В Исторических Нидерландах Реформация началась достаточно рано и быстро заполнила все сферы жизни, прочно там укоренившись. Но в течение десятилетий это была бесплодная Реформация, процесс, сдерживаемый государством, в результате чего вся религиозная жизнь, а с ней развитие мысли и культуры пребывали в состоянии полной дезориентации и шока. Процесс Реформации здесь разительно отличался от Германии, Швейцарии, Англии и Скандинавии тем, что (особенно в наиболее важной предкальвинистской фазе) он шел исключительно снизу вверх, вместо того, чтобы спускаться вниз от правительства.

Нидерландский протестантизм, в конце концов, был вытеснен кальвинизмом. Но кальвинизм вышел на нидерландскую арену слишком поздно и не играл никакой роли до 1550-х годов. К тому времени наиболее значительные последствия Реформации — распространение протестантских настроений и подрыв основ Церкви — были уже хорошо заметны. К 1559 году, когда кальвинистское влияние только начиналось, католическая церковь в Исторических Нидерландах была настолько ослаблена, что под сомнением было ее выживание в традиционной форме. Король Филипп II лично заверил Святейшего Папу Римского, когда убеждал его создать четырнадцать новых епархий, что без радикальных изменений «я не вижу, как наша религия может сохраниться в этой стране» и что при наличии изменений сохранение нидерландской церкви будет сложным.

Наиболее яркой чертой нидерландской церкви до плана Филиппа II «Новые епархии» была второстепенность церковной организации как на севере, так и на юге. На всей территории Нидерландов, где проживало более трех миллионов человек, было всего пять епархий — Аррас, Камбре, Турне, Льеж и Утрехт, — и четыре из них находились во франкоговорящих южных провинциях (см. карту 6 а). Основная масса нидерландоговорящей части страны располагалась всего в двух епархиях — Льеже и Утрехте, — одна из которых располагалась за границей Габсбургской территории. Обе епархии находились в церковной юрисдикции архиепископа-курфюрста Кёльна, что ставило Карла V в странное положение, когда его владения находились под контролем соседнего мелкого вассала. Кроме того, Камбре находился в юрисдикции архиепископа Реймса, принадлежавшего давнему врагу императора, королю Франции, части северо-восточных Нидерландов находились за пределами епархии Утрехта, а большая часть Гронингена и часть Фрисландии составляли архидиаконство «Фризия», часть епархии Мюнстера. Старая граница между последней и епархией Утрехта также оставляла большую часть восточного Гелдерланда, включая Хенгело, Грол, Боркуло-Лихтенворде и Бредеворт в состав Мюнстера. Неймеген находился под контролем Кёльна, а Вестерволде, анклав на границе между Гронингеном и Римской империй, был в юрисдикции Оснабрюка.

Это отсутствие слаженности беспокоило как бургундских, так и габсбургских правителей Нидерландов. Карл Смелый, Максимилиан, Филипп I и Карл V вынашивали планы церковной реорганизации, особенно, чтобы предотвратить контроль Льежа над обширными территориями бургундцев и Габсубргов. Но их недовольство было больше политическим, чем духовным, поэтому они не получили должного одобрения от Папы Римского. В конце концов из этих планов так ничего и не вышло.

Те немногие епископы происходили из основных знатных семей и демонстрировали совершенно мирское поведение. Шарль де Круа, епископ Турне (1525–64 гг.) был наследником одной из крупных валлонских дворянских семей и мало интересовался своими церковными обязанностями. Свою первую мессу он провел лишь в 1540 году и практически всегда отсутствовал. Георг ван Эгмонд, епископ Карла V в Утрехте (1535–59 гг.), также имел знатное происхождение и также представлял собой старомодного дореформационного мирского епископа. Ко всей запущенности и беспорядку, возникших из-за нелогичной структуры церкви, добавлялись неравенство и дисбаланс, вызванные средневековым переселением народов. Распределение церковных приходов на севере, например, по-прежнему отражало состояние до тринадцатого века, когда большая часть населения и главные города располагались на северо-востоке. В Утрехтской епархии было больше тысячи приходов, но во внутренних провинциях, таких как Голландия и Зеландия, их было в два с половиной раза меньше. В результате приходы в крупных голландских городах, таких как Амстердам и Делфт, были очень редки.

Несомненно, отсутствие церковной дисциплины, слабое обучение и прогулы были частым явлением на всех уровнях церковной жизни. Критика, направленная на церковь в начале и середине шестнадцатого века, касалась отсутствия у духовенства морали. Были также жалобы на неумение сдержать обед безбрачия и воздержания. Есть подтверждения того, что внебрачное сожительство было очень распространено среди духовенства. В сельской местности в окрестностях Гертрёйденберга около 20 процентов низшего духовенства имели сожительниц; в других местах это было характерно для 25 процентов. Однако новым в этих жалобах был не сам факт сожительства, а меняющееся отношение к нему у светского населения.

Ниже епископов в церковной иерархии располагались архидиаконы и настоятели, которые также зачастую были из знатных родов. Но во многих местах самой богатой и наиболее влиятельной частью церкви были аббатства и монастыри, во главе которых опять же стояли равнодушно относящиеся к этому дворяне. Монастырей в Нидерландах было очень много. В 1517 году Утрехтская епархия имела в своем составе 193 мужских и 284 женских монастыря. Большинство из них были маленькими и незначительными. Но крупные аббатства серьезно влияли на политику, общество и культуру. На острове Валхерен, в сердце Зеландии, самым влиятельным представителем духовенства был аббат Мидделбурга, единственный представитель церкви в зеландских Провинциальных Штатах до 1572 года, хотя там он представлял свои обширные владения и доходы, а не духовенство. Когда в 1561 году была создана Харлемская епархия, одна из четырнадцати новых, большая часть ее дохода шла из Эгмондского аббатства на севере Харлема, где сан аббата теперь смешался с саном епископа. Знаменитое старое аббатство Адуард в Гронингене долгое время было центром духовной жизни провинции.

Несмотря на мирской характер и отсутствие связности, нидерландская церковь начала и середины шестнадцатого века была богатой и сильной и оказывала огромное влияние на общество. Самые крупные и важные художественные комитеты до 1572 года появились именно в церкви. Утрехт был основным центром искусств на севере просто по той причине, что он был главным духовным центром. Как и предшественник, епископ ван Эгмонд был щедрым руководителем, он устанавливал витражные окна во многих церквях, а также алтарные картины, как, например, та, которую Мартен ван Хемскерк нарисовал для главной церкви Алкмара в 1540-1541 годах. Крупные аббаты также были значительными патронами. Ян ван Скорел стал вестником изменений в рисовании; но его поручения исходили из церковных учреждений того или иного уровня.

Отдаление общества от церкви началось, как мы уже видели, вместе с трансформацией образования и набожности через гуманизм. Из этого следует, что ослабление церкви началось до 1520 года. Снаружи католическая церковь в Нидерландах действительно сохраняла своё влияние и активность после 1519 года. В течение двух первых третей века было воплощено большое количество церковных строительных проектов, которые спонсировались частично светскими пожертвованиями. Среди этих проектов были церковные башни Бреды, Амерсфорта и Гронингена. Постройка главной церкви Гауды, церкви Святого Иоанна, одной из наиболее великолепных церквей Нидерландов, была завершена в начале столетия, но в 1552 году сильно пострадала от пожара. Она была полностью восстановлена в годы перед восстанием, а ее известные витражные окна были установлены в 1555–1570 годах, в период нарастающих религиозных беспорядков. Несмотря на это, основные церковные учреждения были построены до 1480 года. Все крупные проекты, завершенные в середине шестнадцатого века, были созданы в пятнадцатом. Завершение крупных проектов после 1519 года отражало богатство и обилие ресурсов у церкви, но не сохранение ей былого престижа.