по его мнению, Клебер должен придерживаться во внешней политике, и прежде всего в вопросах войны и мира. Впрочем, большинство советов корсиканца отмечено крайним идеализмом и оторвано от реальности. Так, Клеберу рекомендовалось в отсутствие пополнений из Франции организовать ежегодную закупку во внутренних районах Африки 10 тыс. молодых чернокожих рабов для обучения их военному делу и зачисления в состав Восточной армии. Однако в условиях оставленного Бонапартом после себя жесточайшего дефицита средств в армейской казне, где денег не хватало не только на жалованье французским военнослужащим, но даже на их обмундирование, производить массовые закупки невольников, а уже тем более вооружать и снаряжать новых солдат, было просто не на что.