Императорские репрессии сделали невозможным без риска для жизни создать какую бы то ни было открытую протестантскую организацию или сообщество. К середине 1520-х годов Реформацию широко поддерживали, по крайней мере в нидерландоязычных провинциях, где книгопечатание, гуманизм и лютеранство оказывали большое влияние и где люди ждали новых форм набожности и духовного предводительства. В 1527 году штатгальтер Голландии объявил, что «голландская земля и особенно Амстердам, Делфт и Хорн тяжело заражены [ересью, и] они полны лютеранства». Было желание, но не было возможностей. Есть свидетельства того, что в некоторых местах, например, в Лейдене, Утрехте, Хертогенбосе и Веере, во второй половине 1520-х годов существовали тайные собрания, где читали протестантские проповеди. Но они существовали недолго, на что повлияло негативное отношение Лютера к тайным организациям.

Положение, сложившееся к концу 1520-х годов, когда у Реформации не было никакой структурности, оказало большое влияние на дальнейшее развитие протестантизма в Нидерландах. В то время как в Германии религия усиливала свои позиции, а доктрины всё больше укоренялись, в Нидерландах надежда на появление организованной религиозной структуры Реформации исчезла на десятилетия. Таким образом, разделение путей нидерландского и немецкого протестантизма и протестантской культуры произошло уже к концу 1520-х годов. Это не значит, что нидерландские криптопротестанты были оторваны или не реагировали на споры о причастии и других религиозных явлениях, которые нарастали в Германии и Швейцарии. Наоборот, влияние последователей Цвингли и в чуть меньшей степени Буцера[33] сильно ощущалось в Нидерландах, в том числе в Восточной Фрисландии с 1525 года. В июле 1525 года, сам Буцер написал Цвингли из Стратсбурга, что (особенно в результате деятельности Хинне Роде[34], бывшего ректора школы Иеронима в Утрехте, который провел много месяцев в 1523–1524 годах в обществе Цвингли в Цюрихе) «вся Голландия и Фрисландия» знают о растущем конфликте между Лютером и критиками Реформации и принимают взгляды Цвингли-Буцера. Но духовное состояние Исторических Нидерландов не позволяло доктрине укорениться. В таких условиях лютеранство в своей структурированной, догматической форме, появившейся после 1525 года, не могло продвигаться. К 1530 году Германия и Нидерланды полностью различались в точках зрения и вопросах догмы. Характер нидерландского протестантизма — духовного мировоззрения, которое не исчезло, а лишь усилилось, несмотря на натиск кальвинизма, и стало неотъемлемой частью религиозного мира северных Нидерландов после 1572 года, — был не таким уж эразмовским и недогматичным, как часто заявляли, а скорее мультидогматичным и радикально децентрализованным, и представлял собой ошеломляющее изобилие доктрин и точек зрения, границы между которыми постоянно смещались. В Гронингене термин «цвинглианцы» по-прежнему использовался как общее название для всех протестантских движений вплоть до 1580 года.

Ранний нидерландский протестантизм был настолько изменчивым, что его невозможно было разделить на течения. В 1530-х годах лишь один конфликт доктрин имел большое значение — между основным течением нидерландского криптопротестантизма и анабаптизмом. До 1530 года в Нидерландах не было анабаптистов, а после 1530 года к этому течению принадлежали единицы. Анабаптисты были единственными, кто яро отделял себя от общества, отказываясь посещать церковь, и организовывали свои собрания для молений вопреки правительству. Это были протестанты, которые не боялись рисковать и заплатили за это. Их противостояние повлекло за собой гонения, которые продолжались более трех десятилетий. Но если их бескомпромиссная позиция и уязвимость гарантировали, что они так и останутся меньшинством, отрицающим Церковь, они в то же время представляли большинство тех, кто безоговорочно работал на благо нидерландской Реформации. Они получали чувство морального превосходства от страданий и передовой позиции, где они защищали остальных, кто отступал, чтобы спастись. Сформировалась парадоксальная ситуация. Хотя они и представляли крошечное меньшинство, тем не менее они были в авангарде нидерландской Реформации в течение всего периода ее созревания, с 1530 по 1560-е годы. Исключение составляла Восточная Фрисландия, где неанабаптистские нидерландские протестанты-изгнанники, как, например, Хинне Роде, могли свободно собираться в лютеранских анклавах вдоль границ Юлиха, Клеве и Гелдерланда.

Анабаптистское движение зародилось в Цюрихе в середине 1520-х годов и быстро распространилось по Швейцарии и Германии, но Нидерландов оно достигло лишь в июне 1530 года, когда из Стратсбурга в Эмден приехал Мельхиор Хоффман[35] и провел там несколько месяцев, организовывая сообщество. Эмден стал ядром раннего анабаптизма в Нидерландах. На габсбургской территории новообращенные анабаптисты, в частности, портной Сикке Фреркс из Леувардена и Ян Волкертс Трейпмакер из Амстердама, создали целую сеть анабаптистских коммун в Нидерландах. От этих лидеров анабаптизма вскоре избавились: Фреркса обезглавили в Леувардене в марте 1531 года, а Трейпмакер и еще восемь представителей амстердамской коммуны были арестованы и отправлены в Гаагу, где чуть позже в 1531 году их казнили. Однако эти казни лишь усилили интерес общественности к движению. Коммуны стремительно укоренялись, особенно в северной Голландии, Фрисландии, а также Гронингене и вне Габсбургских Нидерландов, где они были в относительной безопасности до 1537 года.

Анабаптизм Мельхиора в Нидерландах, несмотря на энергичность, был хаотичным движением с точки зрения структуры и доктрины и склонным к разделению. Это движение было радикальным, но не теологически, а, скорее, эмоционально и психологически. Усиливающиеся репрессии породили недовольство и сдерживаемую иконоборческую ярость, которая стала еще одной отличительной чертой нидерландской Реформации. В Нидерландах 1530 года у людей, которые не смогли сдержать свой гнев от того, что им приходилось скрывать недовольство Церковью, не было другого выхода, кроме как податься в анабаптисты. Те, кто не сдержался, оказывался там. Среди них был Давид Йорис из Делфта, один из наиболее значительных личностей нидерландской Реформации, чей период лютеранства (1524–28 гг.) уже характеризовался частой активностью, в частности грубыми упреками в сторону тех, кто преклонялся перед изображениями Девы Марии на улицах, а также распространением протестантских текстов в церквях. Этот толчок придал нидерландскому анабаптизму несколько другое значение, чем в Германии или Швейцарии, где анабаптизм являлся маргинальным фактором как социальной, так и религиозной жизни. В Нидерландах, начиная с 1530 года и вплоть до конца 1550-х годов, анабаптизм выполнял жизненно важную функцию — защиту и представление интересов Реформации. Немало лютеран и цвинглианцев перешли в анабаптизм.