К весне 1446 года он снова прибыл в Адрианополь, вызванный туда по настоянию Халила, отношения которого с юным Мехмедом быстро ухудшались, и был с восторгом встречен народом, запомнившим его простоту и справедливость. Причиной второго возвращения Мурада был политически неразумный и невыполнимый план его сына напасть на Константинополь в то время, когда армии османов были вовлечены в операции одновременно на границах Греции и Албании. Это опять являлось результатом конфликта в правящих кругах между Халилом, проводившим политику мира, и группой высокопоставленных военных, стремившихся к войне и которых поддерживал воинственный молодой наследник трона. Однако они не смогли свергнуть и сломить власть Халила, который пользовался поддержкой янычар, и не посмели пойти против самого Мурада, на этот раз не собиравшегося отказываться от власти. Теперь ушедшим оказался Мехмед, который удалился в Магнесию, чтобы там поразмыслить о своих заблуждениях и умерить амбиции. А его отец оставался на троне вплоть до своей кончины пять лет спустя.

Война снова потребовала внимания Мурада, менее всего ее желавшего. В Венгрии обстановка пока была спокойной. Но угроза нарастала из-за восстановления власти византийских деспотов над Мореей, что заставило Мурада начать поход в Грецию. Здесь он осуществил успешный штурм массивной и отлично укрепленной стены Гексамилиона, которая была возведена для защиты Коринфского перешейка, и послал свои войска разграбить страну, лежавшую за ней. Он низвел греческих деспотов до положения вассалов и восстановил власть своих латинских вассалов, изгнанных греками.

Другой конфликт возник в Албании, где появился новый борец за сопротивление туркам, сравнимый с Хуньяди в Венгрии. Это был Георгий Кастриоти, сын албанского вассального князя христианского происхождения, которого воспитывали и обучали, когда он был заложником при дворе султана. Там он был обращен в ислам и служил в турецкой армии. Там же он получил имя Искандер-бег, или господин Александр, в результате чего стал в конечном счете известен как Скандербег. Будучи храбрым и патриотично настроенным воином, он бежал из турецкой армии, чтобы сражаться за свою собственную веру и страну, возглавив сопротивление своих соотечественников, которое в целом совпадало с сопротивлением, организованным Хуньяди. В 1448 году оба лидера объединили силы в рамках наступления венгров на турок, поддержанного также сербами и боснийцами. Мурад быстро нанес им поражение на историческом поле битвы под Косовом, где шестьюдесятью годами раньше его предок Мурад I нашел свою смерть в момент победы над сербами и венграми. Это поражение означало конец независимости Сербии. На некоторое время была подорвана и военная мощь Венгрии. Босния стала вассальным государством османов. Однако в Албании Скандербег из своей неуязвимой крепости в Крое, ведя активную партизанскую войну, противостоял всем попыткам завоевания, тем самым унизив Мурада на склоне лет, а затем, на протяжении последующих двадцати лет, — аналогичным попыткам Мехмеда. В период пребывания в Магнесии Мехмед воспылал чувствами к девушке-невольнице по имени Гюльбахар, предположительно албанского или греческого христианского происхождения, которая родила ему сына, позже правившего под именем Баязида II. Мурад, руководствуясь династическими соображениями, посчитал ее недостойной невестой для своего сына и позже, когда юный наследник достиг семнадцати лет, устроил для него более подходящую партию, женив его с соответствующими торжествами на Ситт-ханум, дочери важного туркменского князя. Но Мехмед никогда не любил ее; она не родила ему детей; и когда он перевел свой двор в Константинополь, ее не взяли, оставив забытой в гареме дворца в Адрианополе. Впредь ни одна женщина не играла существенной роли в его чисто мужской жизни.

В последние годы своей жизни Мурад стал проявлять больше дружелюбия к сыну, который наносил визиты в Адрианополь и сопровождал отца в нескольких военных кампаниях. Мехмед принял свое боевое крещение, командуя анатолийскими войсками в битве под Косовом, и участвовал вместе с отцом в безуспешной осаде Крои в Албании в 1450 году. Когда годом позже Мурад скончался от апоплексического удара, Мехмед находился в Магнесии. Получив известие, он, как гласит история, немедленно вскочил на своего арабского коня и поскакал к северу, к Геллеспонту, со словами: «Всякий, кто любит меня, пусть следует за мной!»

Он остановился на два дня в Галлиполи, чтобы дождаться прибытия свиты, а затем отправился в Адрианополь. Там в присутствии множества людей он взошел на престол. Заметив, что Халил, ближайший друг его отца, и второй визирь Исхак-паша стоят немного в стороне, словно опасаясь за свое будущее, он через главного евнуха передал им приглашение занять привычные им места. Затем он подтвердил, что Халил сохраняет свой пост, Исхака назначил губернатором Анатолии с инструкцией доставить тело его отца в Бурсу.

Вдова Мурада, женщина из знатного османского рода, подошла к Мехмеду, чтобы выразить соболезнования по поводу смерти отца и поздравить с восхождением на трон. В это время ее малолетнего сына Ахмеда утопили в ванне по приказу Мехмеда — это братоубийство выражало страх сына рабыни лишиться трона. Лишенная всего вдова Мурада была отправлена в Анатолию в качестве принудительной невесты губернатора — Исхак-паши.

Позже, в Бурсе, Мехмед еще раз столкнулся с бунтом янычар. Он энергично подавил его, изгнав многих из корпуса, но в качестве разумной предосторожности повысил жалованье оставшимся янычарам. Это весьма дальновидный шаг, который тем не менее создал для последующих султанов достаточно затруднительный прецедент. Одновременно он сформировал несколько новых подразделений из дворцовых охотников и сокольничьих — сильный отряд, из которого он мог выбирать воинов на должность аги (начальника) и для службы в своей челяди. Реорганизованные янычары превратились в еще более мощное ядро османской армии, чем когда-либо ранее. Вскоре Мехмед был готов к началу великого предприятия, которое он задумал уже давно, — осаде Константинополя.

У христианских держав сложилось невысокое мнение о юном султане, теперь Мехмеде II. Оценивая его по провалам на заре карьеры, они все еще видели в Мехмеде неопытного юношу с сомнительным авторитетом, который едва ли мог что-либо добавить к завоеваниям своего отца. Однако Мехмед быстро превратился во влиятельное лицо. Коренастый, сильный и красивый, он держался с большим достоинством, неизменно был вежлив и сдержан с людьми. Он обладал орлиным профилем и проницательным взглядом, а характер имел холодный и скрытный. В результате окружавшие Мехмеда люди нередко испытывали неловкость, но его живой ум, неукротимая энергия и неослабевающее стремление к цели, желание достичь абсолютной власти неизменно вызывали уважение. В начале правления Мехмед пытался произвести впечатление человека миролюбивого.

«Мир был на его губах, — пишет Гиббон, — но война — в его сердце». Принимая иностранных посланников, он демонстрировал готовность подтвердить договоры своего отца — с венецианцами и генуэзцами, с Хуньяди, с Сербией, Валахией, Рагузой, островами Эгейского моря, рыцарями Родоса, даже с монашеской общиной горы Афон. Послы императора Константина сначала встретили со стороны султана дружественный прием и клятву уважать территорию Византии, а также обещание платить за содержание под арестом в Константинополе его родственника, претендента Орхана (который был внуком Баязида), из доходов некоторых греческих городов, расположенных в долине Струмы.