Проведя месяц на месте крушения и каждый день питаясь исключительно информацией о халатности и некомпетентности отдельных лиц ведомства путей сообщения, Кони твердо пришел к окончательному выводу по делу. Почти ежедневно он отправлял телеграммы и письма министру юстиции Манасеину с откровенными суждениями о положении дел и отдельных людях, своих сомнениях и наблюдениях. Кони и не знал, что все его письма Манасеин немедленно докладывал царю, и тот их внимательно читал, отмечая синим карандашом наиболее любопытные места. Наконец, от министра юстиции 19 ноября 1888 года поступила телеграмма с просьбой немедленно прибыть в Санкт-Петербург для «личных объяснений по делу».

Доклад царю состоялся 23 ноября в Гатчине, в присутствии министра юстиции. Кони вспоминал, как Манасеин всю дорогу до Гатчины усиленно крестился и бледнел. Все, однако, сошло как нельзя лучше. Царь принял их в своем скупо обставленном кабинете, с низким потолком и полом, обитым синим сукном. Был он в простой серой тужурке, из-под которой проглядывала расшитая русская рубашка. Разговор с Александром III запомнился Кони до мелочей:

«Государь подал мне руку, сказал, что желает от меня лично слышать о подробностях дела крушения, указал мне на очень неудобный пуф, стоявший против него через стол, и закурил толстую папиросу, которую сменял несколько раз в течение нашего почти часового разговора.

— Прежде чем представить Вашему Величеству подробный обзор хода и результатов предварительного следствия, — начал я свой доклад, — считаю необходимым изложить данные, которые убедили меня и командированных со мной вместе представителей государственной полиции и жандармского корпуса в полном отсутствии каких-либо следов государственного преступления в обстоятельствах крушения поезда…

— Не беспокойтесь это делать, — сказал мне Государь, — я знаю, что таких следов нет и быть не может. Я твердо убежден, что тут нет ничего политического, я увидел это тотчас же на месте. Это только министр путей сообщения Посьет старался меня тогда убедить, настаивая, что это, конечно, покушение на мою жизнь. Расскажите, как шло дело после того, как и вы убедились в отсутствии покушения».

Диалог монарха со своим подданным настолько понятен им обоим, что этими двумя фразами можно было бы и закончить весь доклад, потому что дальше уже была рутина, ни в коей мере монарху неинтересная и скучная. За свою первую фразу о том, что он не усматривает в крушении никаких следов покушения, Кони сразу и надолго заслужил любовь и признательность монарха. Как оказывается все просто! Министр Посьет, чтобы скрыть творящиеся в его ведомстве безобразия, пытался списать кошмарное крушение царского поезда на очередное покушение. Но слава богу — есть еще честные люди! Дальнейший доклад Кони построил в духе сдержанного обличения:

«Тогда я начал подробный рассказ, представлявший картину преступной небрежности всех лиц, имевших касательство к поезду чрезвычайной важности».

Рассказ был действительно исчерпывающий, Кони не забыл ни одной фамилии, ни одного возмутительного факта. Похвально отозвался только в адрес управляющего Юго-Западной железной дороги С. Ю. Витте, предупреждавшего Посьета на станции Ковель о недопустимом составе и скорости поезда чрезвычайной важности. Остановился он и на заключении экспертов, озвучив основную версию происшествия: «расшитие пути, произведенное боковыми качаниями первого паровоза».

Откровенная беседа прокурора с императором была увенчана естественным вопросом монарха: «Итак, ваше мнение, что здесь была чрезвычайная небрежность?» Прокурор ответил в своем беллетризованном стиле:

«Если характеризовать все происшествие одним словом, независимо от его исторического и нравственного значения, то можно сказать, что оно представляет сплошное неисполнение всеми своего долга».

В конце беседы император поинтересовался, кого, собственно, прокурор собирается привлечь к суду, а когда услышал в ответ, что суда заслуживают все должностные лица от министра до начальника депо, то осторожно напомнил, что этот вопрос подлежит рассмотрению Особого совещания при Государственном совете. Прощаясь, Государь вежливо осведомился, когда Кони собирается вернуться к делам следствия, и милостиво разрешил ему подвергнуть допросу министра путей сообщения Посьета и начальника своей личной охраны Черевина.

Возвращались они из Гатчины в хорошем настроении: Манасеин — от того, что все прошло благополучно, а Кони прикидывал наиболее выгодные пассажи своей обвинительной речи в Верховном суде. Жизнь выбирала при этом свои непредсказуемые повороты. Кони не преминул допросить сначала Посьета, а затем и Черевина в их служебных кабинетах под протокол. Это было весьма необычно для того времени, но совершенно бесполезно для следствия. Посьет вел себя замкнуто и настороженно, он совсем не отрицал очевидных упущений, находя для них вполне реальные объяснения. Черевин вообще заявил, что технические вопросы — не его дело и он никогда не отдавал распоряжений, выходящих за рамки его компетенции, тем более Посьету. Черевин при этом остался верен себе и не удержался от острого слова. Он выразил Кони надежду, что Посьет не будет разжалован в матросы. Министр путей сообщения Посьет был по основной своей специальности моряк в чине адмирала. Кроме того, Константин Николаевич Посьет был признанным и уважаемым организатором в области развития всех видов сообщения России, включая морские и сухопутные. Шельмовать такого заслуженного деятеля было затруднительно, и личная честность прокурора Кони в данном случае столкнулась с оппозицией всего железнодорожного и морского сообщества. Александру III была хорошо известна тяжелая моральная обстановка вокруг предполагаемого судебного преследования Посьета, и предстоящему обсуждению дела о крушении поезда в Особом совещании Государственного совета был послан недвусмысленный сигнал.

Кони основательно подготовился к докладу на совещании, которое состоялось 6 февраля 1889 года. Кони вспоминал:

«В небольшой комнате Мариинского дворца в 2 часа собрались участники совещания: председатели департаментов, министры внутренних дел, юстиции, императорского двора, управляющий морским министерством, вновь назначенный министр путей сообщения Паукер и государственный секретарь Половцов. Затем почти одновременно пришли великие князья Михаил Николаевич и Владимир Александрович. Когда все уселись у полукруглого стола, я занял место за небольшим столом в центре полукруга и по предложению председателя изложил сжато, но со всеми необходимыми техническими подробностями результаты, раскрытые следствием, заключив перечислением лиц, привлеченных мною, с юридической квалификацией их деяний. Говорить пришлось около часу, все слушали с большим вниманием…».

Мнения по докладу прокурора Кони присутствовавших на совещании вельмож и министерских чинов были большей частью сдержанными, но никак не радикальными. Постановили привлечь к ответственности Посьета и Шернваля (голосовали 7 — «за», 4 — «против»), без определения, каким образом и в каком качестве. Этот вопрос должен был решаться в Департаменте гражданских и духовных дел Государственного совета. Там действительно прошло несколько заседаний по вопросу, каждое из которых плавно спускало дело к отказу от рассмотрения его в суде. В конечном итоге решено было ограничиться административными мерами — Посьет и Шернваль получили по выговору без занесения в личный формуляр.