В 2011 году были проанализированы древние ДНК из сорока шести зубов и пятидесяти трех костей с раскопок в Восточном Смитфилде. В пяти зубах была обнаружена ДНК Y. pestis. Эти результаты были сопоставлены с последовательностями ДНК семнадцати современных штаммов Y. pestis, один из которых был найден у мыши-полевки и близкого родственника бактерии Y. pseudotuberculosis, живущей в почве. Было отмечено, что штамм Смитфилда тесно связан со всеми современными штаммами, связанными с чумой, из чего следует, что штамм Черной смерти был предком всех современных патогенных штаммов Y. pestis. Таким образом, Черная смерть на самом деле никогда не исчезала (хотя, возможно, и мутировала). Встает вопрос: почему же эта болезнь была так смертоносна в прошлом по сравнению с современностью? Эпидемия чумы случается не только из-за того, что в патогенном микроорганизме происходят некоторые мутации, которые делают его особенно смертоносным. Необходимы также дополнительные условия, такие как наличие подходящих хозяев — людей, у которых нет к нему устойчивости; климат, популяции определенных животных, легкость распространения болезни, проживание рядом с крысами и блохами, социальные условия и взаимодействие с другими заболеваниями. Кроме того, Европа незадолго до Черной смерти была перенаселена, следовательно, ей не хватало продовольствия, поэтому часто случались голодные годы, когда население недоедало и было менее способно противостоять новой болезни (как мы видели на примере Сиены и обсудим далее в главе 11)[107].

В 2013 году в ходе исследования ДНК двух зубов жертв чумы, похороненных 1500 лет назад на немецком кладбище, также были обнаружены следы Y. pestis. Это подтвердило два факта: что Юстинианова чума действительно была бубонной чумой и что она распространилась на север, за пределы Византийской империи. В то время как некоторые ученые давно подозревали в этом Y. pestis, исходя из сообщений древних историков, другие предполагали, что это была совершенно другая болезнь, возможно грипп или сибирская язва. Две новые последовательности ДНК были сравнены с базой данных последовательностей ДНК 131 штамма Y. pestis в пандемиях Черной смерти. Два образца штаммов Юстиниановой чумы были тесно связаны друг с другом, но существенно отличались от штаммов Черной смерти. Насколько нам известно, штамм Юстиниановой чумы в настоящее время исчез у людей. Таким образом, Юстинианова чума и Черная смерть начались с двух отдельных событий, когда бактерия перешла от грызунов к человеку. Это помогает объяснить, почему симптомы чумы каждый раз немного отличались. Также, возможно, Y. pestis обитала в разных видах крыс.

Ближайшего родственника штамма Юстиниановой чумы в настоящее время находят у сурков в горах Кыргызстана в Средней Азии[108],[109]. Древние Шелковые пути, связывающие Китай с Западом, проходят через Кыргызстан. Около 1500 лет назад штамм Юстиниановой чумы перешел от грызуна к человеку, а затем путешествовал по Великому шелковому пути, возможно вместе с Аттилой и его гуннами, прежде чем в конечном итоге взорваться катастрофической эпидемией среди населения Византийской империи[110].

Современные методы секвенирования ДНК в древних биологических образцах показывают, что мы страдали от чумы за много тысяч лет до Юстиниана. Шесть тысяч лет назад на территории современных Украины, Молдовы и Румынии появились густонаселенные города с населением до 20 000 человек, принадлежащим к трипольской культуре, названной так в честь современного села в этом регионе. Это были самые большие поселения в истории Европы на тот момент, с новыми технологиями гончарного дела; с появлением плугов, куда можно было запрягать животных; колес и медной металлургии. Люди выращивали пшеницу, ячмень, чечевицу, держали крупный рогатый скот, овец, свиней и коз. Торговые связи объединяли поселения, отстоящие друг от друга на тысячи километров, хотя неизвестно, на каких языках люди говорили на этой обширной территории.

Они не знали, что именно строительство больших городов, связанных торговыми путями, подготовило почву для катастрофы. Трипольская культура пришла в упадок около 5400 лет назад. Города были заброшены, сожжены дотла, а население сократилось, оставаясь на низком уровне в течение следующих 1500 лет. Предположения о причинах этого неолитического упадка основывались на разрушении окружающей среды, вырубке лесов, изменении климата, чрезмерной эксплуатации сельскохозяйственных угодий или нападении захватчиков[111]. Однако в ходе недавнего исследования древней ДНК было высказано предположение, что крах этой неолитической культуры также был вызван чумой.

Пять тысяч лет назад семьдесят восемь человек были похоронены в братской могиле в неолитическом поселении во Фралсегодене, Швеция. Учитывая малочисленность населения Швеции в то время, это было большое количество людей, которых нужно было похоронить всех и сразу. Отсутствие повреждений на скелетах наводит на мысль, что они были не убиты, а погибли в результате эпидемии. Поэтому ДНК в зубах, найденных в могиле во Фралсегодене, была проанализирована в 2019 году на предмет наличия возможных патогенов. Древний штамм Y. pestis, названный Gok2, был обнаружен у двух двадцатилетних людей — одного юноши и одной девушки. Анализ последовательности штамма Gok2 показал, что он был уникальным для бронзового века[112]. Несколько других штаммов Y. pestis появились и распространились после Gok2 на территории Сибири, а также современных Эстонии, Польши и Армении[113], совпадая по времени с упадком неолитического населения в Европе. До изобретения технологии, которая могла анализировать древнюю ДНК, мы в значительной степени полагались на письменные записи, описывающие симптомы, чтобы идентифицировать чуму как причину болезни. Таким образом, ранее первой эпидемией чумы считалась Юстинианова чума. Теперь секвенирование древних ДНК может обнаружить следы чумы в телах представителей культур, которые не оставили письменности. Возможно, трипольская культура стала еще одной жертвой разрушительной эпидемии чумы.