На первых порах казалось, что Фердинанд и Изабелла решили отнестись с должной серьезностью к этим обещаниям, и назначение на пост гранадского генерал-губернатора графа Тендильи, впоследствии получившего титул маркиза Мондехара, свидетельствовало о добрых намерениях королевской четы. Тендилья слыл человеком справедливым и беспристрастным. Архиепископом Гранады был назначен Фернандо Талавера.

Он выучился арабскому языку и часто вступал в религиозные диспуты, что, разумеется, способствовало поднятию авторитета христианской религии в Гранаде. Отличаясь любовью к страждущим, Талавера собственным примером учил, что религия любви и братства не есть пустой звук. Но деятельность его по самому характеру своему не могла привести к быстрому успеху, то есть к немедленному и поголовному обращению гранадцев в христианство, — а именно этого требовали от Талаверы его воинственные противники, которых возглавлял толедский архиепископ Франсиско Хименес де Сиснерос.

Король Фердинанд не имел четкого плана действий в отношении мавров. Когда португальский король Мануэл 20 апреля 1497 года изгнал из своей страны не желавших принять христианство мавров, то Фердинанд милостиво разрешил им «вместе с женами, детьми, челядью и всяким имуществом» не только пройти через Испанию, но и остаться в ней столько времени, сколько им заблагорассудится, причем мавры были взяты под особую защиту короля. В резком противоречии с этими привилегиями, предоставленными иностранным маврам, находится письмо Фердинанда от 1498 года, в котором он высказывает удовлетворение по поводу оставления испанскими маврами Гранады и советует поддерживать их стремление к эмиграции, так как их воспоминания о былой независимости делают их ненадежными под данными. Однако открыто принять какие-либо репрессивные меры против мавров король не решался, опасаясь вызвать их восстание и не желая без повода нарушать торжественно данную присягу, тем более что Талавера — хотя медленно, но верно, — подвигал дело религиозного объединения недавно покоренной страны.

В середине июля 1499 года Хименес уговорил короля назначить его помощником Талаверы. Однако, получив полномочия, он стал действовать совершенно самостоятельно, не считаясь с Талаверой. Проявив необычайную энергию и щедрость на подарки (порой он просто подкупал целые общины), Хименес за короткое время обратил в христианство много народа; рассказывают даже, что в один лишь день (18 декабря 1499 года) крестились несколько тысяч человек; тогда же мечеть квартала Альбаисин, в котором было свыше 5000 маврских домов, была превращена в церковь Св. Спасителя. Деятельность Хименеса вызвала возмущение той части мусульман, которые дорожили своей верой. В ответ на их протесты последовали репрессии: наиболее видные мусульмане были брошены в тюрьму, а на городской площади сожгли 5000 мусульманских книг. Кроме того, Хименес вопреки королевской хартии стал преследовать христиан, которые приняли ислам. По его мнению, они и их потомки подлежали юрисдикции инквизиции, отменить которую не могли никакие королевские привилегии. Во время ареста дочери одного из таких людей толпа мавров растерзала королевского альгвасила, и только вмешательство губернатора Тендильи не дало бунту разрастись. Хименес поспешил к королю, охарактеризовал происшедшее как попытку уничтожить в Гранаде христианство и добился от короля, чтобы прощение было дано лишь тем маврам, которые примут христианство, — остальные должны были немедленно покинуть страну.

Фердинанд развязал Хименесу руки, но тут же, опасаясь, что мавры поднимут восстание, обратился к ним с заявлением, что дает слово, что отныне никто не будет насильно обращен в христианство, а еще через месяц издал для мавров, принявших христианство, амнистию, в силу которой им были прощены все преступления, совершенные до перехода в новую религию. Все это, однако, не принесло ожидаемого результата. Заполыхал бунт в горах Сьерра-Невады, на подавление которого пришлось посылать войска. Выступление мавров было жестоко подавлено: в Андараксе взорвали мечеть, в которой скрывались женщины и дети, при взятии Бельфике перебили всех мужчин, а женщин обратили в рабство, в Нихаре и Гехаре все население продали в рабство; при этом насильственно обратили в христианство свыше 10000 человек. Но едва улеглось восстание в Сьерра-Неваде, как брожение охватило другую часть Гранады, а вскоре и почти всю Андалузию. Чтобы усмирить мятеж, потребовалась восьмимесячная военная экспедиция, стоившая Испании много денег и крови. В эти месяцы многие тысячи мусульман под страхом смерти стали христианами.

Вскоре, однако, эти новообращенные, поскольку в их искренность мало кто верил, сделались, подобно маранам, предметом сначала законодательных ограничений, а затем жестоких преследований. 1 сентября 1501 года им было запрещено иметь и носить оружие, причем нарушение этого закона влекло за собой в первый раз конфискацию имущества и двухмесячное заключение, а повторно — смертную казнь. Но раз стали приниматься меры против новообращенных, то с тем большим основанием можно было начать репрессивную политику по отношению к мудехарам, то есть давно подчинившимся Испании маврам, жившим в рассеянии по всей стране. Был издан закон, в силу которого мудехары потеряли право въезда в Гранаду, так как религиозные интересы новообращенных гранадцев требовали изолирования их от мусульманского населения остальных частей Испании. Представителям королевской власти в провинциальных центрах были отправлены инструкции о необходимости обращения мудехаров в христианство, причем указывалось, что идти следует путем убеждения, а не репрессивных мер. Но, по-видимому, убеждения ни к чему не привели, и вот уже коррехидор Кордовы просит разрешить ему применять меры принуждения; разрешение ему не дали, что выглядит непоследовательно со стороны правительства, так жестоко расправившегося с гранадцами.

Впрочем, через несколько месяцев после этого, 12 февраля 1502 года, — в духе все той же непоследовательной политики — появился королевский указ, в котором говорилось о запрещении врагам католицизма и лицам, исполняющим позорные обряды, жить в пределах государства. До конца апреля все мавры, мужчины старше 14 лет и женщины старше 12 лет, должны были покинуть Испанию; они могли забрать с собой свое имущество, за исключением золота и серебра и некоторых запрещенных вещей. Выход к морю им разрешался лишь через бискайские порты; мавры, пойманные в других портах, подлежали смертной казни с конфискацией имущества в пользу казны. Ввиду военного времени изгоняемым маврам под страхом смерти и конфискации имущества запрещалось направляться в мавританскую Африку или в Турцию. Христианину, предоставившему после апреля 1502 года приют мавру, грозила конфискация имущества. Указ об изгнании не распространялся, во-первых, на рабов, а во-вторых, на детей моложе 14 и 12 лет, которых отнимали у мудехаров и отдавали на воспитание христианам.

Характерно, что в указе не говорится о том, что изгнание может быть отменено переходом в христианство. В действительности, однако, крещение спасало от изгнания, и мавры тысячами принимали христианство. Так, в Авиле крестилось все мусульманское население поголовно, и ни один не был оттуда изгнан; то же можно сказать и о населении Бадахоса. Новообращенные получили название морисков; отныне Гранада, Андалузия, Кастилия и Леон не знали более ни мавров, ни мудехаров; здесь вместе с «настоящими» испанцами жили мориски, которые в той же мере напоминали мавров, в какой мараны — евреев.