Не все сожженные в Вальядолиде заслуживали смерти даже по законам самой инквизиции. Это объясняется желанием великого инквизитора Вальдеса применить к ним, как он писал в письме папе Павлу IV, «меру устрашающей справедливости», дабы в корне поразить протестантскую заразу. Накануне второго аутодафе он просил папу издать бреве, разрешающее инквизиторам в особых случаях переходить за границы правовых норм. Вальдес знал, к кому обращался. Павел IV принадлежал к тем фанатикам на папском престоле, которые ставили задачу преследования еретиков выше всех остальных обязанностей главы церкви; как следовало ожидать, он отнесся к просьбе Вальдеса благосклонно. Еще в 1555 году он издал буллу «Cum quorundam», объявив, что все, отрицающие Троицу, божественность Христа, не разделяющие установленного учения о Св. Духе, о девственности Св. Марии и в течение трех месяцев не отрекшиеся перед инквизиторами от своих заблуждений, должны рассматриваться как упорствующие еретики и выдаваться светской власти. Расширив таким образом до таких пределов группу еретиков, подлежащих смертной казни, Павел IV не мог не пойти навстречу просьбе Вальдеса. Особым бреве великому инквизитору и Супреме было дано право считать еретиков подлежащими смерти даже в том случае, если они принесут покаяние, но инквизиция увидит в этом лишь стремление избежать наказания. Затем последовало еще одно бреве, в котором говорилось, что ввиду обнаружения в Испании прелатов, заподозренных в лютеранской ереси, папа уполномочивает великого инквизитора начать, с ведома Супремы, следствие и арестовать тех, о ком имеются основания думать, что они намерены бежать. Тем самым Вальдес получил возможность расправляться с представителями духовенства, которые почему-либо вызывали у него неприязнь; так, в частности, он погубил архиепископа Карансу.

После уничтожения севильской и вальядолидской общин протестантов в Испании, можно сказать, не осталось, хотя время от времени то одного, то другого еретика обвиняли в лютеранстве, подразумевая под этим любое отступление от традиционного католицизма. Из отдельных случаев отметим сожжение 17 сентября 1564 года в Валенсии Гаспара Сентельяса. Это был образованный человек, происходивший из знатной семьи; на суде он сумел опровергнуть все пункты обвинения.

Но инквизиция нашла способ осудить его на смерть: после суда защитник попросил Сентельяса подписать заявление о том, что он считает католическую церковь Божьей церковью. Сентельяс категорически отказался, вследствие чего был признан упорствующим еретиком. С Сентельясом был в дружеских отношениях доктор Аркер, итальянец, принявший испанское подданство. Толедский трибунал рассматривал его дело в течение девяти лет. На аутодафе 4 июня 1571 года Аркера должны были до сожжения задушить, но толпа нашла такой приговор чрезмерно мягким и потребовала сжечь его живьем. Она набросилась на Аркера, исколола его кинжалами, и затем его, еще живого, с кровоточащими ранами, затащили на костер.

Шефер подсчитал, что в 1550—1600 годах во всей Испании прошло около 400 «лютеранских» аутодафе; правда, подробные отчеты сохранились только о 216. На них подверглись наказанию около 2100 человек; к сожжению приговорили 340, из них 120 посмертно. Причем известно только о 325 испанцах, привлеченных к ответственности инквизиционными трибуналами; эта цифра совершенно ничтожна при населении в 8—9 миллионов. Приходится поэтому согласиться с теми, кто утверждает, что инквизиция умышленно, преследуя корыстные цели, раздувала протестантскую опасность, отлично сознавая, что ни о какой опасности не может быть и речи.

Изобилие иностранцев-еретиков побудило инквизицию принять меры предосторожности против них. В 1572 году Супрема отдала распоряжение трибуналам Арагона, Каталонии и Валенсии следить, чтобы нигде не занимали учительских должностей французы, так как именно от их педагогической деятельности, по ее мнению, происходил наибольший вред. Инквизиции также вменили в обязанность наблюдать, чтобы еретической пропагандой не занимались иностранные купцы; не раз конфисковывались торговые суда, прибывавшие в испанские порты, на том основании, что экипаж их состоит из еретиков. Только в течение шести месяцев 1593 года на Канарских островах были задержаны тринадцать немцев с корабля «Св. Петр», семнадцать фламандцев с корабля «Роза», пятнадцать фламандцев с корабля «Леон Колорадо» и двенадцать англичан с корабля, название которого в отчете инквизиции не указано.

Все это подрывало морскую торговлю, и Супрема в 1597 году вынуждена была пойти на уступки и сделать исключение для ганзейских городов: прибывавшие оттуда лица не подвергались допросам о своих религиозных воззрениях и подлежали аресту лишь в том случае, если они в испанском порту или на испанской территории позволяли себе какое-либо оскорбление по адресу католической веры, при этом производилась конфискация не всего товара, а лишь той его части, которая принадлежала обвиняемому. Впрочем, любое судно должно было быть обыскано на предмет наличия еретических книг, подлежащих сожжению.

Английское правительство при заключении в 1604 году мирного договора с Испанией внесло в него особый пункт о том, чтобы английские купцы не подвергались в Испании инквизиционным преследованиям: никто не имел права принуждать их к посещению церкви, судно не могло быть конфисковано и т. д. Супрема известила после этого трибуналы, что отныне англичане пользуются теми же правами, что и ганзейские купцы, но, например, архиепископ Валенсии Рибера отказался принимать это во внимание — он продолжал настаивать на необходимости преследования англичан на том основании, что с врагами религии нельзя не только заключать договора, но и вообще жить в мире. Письмо Риберы королю было рассмотрено государственным советом, который, не отказываясь от договора с Англией, тем не менее просил великого инквизитора напомнить трибуналам об обязанности следить за иностранцами и не допускать, чтобы испанские женщины встречались с англичанами. Как бы то ни было, внешнеполитические условия были сильнее требований инквизиции, и когда в 1609 году было заключено перемирие на двенадцать лет с Нидерландами, Испания вынуждена была предоставить этому еретическому государству те же права, что англичанам и ганзейцам.

Это не значит, что инквизиция не пыталась сопротивляться — не будучи в силах изменять международные договоры, она не раз пыталась извратить их смысл. Так, в 1612 году Супрема известила провинциальные трибуналы, что привилегии касаются лишь тех голландцев, которые находятся в Испании проездом; голландцы же, постоянно живущие в Испании или купившие здесь дом, никакими привилегиями пользоваться не должны — за ними следует установить особый надзор, дабы трибуналы знали все, что они делают и говорят. В 1620 году Супрема возобновила распоряжение от 1581 года о том, что иностранцы не имеют права содержать в портовых городах гостиницы или постоялые дворы. Когда кончилось двенадцатилетнее перемирие с Нидерландами, инквизиция поспешила объявить, что голландские купцы лишаются всех привилегий, а когда в 1624 году началась война с Англией, великий инквизитор Пачеко издал распоряжение, чтобы все британские подданные, не исповедующие католической религии, оставили в течение двадцати дней владения испанского короля; причем сам король узнал об этом в порядке уведомления. Можно предположить, что Филипп IV не был доволен узурпацией власти со стороны великого инквизитора. Однако тот же Филипп при вступлении в переговоры с Кромвелем в 1655 году отправил Супреме на пересмотр пункт о религиозных привилегиях английским купцам в Испании, прибавив, что он готов скорее лишиться всех своих владений, чем совершить нечто такое, что могло бы повредить интересам религии. Супрема в ответ заявила, что слова короля должны быть вырезаны на бронзе для сведения настоящему и будущему поколениям. В конце концов под влиянием Супремы Филипп IV отказался от заключения договора с Кромвелем.