К этому моменту Фердинанд II убедился в том, что ему недостает военного таланта Валленштейна. В 1634 г. император заключил мир с германскими союзниками шведов — Саксонией и Бранденбургом. Однако конец войны был все еще далеко. В 1635 г. Франция, находившаяся под властью Ришелье, присылает в Германию новых людей и немалую денежную сумму. Чтобы восполнить пробел вследствие шведского поражения, воюющими сторонами теперь становились Швеция и Германия против Испании и императора. Война переросла в столкновение двух династий — Габсбургов и Бурбонов, в основе которого лежали религиозные, этнические и политические причины. Лишь немного германцев согласились продолжить войну после 1635 г., большинство предпочло остаться в стороне. Тем не менее их земли продолжали оставаться полями сражений.

Завершающая часть войны с 1635 по 1648 г. была самой разрушительной. Франко-шведская армия наконец взяла верх, однако их целью было, казалось, поддержание войны, а не решительный удар по их противнику. Отмечено, что французы и шведы редко вторгались в Австрию и никогда не разоряли земель императора так, как они разграбили Баварию и территорию Центральной Германии. Такая война требовала больших талантов в мародерстве, чем в сражении. Каждую армию сопровождали «сочувствующие» — в лагере жили женщины и дети, в обязанности которых входило сделать быт армии наиболее комфортным, чтобы у солдат не исчезало стремление к победе. Если не брать в расчет частенько свирепствовавшие в военных лагерях эпидемии чумы, то жизнь военных в середине XVII в. была намного более спокойна и удобна, чем горожан. Многие города Германии стали в ту эпоху военными мишенями: Марбург был захвачен 11 раз, Магдебург осаждался 10 раз. Впрочем, горожане имели возможность спрятаться за стенами или перекупить нападающих. С другой стороны, крестьяне не имели иной возможности, кроме как убежать прочь, поэтому они страдали от войны больше всех. Общие потери в численности населения были ошеломляющими, даже если не брать в расчет намеренное преувеличение этих цифр современниками, которые сообщали об убытках или требовали освобождения от налогов. Города Германии потеряли более одной трети населения, в течение войны крестьянство уменьшилось на две пятых. По сравнению с 1618 г. в империи в 1648 г. проживало на 7 или 8 миллионов населения меньше. До начала XX в. ни один европейский конфликт не приводил к таким людским потерям.

Мирные переговоры начались в 1644 г., однако потребовалось четыре года, чтобы дипломаты, собравшиеся в Вестфалии, наконец пришли к согласию. После всех споров Вестфальский мирный договор 1644 г. стал фактическим подтверждением Аугсбургского мира. Священная Римская империя снова становилась политически раздробленной, разделенной на три сотни автономных, суверенных княжеств, большинство которых были малы и слабы. Император — теперь это был сын Фердинанда II Фердинанд III (правил в 1637–1657 гг.) — имел ограниченную власть в своих землях. Имперский парламент, в котором были представлены все суверенные князья, продолжал существование де-юре. Так надежда Габсбургов на объединение империи в единую страну с абсолютной властью монарха потерпела крах, на сей раз окончательный. Мирный договор также повторно подтвердил положения Аугсбургского договора касательно церквей. Каждый князь имел право устанавливать католицизм, лютеранство или кальвинизм на территории своего княжества. По сравнению с договором 1555 г. серьезные успехи были достигнуты в плане гарантий личной свободы вероисповедания для католиков, проживающих в протестантских странах, и наоборот, хотя в реальности германцы продолжали исповедовать религию своего правителя. Анабаптисты и члены иных сект были исключены из положений Вестфальского договора и продолжали страдать от гонений и преследований. Тысячи их последователей в XVIII в. эмигрировали в Америку, особенно в Пенсильванию. После 1648 г. северная часть империи была почти полностью лютеранской, а южная — католической с прослойкой кальвинистов, расположившихся вдоль Рейна. Ни в какой другой части Европы протестанты и католики не достигли такого баланса.

Практически все основные участники Тридцатилетней войны получили по Вестфальскому договору часть земель. Франции досталась часть Аляски и Лотарингии, Швеции — Западная Померания на балтийском побережье. Бавария сохранила часть земель Пфальца и свое место в курфюрстате. Саксония получила Лужицу. Бран-денбург, учитывая его пассивную роль в войне, присоединил к себе Восточную Померанию и Магдебург.

Даже сын Фредерика V, будущий король Богемии, не был забыт: ему был возвращен Пфальц (правда, урезанный в размерах) и презентовано 8 мест в коллегии электората. Швейцарская Конфедерация и Голландская республика были признаны независимыми от Священной империи. Ни Испания, ни Австрия Габсбургов не получили территорий в 1648 г., однако испанским Габсбургам и так принадлежал самый большой блок земель. И Фердинанду III пришлось более жестко, чем его отцу перед восстанием в Богемии, контролировать политическую и религиозную ситуацию в Австрии и Богемии. Вряд ли можно было сказать, что каждый получил по договору достаточно за 30 лет войны. Но государство в 1648 г. казалось необычно стабильным и прочным; политические границы Германии были практически неизменными до прихода Наполеона. Религиозные границы сохранились и до XX в.

Вестфальский мирный договор положил конец Религиозным войнам в Центральной Европе. Даже после 1648 г. Тридцатилетняя война в произведениях XVII и XVIII вв. считалась примером того, как не надо вести войну. По мнению авторов того времени, Тридцатилетняя война продемонстрировала опасность религиозных волнений и армий, возглавляемых наемниками. Философы и правители, презирая религиозные варварские войны XVII в., пришли к иному способу ведения войны с армией, профессиональной настолько, чтобы избежать мародерств, и введенной в такие рамки, чтобы максимально избегать кровопролитий. Для исследователей XIX в. Тридцатилетняя война казалась гибельной для нации по многим причинам, в том числе потому, что она на долгие века затормозила национальное объединение Германии. Ученые XX в., возможно, и не были столь одержимы идеей объединения Германии, но они яростно критиковали Тридцатилетнюю войну за абсолютно не рациональное использование людских ресурсов. Один из историков так сформулировал свои мысли: «Духовно бесчеловечный, экономически и социально разрушительный, беспорядочный в своих причинах и запутанный в своих действиях, безрезультатный в итоге — это выдающийся в европейской истории образец бессмысленного конфликта». Это высказывание подчеркивает самые негативные аспекты войны. Сложно найти в этом конфликте плюсы. Современные критики проводят не совсем приятные для нас параллели между идеологическими позициями и жестокостью середины XVII в. и нашим современным стилем постоянной войны. Поэтому Бертольт Брехт выбрал Тридцатилетнюю войну в качестве периода для своей антивоенной пьесы «Мамаша Кураж и ее дети», написанной после окончания Второй мировой войны. Но безусловно, аналогии между Второй мировой и Тридцатилетней войной натянуты: когда в итоге все устали от войны, дипломаты в Вестфалии смогли прийти к заключению мира.

На протяжении второй половины XVII в. Священная Римская империя была страной-фантомом с тщательно продуманным механизмом управления, который, однако, больше не мог функционировать. Последняя победа князей над императором в Вестфалии еще раз доказала неспособность имперского правительства издавать законы, устанавливать налоги, вести переговоры с другими странами. Независимость могла быть достигнута лишь на местном уровне, в 300 княжествах и имперских городах. В этих княжествах (среднее население которых составляло всего 40 тысяч человек) была заметна превалирующая в XVII в. тенденция к установлению абсолютизма. Каждый князь желал иметь свою собственную, пусть и небольшую, но постоянно действующую армию на случай новой войны. Многие князья распускали свои федеральные собрания. Они строили роскошные особняки и дворцы в стиле баррокко — блистательные символы власти. И окружали себя пышным двором и церемониалами под стать Людовику XIV в Версале. Армии и двор стоили денег, которые князья получали, устанавливая множество налогов. Эти налоги замедляли развитие предпринимательства. Груз, проплывавший около 40 сотен миль по Рейну от Базеля до Кельна, должен был пройти около 30 проверок, так что в итоге обилие налогов и пошлин делало торговлю невыгодной. Из-за помех в бизнесе города Германии продолжали терять население, богатства и свою значимость. Князья ратовали за становление верховной власти при крепком и прочном местном предпринимательстве, точно так же они рассчитывали на установление прочных отношений с другими странами. Договор 1648 г. подтвердил их право на установление дружественных отношений с другими странами. Во второй половине XVII в. Франция часто перекупала князей, превращая их в своих сообщников, в то время как сама нападала на Германию. Когда Людовик XIV вторгся на земли Рейна, 20 тысяч германцев служили в его армии. Хотя император приказал парламенту объявить войну против Франции, большинство княжеств Западной Германии отказались принимать участие в имперской войне, а шесть из восьми курфюрстов стали союзниками Людовика.