До 1558 года протестантизм в Испании вообще находился в зачаточном состоянии. Лишь в Севилье возникло небольшое общество последователей Эгидия и Понсе, на которое и посыпались удары инквизиции. Инквизиция вышла на его след в 1557 году. Из севильского монастыря Сан-Исидоро тогда бежали за границу одиннадцать монахов; это обстоятельство заставило усилить надзор над Севильей. Вскоре инквизиции стало известно, что туда прибыл из Германии лютеранин Юлиан Эрнандес, который привез еретические книги на латинском и испанском языках. Его схватили и вместе с ним заключили в тюрьму Хуана Понсе де Леона, который помогал ему рассылать по городу книги и письма. Инквизиция поняла, что держит в руках нить большого заговора; начались аресты — в монастыре Сан-Исидоро схватили пятерых монахов; вскоре в тюрьму были отправлены священник Хуан Гонсалес, его мать и три сестры, старший хранитель севильской церкви Кантильяна со всей семьей, в том числе и его зять Кристобаль Косада, известный врач. Кроме них, были арестованы бенефициант церкви Сан-Висенте Франсиско де Сафра и его отец; их хорошо охраняли, но Франсиско де Сафре в ночь на 1 ноября 1557 года удалось бежать — как утверждалось, с помощью дьявола, ибо, несмотря на все старания инквизиции, местопребывание его осталось неизвестным. Чуть раньше смогли бежать золотых дел мастер Педро де Соса, жена которого Каталина де Вильябос была арестована, Гаспар Сапата с женой своей Изабеллой Тристан, которую позже поймали в Барселоне, Франсиско де Карденас, его жена Анна Майрено и их родственник Мельчор Диас. В начале 1558 года задержали еще шесть монахов Сан-Исидоро, а также провели тайное следствие в отношении приора монастыря Гарсии Ариаса, известного больше как доктор Бланко, и знакомого нам Константина Понсе. Бланко арестовали 12 августа, Константина — 16 августа. На этом аресты не прекратились; они продолжались целый год; число их точно не установлено. Тюрьмы были переполнены, и даже пришлось нарушить закон об одиночном заключении, помещая заключенных по нескольку человек в камере. Аресты некоторых подозрительных лиц были отложены ввиду недостатка места в тюрьмах, и 6 июня 1559 года трибунал ходатайствовал о предоставлении ему возможности устраивать тюрьмы в частных домах. Чтобы освободить одиночные камеры, решили готовить аутодафе в ускоренном режиме, и на помощь севильскому трибуналу был прислан из Тарасоны инквизитор Мунебрега, который предложил отправить всех преступников на костер. Однако инквизиторы севильского трибунала Карпио и Гаска с ним не согласились, и конечное решение принимала Супрема, которая, в общем, приняла сторону севильских инквизиторов.

24 сентября 1559 года на площади Св. Франциска в Севилье состоялось торжественное аутодафе, на которое вывели 73 человека (по другим данным — 78 и 80); половина их обвинялась, однако, не в лютеранской ереси, а в других преступлениях. Первым был вызван Хуан Понсе де Леон, лютеранин, отрицавший существование ада, говоривший, что инквизиторы — слуги Антихриста, а папа — обманщик. Он купил дом для устройства собраний последователей Лютера, а затем, как утверждало обвинение, превратил этот дом в мечеть; он ел мясо в пост и молился о распространении ереси по всей Испании. На аутодафе Понсе де Леон отрекся от своих преступных взглядов и заявил, что медлил с покаянием, потому что рассчитывал на помощь своих родственников — герцога Аркоса, герцогини Бехар и герцогини Байлен; тем не менее его приговорили к сожжению, имущество конфисковали, а потомство лишили права занимать должности на государственной, общественной или церковной службе. После Понсе де Леона был вызван священник и проповедник Хуан Гонсалес, который сочетал в себе склонность к мусульманской и лютеранской ересям. Прямо на суде он заговорил со своими сестрами Каталиной и Марией «на языке лютеран», и инквизиторы, дабы прекратить богомерзкие речи, вложили ему в рот кляп. Хуан Гонсалес не хотел ни в чем каяться и говорил, что не выдаст сообщников, так как, сам страдая невинно, не хочет, чтобы другие подвергались напрасным преследованиям. Он был сожжен, как и его сестры. Затем была вызвана Мария де Борхес, которая, отказавшись отречься от лютеранства, заявила, что она хорошая христианка и верит в Бога; кающегося Хуана Понсе де Леона она назвала болтуном; сама она выказала необыкновенную твердость и без страха взошла на костер. Всего в этот день сожгли восемнадцать человек (некоторых предварительно задушили) и in effigie Франсиско де Сафра. Большинство остальных еретиков были наказаны продолжительным тюремным заключением, а также 100 или 200 розог. Дом Изабеллы де Баэны, где собирались еретики, был разрушен, и на его месте поставили позорный столб.

Тем временем инквизиторы готовили материал для следующего аутодафе, которое состоялось 22 декабря 1560 года. Виднейшим лицом на этом аутодафе был Юлиан Эрнандес; его сожгли, как и еще тринадцать человек; трое из них были иностранцами — англичане Брук и Бертоун и француз Фабрео. На этом аутодафе in effigie были сожжены Эгидий и Понсе, а также бежавший Хуан Перес де Пинеда. Двенадцать жителей Испании подвергли конфискации имущества и отправили в тюрьму; та же кара постигла трех иностранцев: генуэзца Франкиса, англичанина Фрэнтона и фламандца Оланду. Одна женщина — Хуана де Борхес, сестра заживо сожженной Марии де Борхес, — была посмертно признана невиновной; ее заключили в камеру беременной, дождались, пока она родила, и подвергли пытке, во время которой она истекла кровью.

Прошло несколько дней после декабрьского аутодафе, как в Севилье, к ужасу инквизиции, стал ходить по рукам памфлет, в котором восхвалялось лютеранство и высмеивалась католическая вера; подобное сочинение распространялось в 1559 году в Толедо, и все указывало на то, что и тогда, и сейчас это сделал один и тот же человек. Инквизиторы энергично взялись за розыски преступника и арестовали массу невинных людей. Памфлеты тем временем появлялись один за другим. 1 февраля 1562 года стараниями Хуана Фернандеса Барбосы, получившего за свой донос 200 дукатов, был наконец арестован Себастиан Мартинес, у которого нашли приспособления для печати, а также большое количество не розданных еще памфлетов. Во время пытки Мартинес назвал своим сообщником проповедника Иеронимо Эрреру, который будто бы из мести за своего друга Константина Понсе стремился причинить инквизиции как можно больше вреда, но когда пытку прекратили, заявил, что Эррера невиновен. Тем не менее Эрреру, чья верность католичеству была вне подозрения, арестовали и едва не осудили; потребовалось вмешательство Супремы, чтобы он был выпущен на свободу. Мартинес же предстал на аутодафе 26 апреля 1562 года.

Это было уже третье аутодафе, связанное с делом о протестантской ереси. На нем были сожжены, кроме Мартинеса, восемь человек, из них три французских моряка; in effigie сожгли еще пятнадцать. Различным наказаниям подвергли еще 25 человек, из них пятнадцать иностранцев, обилие которых свидетельствует, что протестантизм даже в Севилье, считавшейся наряду с Вальядолидом центром лютеранской ереси, питался главным образом, притоком извне.

Четвертое по счету аутодафе состоялось 28 октября 1562 года. К смерти были приговорены девять человек, из них трое иностранцев; кроме того, сожгли останки трех еретиков. На этом с протестантами в Севилье было покончено, и в дальнейшем здесь отмечены только единичные случаи их преследования. На аутодафе 11 июля 1563 года за привоз из Фландрии еретических книг был подвергнут епитимии доминиканский монах Доминго де Гусман из монастыря Сан-Пауло в Севилье; книги были публично сожжены на площади Св. Франциска. 19 апреля 1564 года сожгли шесть фламандцев, которых поймали на отправлении лютеранских обрядов второй раз. 13 мая 1565 года сожгли in effigie шесть человек — все эти еретики были рецидивистами, то есть инквизиция работала в основном над старым материалом, так как нового становилось все меньше и меньше. В дальнейшем среди осужденных на севильских аутодафе еретиков мы видим только иностранцев.