В 1560 году Адашев и Сильвестр были удалены от престола. Говорили, что царь заподозрил их в том, что они отравили его любимую жену. Сам Иван Васильевич в одном из своих посланий упоминает, что царица стала неугодна советникам «единого ради малого слова». Но Анастасия долго болела и скончалась уже после того, как советники попали в немилость. Вероятнее всего, истинной причиной опалы стали глубокие расхождения между государем и его приближенными из-за начавшейся в 1558 году Ливонской войны.

Иван Грозный начал ее за право торговли на Балтике. России принадлежало в те времена устье Невы и южное побережье Финского залива вплоть до реки Нарвы, за которой начиналась Ливония. Несмотря на то, что летом 1557 года дьяк Иван Выродков построил в устье реки Нарвы, ниже Ивангорода, морской порт, иноземные корабли туда не заходили. Купцам препятствовали Ливония и Швеция. Царь предполагал, что слабая Ливония не выдержит первых же ударов русских войск. Советники, и прежде всего Адашев, противились этому решению. Они считали, что прежде надо покончить с Крымским ханством, и посылали туда военные экспедиции, не имевшие успеха. Военных побед в Прибалтике добиться тоже не удалось. Было объявлено перемирие, во время которого Ливонский орден договорился о переходе своих земель под протекторат Польши и Великого княжества Литовского. Другие части Ливонии отошли к Швеции и Дании. Лишь начавшаяся в 1563 году война между Швецией и Данией спасла Россию от войны с тремя противниками.

Место Адашева теперь было на войне с Ливонией. В отличие от другого советника государя, князя Андрея Курбского, воевал Адашев плохо. В конце концов его отстранили от командования и перевели в Юрьев в распоряжение воеводы, а земли конфисковали. Сильвестр пытался защитить своего старого товарища, но тщетно. Тогда Сильвестр добровольно удалился в монастырь. Дело Адашева было передано на суд боярской думы. На ходе разбирательства сказались слухи вокруг смерти царицы. Адашев и Сильвестр были заочно признаны злодеями. Сильвестра заточили в Соловецкий монастырь, а Адашева взяли под стражу. Через два месяца он умер, явно вопреки желанию царя, потому что было назначено специальное расследование обстоятельств смерти.

Война между тем продолжалась. Зимой 1563 года русская армия под командованием самого царя взяла Полоцк, ключевую крепость на пути к столице Литвы Вильно. Но кто-то выдал литовцам замыслы русского командования, и часть русских войск была разгромлена. Царь обвинил в измене воевод, но никак не предполагал, что настоящим предателем был его ближайший друг, талантливый полководец князь Андрей Курбский.

Хотя в измене объявили других, Курбский все равно попал в немилость. Целый год он находился в Юрьеве на вторых ролях, а потом бежал в Литву, опасаясь, что государю стало известно о его измене. На самом деле Иван Васильевич подозревал Курбского отнюдь не в тайных сношениях с Литвой, а только в том, что тот принял сторону князя Владимира Андреевича Старицкого. Всей правды в Москве тогда не знали.

Документы, найденные в польских архивах, убедительно свидетельствуют, что Курбский начал склоняться на сторону Польши еще за полтора года до своего побега. В 1563 году Курбский выдал литовцам шведского наместника графа Арца, который вел с князем тайные переговоры о сдаче замка Гельмет. Графа увезли в Ригу и там жестоко казнили – колесовали. Оказавшись в Литве, Курбский выдал властям всех известных ему сторонников Москвы, со многими из которых сам вел переговоры, и тут же отправил на родину обличительное послание. В дальнейшем Курбский активно действовал против Руси и не раз возглавлял литовские отряды. В одном из походов он загнал в болота русский корпус и полностью разгромил его. Польская корона оценила его службу, вознаградив обширными владениями в Литве и на Волыни.

Курбский был не единственным пребежчиком. В Литву устремились многие. Как и Курбский, беглецы не считали себя изменниками. Они полагали, что всего лишь воспользовались старинным боярским правом «отъезда» – смены места службы. Но царь смотрел на это иначе. Князей и бояр он считал подданными, обязанными служить государю и стране. С этой точки зрения, бояре, пользуясь своей старинной привилегией, совершали государственную измену, как и вообще все те, кто противился его воле. В этом был свой резон – ведь страна вела тяжелую войну, и раздоры ослабляли ее.

Крамолу государь искоренял жестоко. Сначала репрессии обрушились на сторонников и родственников Адашева, потом – на тех, кто, по мнению царя, был виновен в неудачах в Ливонии. Многие пользовались подозрительностью царя, чтобы избавиться от давних соперников. Злоупотреблял своим положением и новый фаворит Ивана Васильевича воевода Алексей Басманов, прославившейся под Казанью и в Нарве. Став главным советником царя, он употребил все свое влияние, чтобы убрать соперников. Казни наводили ужас, никто не чувствовал себя в безопасности. Пожалуй, с этого времени Ивана Васильевич уже вполне оправдывает свое прозвище – Грозный.

К 1564 году Россия окончательно увязла в войне. Польско-литовские войска всеми силами стремились отбить Полоцк, и туда была стянута почти вся русская армия. В это время с юга ударил крымский хан Девлет-Гирей. От катастрофы страну спас Алексей Басманов, отдыхавший в своем поместье неподалеку от Рязани. Он организовал оборону и заставил татар отступить. Отныне война шла на два фронта. Советники царя убеждали его сокрушить оппозицию, но этому мешала Боярская дума и высшие церковные власти, которые не желали ничего менять.

Иван Васильевич избрал необычный путь решения проблемы. В декабре 1564 года царь вместе со своей семьей, самыми почитаемыми в Москве иконами, казной и приближенными покинул Москву. Он остановился в Александровской слободе (ныне г. Александров) и объявил о своем отречении. В послании к Боярской думе государь сообщал о царской опале на изменников-бояр, горожан же заверил в том, что никакого зла на них не держит. Народ растерялся и стал требовать возвращения государя, да и бояре не могли помыслить себя без царской власти. Толпа готова была сама расправиться с «изменниками», и тем ничего не оставалось, кроме как уговорить Ивана Васильевича вернуться на царство. Грозный согласился, но с условием: он учреждает опричнину – особый государев удел.

Отречение кажется тонким политическим ходом, но царь не мог знать, чем все кончится. Будь у его противников достаточно воли, противостояние могло бы вылиться в долгую гражданскую войну, наподобие той, что вели Василий II и Дмитрий Шемяка. Проигравшего мог ждать и монашеский клобук, и топор палача. Иван Васильевич прекрасно понимал, на какой риск он идет. Кроме того, будучи глубоко религиозным, он искренне верил в божественность своей власти и, отрекаясь, чувствовал свою вину перед Богом и горько каялся. «Аще и жив, но Богу скаредными своими делы паче мертвеца смраднейший и гнуснейший… сего ради ненавидим есмь», – писал он. Потрясение было столь сильным, что за несколько недель у Ивана выпали все волосы на голове, его едва узнавали, когда он вновь появился в Москве.