Голландский купец Исаак Масса отметил, что «московитам было не по душе такое унижение царя, и они в глубине души сильно роптали, некоторые тайком говорили, что царь, посетив больного язычника, чрезвычайно умалил свою честь, и полагали, что он поступил так, лишившись разума, ибо они считали своего царя за высшее божество; некоторые вельможи также были весьма раздосадованы тем, что иноземец и нехристь, каким они почитали всякого иноземца, будет властвовать в их стране и женится на царской дочери, да и они, верно, желали его смерти, но не смели много говорить». (Масса И. Краткое известие о Московии // О начале войн и смут в Московии. М., 1997. С. 59.)

Датский принц Иоганн скончался 28 октября 1602 г., не приходя в сознание. Современники так и не смогли определить причину его недуга. Но у некоторых возникло подозрение, что принц был отравлен недругами Годунова. Врачи, занимавшиеся бальзамированием тела Иоганна, заметили, что оно «от подбородка до пупка и ниже на ногах было ужасно, темно-сине-бурого цвета, причем не так сильно на ногах, как на остальном теле». Обычная простуда или какая-нибудь инфекция не могли привести к таким последствиям.

Царь Борис распорядился, чтобы датского принца похоронили с большими почестями. Правда, в Кремле его могилу было нельзя устроить, поскольку он был лютеранином. Поэтому было решено установить его гроб в кирхе в Немецкой слободе.

Подготовка к похоронам заняла довольно много времени, поскольку было изготовлено несколько гробов: еловый, медный и дубовый. Тело положили в еловый гроб, затем еловый вставили в медный и уже тот — в дубовый, обтянутый черным бархатом и окованный серебряными пластинами.

Погребальное шествие состоялось 25 ноября 1602 г. В нем приняли участие не только члены свиты принца, но и все представители высшей русской знати. Даже царь Борис вышел из ворот Кремля. Сняв шапку, он три раза поклонился до земли колеснице, на которой стоял гроб Иоганна, и как бы простился с ним. После этого он вернулся в свой дворец. По сложившемуся этикету ему не следовало участвовать в траурной церемонии.

Подробное описание пребывания Иоганна в России было составлено одним из его спутников — Гюльденстиерне А. Путешествие герцога Ганса Шлезвиг-Голштинского в Россию. М., 1911.

Смерть Иоганна, несомненно, нанесла большой удар по честолюбивым планам царя Бориса. Кроме того, это испортило его репутацию в западных странах. Многие европейские правители решили, что датский принц был отравлен. В этой ситуации было очень сложно найти для Ксении нового достойного жениха. С представителями русской знати Б. Ф. Годунов категорически не желал родниться. Но это, скорее всего, была еще одна его ошибка, приведшая его правление к краху.

Потерпев неудачу в Европе, царь Борис решил попытать счастье на Кавказе. В 1603 г. туда было отправлено представительное посольство. Глава его ясельничий М. И. Татищев должен был подыскать подходящего жениха для Ксении и невесту для царевича Федора.

Однако путешествие русских послов затянулось. Только через год удалось уговорить грузинского царевича Теймураза стать женихом Ксении. Но пока он собирался в Москву, там произошли большие перемены: царь Борис умер, его сын свергнут и убит, а Ксения превратилась в пленницу Лжедмитрия I. Для Федора вообще никого найти не удалось, поскольку правители кавказских княжеств были бедны и находились в состоянии войны друг с другом. Родниться с ними не было никакого смысла.

Так, по воле судьбы не сбылись честолюбивые планы царя Бориса. Ему не удалось породниться с «природными государями» и этим укрепить свой престол.

Постепенно Годунов начал лишаться и помощи, и поддержки многих авторитетных родственников. Сначала в конце 1598 г. умер бывший дядька царя Федора Ивановича Григорий Васильевич Годунов. Долгие годы он был исключительно опытным и умелым царским дворецким. Каждый год он наполнял царскую казну большим количеством денег — до 1 миллиона руб. Это давало возможность царю Федору совершать успешные военные акции, укреплять границы и вести строительство по всей стране.

Царю Борису пришлось заменить Г. В. Годунова его братом Степаном Васильевичем, но у того не было большого хозяйственного опыта, и замена не оказалась равноценной.

В 1602 г. царь лишился и опытного полководца и военного деятеля Ивана Васильевича. Тот скончался от тяжелой болезни, оставив после себя сына Ивана Ивановича. Он подавал большие надежды, но был еще молод и не имел воинского опыта. Большой утратой стала смерть еще одного талантливого полководца — боярина Б. Ю. Сабурова, начинавшего службу в полках Ивана Грозного. За ним скончались верные окольничии А. П. Клешнин и С. Ф. Сабуров, затем постельничий И. О. Безобразов.

Но наибольшим ударом для Бориса стала смерть сестры царицы-инокини Ирины-Александры, случившаяся 26 сентября 1603 г. Вдова царя Федора Ивановича неизменно пользовалась всеобщим уважением и любовью. Она занималась широкой благотворительностью и во время голода организовывала обеды для остро нуждающихся людей. В описи имущества, составленной после ее смерти, значилось большое число котлов, сковородок, мисок, ложек и прочей посуды, которая для нее самой, конечно, была не нужна. Их использовали для того, чтобы накормить голодающих.

Зная, что сестра обладает очень большим авторитетом в русском обществе, Б. Ф. Годунов ездил навещать ее чуть ли не каждый день. С ее смертью он лишился мудрой советчицы и опоры для своего трона.

Кроме того, Годунов умудрился поссориться даже со своим верным союзником и помощником патриархом Иовом. Он вскоре забыл, какую неоценимую услугу оказал ему иерарх в период избрания на престол. Поэтому перестал слушать его критику за покровительство иностранцам, за желание выдать дочь замуж за иноверца, за разрешение на постройку лютеранского храма. Более того, царь сам ополчился на патриарха за нежелание помогать голодающим и отказ выделять деньги на строительство храма «Святая Святых» из церковной казны. Он приказал устроить ревизию в патриаршей казне, поскольку та тратится не по назначению — на роскошные одеяния Иова. Испуганный патриарх тут же написал покаянную грамоту и собрался оставить свой престол. Но Борис не намеривался заходить так далеко и уговорил его остаться.