Помимо этого при дворе Адрианополя Мехмед обучался ведению государственных дел. Этим с ним занимался отец, а после его возвращения в Азию — великий визирь и его окружение. Мехмед, высокомерный и развитой не по годам, в своих отношениях с Халилом довольно скоро проявил надменную решимость идти своим путем. Вскоре после отъезда Мурада сын вызвал в Адрианополе беспокойство своей явной поддержкой еретического религиозного движения в лице персидского миссионера, лидера секты дервишей, которая проповедовала, в числе других неортодоксальных взглядов, духовное родство ислама и христианства. Мехмеду пришлись по душе экзальтированные идеи проповедника. Он привечал его при своем дворе и тем самым существенно помог проповеднику найти восприимчивую аудиторию среди жителей города.

Это вызвало тревогу и негодование религиозной верхушки, возглавляемой великим муфтием, и великого визиря Халила, который был мусульманином старой школы. Застав перса в момент произнесения ересей, они задержали его. Но проповедник бежал и укрылся у Мехмеда во дворце султана. Мехмеду, однако, пришлось выдать своего протеже муфтию, который так яростно осудил еретика с кафедры мечети и настолько возбудил чувства толпы, что люди сожгли проповедника, привязанного к столбу, причем муфтий даже опалил свою бороду, слишком близко подойдя к костру. Последователи еретика тоже были уничтожены. Инцидент обнаружил у Мехмеда пристрастие к персам и к неортодоксальным взглядам, что было характерно для его пытливого ума, но чревато опасными последствиями в будущем. Плохое начало во взаимоотношениях юного наследника с османским религиозным и гражданским истеблишментом было ударом по самолюбию молодого человека, посеявшим в его душе семена горькой обиды. Халилу он этого так и не простил. У Мехмеда, с детства замкнутого по характеру, такие кризисы лишь усиливали чувство отчужденности от всех.

Скоро это обстоятельство стало фактором, способствовавшим началу восстания янычар. Преданные и исполненные уважения к своему признанному господину, Мураду, они с негодованием отнеслись к необходимости получения приказов от его неопытного, юного, но властного сына. Янычары потребовали прибавки к жалованью. Получив отказ, они поднялись против юного наследника, устроив поджог. Пожар распространился по Адрианополю, уничтожив кварталы в районе базара. За ним последовали грабежи и резня. Главным объектом их враждебности был личный советник Мехмеда, евнух Шихабеддин-паша, который был вынужден искать убежища во дворце. В конце концов, чтобы умиротворить янычар, прибавка к жалованью была разрешена.

Этот эпизод, однако, расширил брешь между Халилом и Мехмедом и стал симптомом появления нового источника конфликта, который быстро разрастался после проведенной Мурадом реорганизации системы вербовки янычар и распространения принципа набора христиан для выполнения не только военных, но и гражданских обязанностей. Это не могло не привести к развитию института управления, в котором христианские вероотступники, одним из которых был Шихабеддин, могли подниматься до высших государственных постов. Все чаще христиане возвышались за счет знатных правящих мусульманских родов, которые, как заявил Халил Чандарлы, обнаруживали себя исключенными из системы власти. Именно Халил мог поощрить это восстание янычар против Шихабеддина с целью утвердить собственную власть и преподать урок юному Мехмеду. Здесь мы видим суть конфликта между старым и новым, между традиционным мусульманином и ренегатом-христианином, который теперь стал разъединяющей силой в административном аппарате империи. Представляется, что он мог повлиять на решение Мурада уйти со сцены, предоставив Халилу решать проблему, в которую султан предпочел не вмешиваться лично.

Но его первый уход из власти длился всего лишь три месяца. Время для окончательного ухода еще не настало. Кампания Хуньяди вызвала за границей волну энтузиазма наряду с обещаниями поддержки христианского дела, которая включала отправку морских сил для защиты свободы плавания через проливы. Резко изменилось отношение к сохранению договора с Мурадом. Император Византии, мобилизуя силы на проведение кампании в Морее, писал Владиславу, убеждая его в том, что «защитник христианского мира» должен устоять. Владислав вместо ратификации договора заявил о решимости продолжить Крестовый поход, чтобы «отбросить за моря языческую секту Мухаммеда». В этом проявилось влияние на него папского легата кардинала Юлиана.

Воспользовавшись тем, что Мурад находился далеко — в Азии — и потому был безопасен и, более того, удерживался там благодаря контролю над Геллеспонтом со стороны христианской военной эскадры, Юлиан отпустил Владиславу грех нарушения «поспешной и святотатственной клятвы врагам Христа», подчеркнув, что никакое обещание, данное «неверным», нельзя считать имеющим силу. Договор, подписанный на Евангелии, был отменен во имя Святой Троицы, Девы Марии, святого Этьенна и святого Владислава, и цели крестоносцев были освящены как «следование дорогой славы и спасения». Против турок были выставлены войска, не включавшие сербский контингент, поскольку деспот Бранкович, получив по договору все, что ему хотелось, не одобрил его отмену и претендовал на нейтралитет. Зато крестоносцы получили значительные подкрепления из Валахии, составившие почти половину их общей численности. Все были в приподнятом настроении, надеясь на победу в отсутствие султана и его армии за рубежом.

Но в ноябре 1444 года Мурад внезапно появился в Варне. Он ускользнул от морского дозора, воспользовался попутными ветрами, подкупил жадных генуэзцев, чтобы обзавестись транспортом, и переправился через проливы при поддержке береговых батарей, чтобы противостоять христианам, причем его силы были втрое больше. В завязавшемся сражении первый эшелон янычар отразил главную атаку христиан и обеспечил победу с большими потерями с обеих сторон. Владислава сбили с лошади, и он принял смерть на поле боя; его голова в шлеме была поднята на копье, а позади него на другом копье несли пронзенную копию разорванного договора — это было уроком христианского вероломства, который должен был запомниться османским войскам. Кардинал Юлиан, инициировавший все это, спасся бегством, и его никогда больше не видели, ни живым, ни мертвым. Хуньяди исчез вместе с Владом Дракулой, вождем валахов, который отплатил ему за давнюю обиду, продержав некоторое время в Валахии в качестве узника. После сражения голова короля Владислава, сохраненная в меду, была отправлена в Бурсу, первоначальную столицу Османской империи, где ее вымыли в реке, затем вновь водрузили на копье и пронесли по улицам.

Победа позволила Мураду восстановить контроль над всей территорией до Дуная. И он почувствовал, что теперь может уйти. На этот раз в конце 1444 года он официально отказался от трона в пользу Мехмеда, который отныне должен был править не просто как губернатор в Европе, как раньше, но со всеми правами султана. Мурад взял себе в качестве личных владений, но под юрисдикцией сына территорию в трех районах Анатолии, вокруг Магнесии. Он обосновался в окружении великолепной природы, возведя новый дворец с прекрасными садами, обращенный фасадом к широкой долине. Здесь, в обществе поэтов, мистиков, богословов и ученых, он стремился вести идеальную жизнь религиозного братства, как это делали его предки гази — читать, писать, размышлять, слушать дервишей. Бывший султан стремился положить начало развитию турецкого языка — как средства выражения культуры, — отличного от персидского и арабского языка. Он поощрял новое движение в турецких исторических исследованиях, которое концентрировалось, в «романтическом» духе, на деяниях выдающихся предшественников Османов и истоков племени огузов. Иностранные дипломаты, время от времени наносившие визиты Мураду, отмечали, что он принимал их не в комнатах для официальных приемов, а в личных апартаментах.