С введением централизованного управления агентурной разведдеятельностью были значительно повышены требования к соблюдению конспирации, без чего невозможно было добиться высокой продуктивности в агентурной работе. Отныне все начальники разведок должны были придерживаться единых правил: всю сеть агентуры должны знать только лица, допущенные к работе с нею; вербующий мог знать только тех агентов, которых завербовал лично; агенты не должны знать друг друга; партизаны, в том числе и их командный состав, не должны знать агентов-маршрутников и их маршруты; связь с агентурой осуществлять строго конспиративно, а материалы, касавшиеся работы с ней, хранить в тайне, а при необходимости сжигать. В 1943 году значительно улучшилось отношение к агентуре, в том числе и из вражеской среды. Агентам, завербованным из числа лиц, находившихся на службе у немцев, выдавались удостоверения, в которых указывалось, что предъявитель его выполнял партизанские задания. Удостоверения придавали агентам уверенность в том, что после изгнания оккупантов они и их семьи не будут репрессированы.

Как правило, партизанская агентура, работавшая у немцев, была объединена в резидентуры во главе с резидентом. Только резидент знал всех агентов, входивших в нее, каждый из которых сообщал лично ему добытые разведсведения. Некоторые агенты, если это диктовали обстоятельства, работали в одиночку, переправляя данные при помощи связных через заранее обусловленные тайники («почтовые ящики»).

Важным аспектом создания резидентур была подготовка агентов и связных. Агентурных разведчиков обучали в спецшколах штабов партизанского движения. Курс обучения составлял всего 10 дней, в течение которых проводились занятия по 10 часов в сутки. За 100-часовой курс обучения в течение 50 часов изучался курс специальной подготовки, 30 часов — курс военной подготовки, 6 часов отводилось на политподготовку и 4 часа — санподготовку. Главной задачей обучения была выучка специалиста, владевшего методами агентурной работы и конспирации, знавшего обстановку на оккупированной территории в предполагаемом районе действий и готового самостоятельно выполнить поставленные задачи. Так как почти все мужчины активного возраста были призваны в действующую армию, находились в партизанах или на службе у немцев, агенты вербовались в основном среди женщин и подростков. Кроме того, эта категория жителей вызывала у оккупантов меньше подозрений, чем мужчины. Важную роль в разведке играли связные. Они являлись своего рода маршрутными разведчиками и выполняли следующие задачи: передавали на Большую землю разведданные и доставляли оттуда указания; осуществляли связь с разведывательно-диверсионными группами и подпольем; доставляли в штабы партизанских формирований интересовавшие их материалы; вели разведку на маршруте следования.

Данные агентурной и войсковой разведки дополняли друг друга и позволяли проверить достоверность полученных данных. С помощью связных, радио- и авиасвязи сведения передавались на Большую землю. Партизанской разведке постоянно приходилось вести борьбу с различными разведывательными, контрразведывательными и карательными органами противника, которые были многочисленны, хорошо обучены, оснащены и укомплектованы, обладали большим опытом борьбы с партизанами, опирались на агентурную сеть среди населения и развитую систему гарнизонов, а для достижения своих целей не имели моральных преград.

ЦШПД получал из-за линии фронта огромный объем ценной информации стратегического значения через 400 радиостанций. Все важные и проверенные разведсведения обобщались в 1943 году один раз в 4–5 дней, а в 1944 году — один раз в 3 дня в разведсводках, передававшихся в Ставку ВГК, Генеральный штаб, штабы фронтов. Попытка ЦШПД уменьшить объем сводки путем отбора и обобщения поступивших материалов вызвала резкое нарекание Ставки, потребовавшей пересылать всю сводку полностью, независимо от ее объема.

Летом 1942 года партизанской разведкой перед нашими фронтами было обнаружено местонахождение 240 дивизий противника: 179 немецких, 22 румынских, 14 финских, 13 венгерских, 10 итальянских, 1 словацкой, 1 испанской. На 1 июля 1943 года были установлены места дислокации 245 дивизий: 211 немецких, 20 финских, 9 румынских, 3 венгерских, 1 словацкой, 1 испанской. В последующем точность этих данных была подтверждена с небольшими отклонениями от истины.

Характерным примером может служить обнаружение партизанами переброски летом 1943 года 223-й немецкой пехотной дивизии из-под Ленинграда по маршруту Новоржев — Идрица — Люблин — Мозырь— Полтава. Разведчики сообщили, что с 25 по 30 мая 1943 года от станции Дно в направлении станции Чихачево проследовало 224 вагона с войсками. 16 июля 1943 года партизаны установили сосредоточение юго-западнее года Новоржев немецкой дивизии неустановленной нумерации. Скоро в этом районе они подобрали утерянную солдатскую книжку, принадлежавшую солдату 425-го пехотного полка 223-й дивизии. 11 июля 1943 года был захвачен в плен солдат 344-го полка этой же дивизии, подтвердивший на допросе переброску дивизии в этот район с мгинского направления Ленинградского фронта. С 16 по 19 июля 1943 года партизаны установили прохождение дивизии неустановленной нумерации от станции Локня в направлении города Опочка, а с 1 по 4 августа 1943 года — прибытие дивизии неустановленной нумерации в район поселка Идрица. Чуть позже был подтвержден факт размещения под поселком 223-й немецкой пехотной дивизии со штабом в поселке Идрица. Партизаны выяснили, что 11 августа 1943 года дивизия из этого района ушла. В середине августа 1943 года 223-я дивизия появилась под городом Полтава. Пленные, захваченные 15 августа 1943 года войсковой разведкой в районе города Богодухов, описали весь путь дивизии, полностью подтвердив данные, полученные от партизан. Интересно то, что разведотдел Ленинградского фронта до начала июня 1943 года не принимал во внимание достоверные донесения партизан и считал, что 223-я дивизия находится на переднем крае Ленинградского фронта.

Одним из важнейших направлений разведотделов штабов партизанского движения было повышение эффективности разведки за счет совершенствования и распространения системы планирования и согласования планов с разведывательными планами Красной армии. Это позволило проводить работу более целеустремленно, углублять и расширять деятельность партизанской разведки. План разведотдела обычно включал в себя следующие задачи: непрерывное ведение разведки основных железнодорожных и шоссейных коммуникаций для установления наличия войск противника, их численности, состава, нумерации частей; количество и характер осуществляемых перевозок; точное местонахождение важных военных объектов, оборонительных линий, укреплений и их характер; создание новых резидентур; подготовка необходимого количества разведчиков для формируемых партизанских соединений. Параллельно с этим шла постоянная заброска в партизанские формирования радистов и шифровальщиков с радиостанциями в целях ускорения и надежности переправки добытых разведданных в ЦШПД.

Партизанские разведчики несли несравненно большую нагрузку, чем рядовые бойцы. Им приходилось ходить раза в три больше остальных партизан. Если рядовой большую часть времени находился в лагере, то разведчик уходил туда, где ему никто не мог помочь. Из-за каждого куста его ждала пуля солдата или полицейского. В любом месте он мог наткнуться на вражескую засаду или карателей. Разведчик, выполняя поставленную ему задачу за пределами партизанского лагеря, своими ногами ходил за своей смертью. В разведку подбирались самые стойкие, идейно закаленные, выдержанные, хладнокровные, находчивые и бесстрашные люди. Кроме того, это должны были быть люди, хорошо знавшие местность и имевшие в зоне действия партизанского формирования родственников или друзей среди жителей.