И вновь, чтобы образумить Филиппа, не внимающего доводам разума, он вынужден прибегать к устрашению. Розыск по уголовному делу Казарина Дубровского и его шайки, виновных в воровстве и посулах, поминках и подношениях, которыми был сорван поход, приводит его и к митрополичьему дому, богатейшему торговому центру Московского царства, который обладает неисчерпаемыми запасами хлеба, соли, рыбы, мёда, воска, мехов и всего прочего, что только рождает земля. Эти несметные богатства не прячутся в закромах без движения. Митрополичий дом, как и сотни столь же богатых монастырей, принимает участие в военных поставках и неизбежно, в свою очередь, замешивается в воровство, посулы, поминки и подношения, которыми отнюдь не брезгуют митрополичьи дьяки. Этот процесс взяток и воровства так же закономерен, как течение рек. Пока существуют армии, будут существовать поставки на армии, а пока существуют поставки на армии, будут воровать и подносить, и власти, если она желает быть не облаком власти, а подлинной властью, ничего не остаётся, как время от времени поставщиков на армию отправлять на кол или под топор палача. Как истинный сын церкви, Иоанн склонен закрывать глаза на её прегрешения и поначалу оставляет без наказания ухватистых дьяков митрополичьего дома, уличённых в поминках, мздоимстве и подношениях, как известный библейский герой прикрывает нагое тело отца. Однако он меняет решение, как только митрополит, в нарушение крестного целования и суждения апостола Павла, позволяет себе публично оскорбить и унизить его во время богослужения, чего никогда не позволял себе делать даже великий Макарий, который печаловался и за Семёна Микулинского, и за Алексея Адашева, но считал приличным делать это келейно, в палатах царя и великого князя. По его повелению опричная стража арестовывает митрополичьих дьяков Леонтия Русикова, Никиту Опухтина, Семёна Мануйлова и Фёдора Рясина, который в митрополичьем доме служит меховщиком, то есть сборщиком даней и пошлин. Дьяков допрашивают, приговаривают к смерти за несомненное воровство и подвергают публичному истязанию — открытый совет митрополиту Филиппу заниматься своими делами и недвусмысленный ответ на полученное от него публичное оскорбление: митрополичьих дьяков водят по улицам Москвы и бьют железными батогами до тех пор, пока их грешные души, отделившись от истерзанных тел, не отправляются на покаяние в ожидании высшего суда.

Однако все Колычевы отличаются неодолимым упрямством. Устрашение не только не охлаждает, но ещё пуще воспламеняет митрополита Филиппа. С той же неистовой энергией, с какой он благоустраивал Соловецкий монастырь как боярскую вотчину, он затевает настоящую войну против царя и великого князя, в ослеплении чувством родства забывая, что воюет с помазанником Божиим, защитником православия, утвердившим православный крест и в Казани, и в Астрахани, и в Полоцке, и в Юрьеве, и в Нарве, и в городах и замках бывшей Ливонии, что такого рода война для главы православной церкви едва ли не равносильна государственному преступлению и богоотступничеству. Своей волей, таясь от царя и великого князя, Филипп созывает освящённый собор, однако не всего православного духовенства, а всего лишь из девяти высших духовных лиц, и объявляет обескураженным епископам, что они прямо-таки обязаны соборно потребовать отмены опричнины, которая именно к ним не имеет ни малейшего отношения, и возвращения к старинному порядку вещей, не желая принять во внимание, по наивности или со злонамеренным умыслом, что именно старинный порядок вещей с его почти безграничными привилегиями, которыми пользуются князья и бояре, смертельно губителен не только для окружённого врагами Московского царства, но и для всего православия. Поначалу обескураженные епископы соглашаются со своим духовным вождём: «Филиппу, согласившемуся со епископы и укрепльвшевси вси межи себя, еже против такового начинания стояти крепце». Старинный порядок им самим по нутру, привилегии удельных времён распространяются и на них, князья и бояре в те расчудесные времена одаривали монастыри деревнями и сёлами, с которых так славно, так неустанно пополнялась казна, тогда как нынче царь и великий князь запретил вложение землями, что в понимании любостяжателей равносильно разбойному грабежу. Впрочем, на том же заседании кое-кто из епископов начинает соображать, что соборное выступление против помазанника Божия весьма чревато и многими земными утратами, поскольку жуткая кончина Фёдора Рясина со товарищи перед глазами у всех, и неизбежным внеземным наказанием. Кое-кто из них, вероятно, Евстафий, духовник царя и великого князя, на которого митрополит Филипп с некоторым опозданием недаром накладывает епитимию молчания до окончания собора, доводит до сведения Иоанна о злоумышленном новом выступлении митрополита, на этот раз совокупно с освящённым собором, что для Иоанна может окончиться отлучением и последующим за ним свержением с престола, после чего, без сомнения, последует смерть. Его положение становится критическим как никогда. Даже в 1553 году, когда вся головка подручных князей и бояр отказалась целовать крест его сыну, желая его преемником видеть Владимира Старицкого, оно ещё не было столь же опасным. Тогда подручные князья и бояре были разрозненны, действовали большей частью стихийно, Владимир Старицкий, их предполагаемый новый царь, оказался слишком ничтожен и слаб, а митрополит Макарий не поддерживал их, не натравливал освящённый собор на него. Напротив, зимой 1567 года, спустя четырнадцать лет, против него выступает митрополит, влиятельнейшая, опаснейшая духовная власть, даже независимо от того, кто в данный момент является её носителем и представителем, а тут как на беду Филипп выказывает не одно только упрямство, но и незаурядную силу характера. В таких обстоятельствах для Иоанна исход столкновения почти предрешён.

По существу дела, митрополит Филипп составляет против царя и великого князя новый заговор, в который втягивает руководителей церкви, обладающей, кроме духовной власти, громадными материальными средствами, более чем достаточными и для подкупа воевод, и для содержания мятежного войска. К такому заговору с лёгким сердцем в любую минуту могут примкнуть подручные князья и бояре, поскольку выступление духовных властей против царя и великого князя само собой снимает с них крестное целование и развязывает руки для любого насилия, а какие безобразия они натворили в безвластной Москве лет тридцать назад, Иоанн крепко хранит в памяти с самого детства.

Он действует быстро, но так, чтобы по возможности избежать насилия со своей стороны. Видимо, тому же приговорённому на молчание духовнику он поручает побеседовать с каждым епископом и либо каждого припугнуть, либо каждому что-нибудь сытное пообещать: Иоанн знает отлично, как падки епископы на посулы и подношения, а за льготную грамоту станут служить за здравие и за упокой хоть сто лет. Так или иначе, а на епископов наконец нисходит спасительное раздумье. Кое-кто из них «своего начинания отпадоша». На сторону Евстафия, будто бы погруженного волей Филиппа в молчание, переходит новгородский архиепископ Пимен, за ним суздальский епископ Пафнутий. Прочие тоже понемногу обретают себя. «Житие», которое изо всех сил превозносит Филиппа за его восстание против защитника православия Иоанна и тем осуждает и без того малочисленный, неполноценный освящённый собор за предательство, передаёт, что они «страха ради и глаголати не смеяху и никто не смеящу противу что рещи, что царя о том умолити и кто его возмущает, тем бы запретити...». За тридцать лет привыкнув к беспрекословному повиновению братии Соловецкого монастыря, которая в поте лица трудилась на всех этих каналах и подземных сооружениях для приготовления кваса куда больше дней и часов, чем проводила в молитвах, Филипп едва ли ожидает неповиновения со стороны подвластных епископов, потому и «Житие», позднее составленное на Соловках, с таким осуждением относится к ним. В согласном неповиновении большинства Филипп не слышит вещего указания свыше и отказывается смириться, несмотря ни на что, истинный Колычев, имеются основания предполагать, что он вступает в тайные переговоры с кое-кем из тех, кто верховодит в земской Боярской думе, в надежде привлечь на свою сторону, то есть на сторону конюшего Фёдорова, сосланного на службу в Коломну, и думных бояр и тем устыдить непокорных епископов. Думные бояре хоть сейчас готовы витийствовать против опричнины ради спасения своих привилегий, да все они уже замазаны участием в заговоре конюшего Фёдорова, да и прежде не раз и не два не были чисты в своих помышлениях и делах, и потому рады-радёшеньки, что грозный царь Иоанн одного Ивана Петровича упрятал в Коломну в назидание им, многогрешным, тогда как их-то самих избавил от наказания, до времени скорее всего, да всё оставил на воле, так из чего же государя и Бога гневить и уж точно накликивать на свою любимую шею топор палача? Тоже погрузившись в благодетельное раздумье, верховоды земской Боярской думы отказывают митрополиту Филиппу в поддержке. Филипп в последний раз призывает епископов и пытается поднять их на царя и великого князя. Епископы отвечают стыдливым молчанием. Тогда Филипп вопрошает их грозно: