Изгнание мусульман тяжело сказалось на испанской экономике. Немецкий историк инквизиции Конрад Геблер вообще утверждает, что оно разрушило испанскую промышленность того времени. По некоторым данным, доходность церковных и дворянских земель в Валенсии, Сарагосе и Тарасоне упала сразу вполовину. В герцогстве Гандиа, где жили свыше 60000 морисков, земельный доход упал за один год почти в четыре раза; в десяти деревнях этого герцогства в год изгнания пустовало 417 домов, пять поселков полностью обезлюдели, а еще в четырех осталось по нескольку человек. Погибли не только арабские общины, но и некоторые из тех, где население было смешанным. Поскольку резко снизилось число арендаторов земли, сильно пострадали интересы землевладельцев. Правительство пыталось компенсировать их потери, раздавая субсидии.

Инквизиция также потерпела убытки: в Валенсии ее доход уменьшился вдвое. Когда король посетил в 1615 году Валенсию, инквизиция обратилась к нему с просьбой передать ей часть земель, конфискованных после изгнания морисков в пользу государства. Неизвестно, удовлетворена ли была эта просьба, — во всяком случае, финансовое состояние валенсийских инквизиторов оставалось плачевным долгое время — в 1617 году они вынуждены были довольствоваться частичным жалованьем. Не лучше обстояло дело с барселонским трибуналом. Сарагосский трибунал добился от короля в 1617 году субсидии, но это, похоже, ему не помогло, потому что через два года он прекратил выдачу жалованья из-за нехватки средств. Супрема латала финансовые дыры, заставляя трибуналы финансировать друг друга, жаловалась королю, что ее расходы превышают доходы, и требовала денег из казны.

18 февраля 1521 года папский нунций Алеандер известил папу Льва X, что в Нидерландах печатаются испанские переводы сочинений Мартина Лютера и желательно принять меры против допущения в Испании подобных книг. 21 марта того же года папа передал содержание письма Алеандера королю Испании Карлу I, присовокупив требование о тщательном наблюдении за преступными книгами, а великий инквизитор кардинал Адриан отдал 7 апреля приказ конфисковать вредные книги. Вскоре и государственный совет обратился к Карлу I с той же просьбой. Все это, однако, носило характер предварительных мер, так как фактически в Испании еще не было протестантов. Лишь в 1523 году перед майоркским трибуналом предстал лютеранин Гонсальва, которого осудили на смертную казнь. Да и этот случай лютеранства, скорее, связан с желанием инквизиторов наказать хотя бы одного протестанта, так как сомнительно, чтобы в 1523 году на острове Майорке оказался настоящий лютеранин, когда в самой Испании еще не было последователей этого учения.

Первыми осужденными протестантами на испанской почве, если не считать упомянутого Гонсальвы, были иностранцы: в 1524 году валенсийский трибунал осудил за лютеранскую ересь немца Эстеве, в 1528 году — Корнелиса из Гента. В том же 1528 году перед толедским трибуналом предстал, судя по имени, и первый испанец-лютеранин — Диего де Уседа из Кордовы. В 1529 году в Валенсии судили по обвинению в протестантизме Мельчора из Вюртемберга, который говорил во всеуслышание, что мир через три года потонет в крови, так как на свете нет ни одного истинного христианина. С этого времени протестантизм стал мало-помалу проникать в страну, и 27 апреля 1531 года Супрема предложила трибуналам опубликовать вероисповедный эдикт, в силу которого все, знающие что-либо о лютеранской ереси, должны были сделать надлежащие донесения.

30 апреля 1531 года приор монастыря в Консуэгре донес, что один из монахов хранит лютеранское сочинение. Обвиняемый монах Угональдо, представ перед толедским трибуналом, заявил, что приобрел за полреала книгу Лютера на испанском языке на толкучем рынке, поскольку хотел узнать, что он проповедует, но с первой же страницы убедился в дурных намерениях автора и книги дальше не читал. Суд вынес Угональдо порицание и наложил на него епитимию. В том же 1531 году был обвинен в протестантизме Гаспар де Торральва, иностранец из Байонны, хотя ничто не говорило о его лютеранстве — он в гневе произнес слова «reniego de Dios» (отрицаю Бога) и не соблюдал пост по слабости здоровья. Гораздо более громкий процесс возник в 1534 году против испанки Марии де Касальи. Обвинение содержало 34 пункта: Касалья отрицала необходимость исповеди, называла глупцами людей, посещавших мессы, восторгалась Лютером, насмехалась над папскими буллами и над индульгенциями, покупателей которых называла животными и т. д. Приговор ей, судя по всему, был относительно мягким; во всяком случае, известно, что она прожила потом еще довольно долго. 14 марта 1535 года толедский трибунал судил за лютеранство юриста Гуго де Цельзо родом из Бургундии, который, несмотря на духовное звание, женился; его приговорили к лишению сана, вечному заточению и конфискации имущества. Через некоторое время, однако, Цельзо был освобожден, но потом снова привлечен к суду и в 1551 году сожжен как еретик. Той же участи в 1540 году подвергся Франсиско де Сан-Роман, богатый купец из Бургоса, который может считаться первым испанцем, погибшим за дело протестантизма. Будучи в Бремене, Сан-Роман однажды из любопытства пошел в церковь, чтобы послушать пастора Якова Пробста; проповедь произвела на него столь сильное впечатление, что он стал читать теологические книги, вскоре сделался страстным протестантом и даже отправил Карлу I письмо с проклятиями за его преступное отношение к лютеранству. Мнимые друзья посоветовали Сан-Роману ехать в Испанию, чтобы там бороться за истинную веру, но по дороге он был арестован и посажен тюрьму. Проявив неожиданную гуманность, на первый раз его освободили, но Сан-Роман не успокоился и подался в Регенсбург, где находился император, чтобы обратить его в протестантизм. Здесь его опять арестовали, заковали в цепи и отправили в Вальядолид, где и сожгли. Точнее, сожгли его мертвое тело, так как толпа, услышав на аутодафе о его грехах, истыкала его шпагами. Как ни серьезен был этот случай, свидетельствовавший, что и настоящие испанцы не гарантированы от лютеранской ереси, инквизиция тем не менее утешала себя тем, что Сан-Роман заразился вредным учением за границей.

Случай с Хуаном Гилемом или, как чаще его называют, с доктором Эгидием, не представлял, наоборот, ничего утешительного для инквизиции, так как Эгидий постоянно жил в Испании и не мог нигде, помимо Испании, ознакомиться с ложными учениями. Он был каноником в Севилье и пользовался большой популярностью во многих церковных приходах за свое красноречие и ученость. Где усвоил он протестантские идеи, сказать трудно. Льоренте полагает, что около 1540 года Эгидий уже был лютеранином, что подтверждается показаниями монахини Леоноры де Сан-Кристобаль, прочитанными на инквизиционном суде 11 сентября 1559 года. О его еретических взглядах, разумеется, не было известно королю Карлу, который в 1550 году назначил Эгидия епископом Тортосы; тот, однако, не успел занять епископскую кафедру, так как немедленно после этого назначения инквизиция получила на него донос. 21 августа 1552 года на суде в Севилье Эгидий отрекся от своих взглядов и был приговорен к году тюремного заключения, десятилетнему отрешению от обязанностей проповедника и епитимии. Он умер в 1556 году, и смерть спасла его от более сурового наказания, так как выяснился ряд других его преступлений; в 1560 году были сожжены его кости. Вместе с ними сожгли кости Константина Понсе де ла Фуэнте, каноника в Севилье. Дело Понсе возникло в 1558 году, который вообще стал знаменательным годом в истории испанского лютеранства, — с этого времени число протестантов в Испании начинает неуклонно расти, хотя в сравнении с другими странами Европы здесь их всегда было мало.