Кроме тяги к личному обогащению и злоупотреблений чекистским мандатом, сотрудников ЧК еще могла сгубить тогда внутрипартийная фронда или неспособность наладить нормальный контакт с местными партийными органами, когда тем удавалось нажаловаться в Москву по партийной линии.

Так присланный из Москвы новый начальник ЧК на Южном фронте Генрих Бруно снял с поста начальника чекистских особистов на этом фронте опытного члена РСДРП Евгения Трифонова (дядю знаменитого писателя Юрия Трифонова) и многих его подчиненных по причине утраты к ним доверия после многочисленных жалоб. Сам начальник Особого отдела ВЧК Михаил Кедров дошел до ЦК и Совнаркома, требуя снять с поста начальника особистов того же Южного фронта известного ранее левого эсера Колегаева, но Ленин приказал оставить перешедшего к большевикам эсера-чекиста в покое.

Сам Михаил Кедров еще в 1918 году создавал первую ЧК в Архангельске и массовыми репрессиями настроил против себя Архангельский губернский комитет партии, но Ленин старого соратника по партии в обиду не дал, поскольку Кедров был старым большевиком и в любой момент мог получить аудиенцию у Ленина. Вскоре Кедров пошел в ВЧК на повышение, возглавив весь Особый отдел по работе ЧК в войсках Красной армии. В 1920 году он уже на посту главы Особого отдела ВЧК опять выезжал в Архангельск для зачистки его после ухода в эмиграцию белой армии Миллера. Здесь в руководстве Кедровым расстрелами оставшихся офицеров и «буржуев», затоплением сотен их живыми на баржах в Белом море активно помогала его жена и тоже сотрудница ЧК Ревекка Майзель (Пластинина) – бывшая скромная фельдшерица из Твери собственноручно расстреляла в Архангельске почти сотню человек.

Иногда такие жалобы партийцев с мест все же приводили к снятиям с должности вступивших с ними в противоборство чекистов. Так московская комиссия разбирала дошедшее до вооруженных угроз столкновение начальника ЧК на Кавказском фронте Карла Грасиса и губкома партии Астраханской губернии. Бравый латыш-чекист Грасис упорствовал в этом споре, в котором его поддерживала Астраханская ЧК, грозился арестовать главных астраханских партийцев и вставшую на их сторону прибывшую из Москвы уполномоченную ВЧК Евгению Бош. Дошло до того, что астраханские большевики с санкции Бош сами арестовали внезапно Грасиса и ряд его подчиненных в ЧК фронта, редкий случай в рядах большевистской власти тех лет. Судьбу Грасиса решали в итоге в Москве, а вот ряд руководящих товарищей из Астраханской ЧК в начале 1919 года по приговору суда все же расстреляли за явные злоупотребления и открытый бандитизм. Узнав об астраханском инциденте, Ленин и Свердлов в январе 1919 года отбили в Астрахань телеграмму о недопустимости таких разладов между партийными органами и ЧК на местах. Прибывшая в Астрахань новая комиссия (от ЦК партии ее возглавлял Радус-Зенкович, а от коллегии ВЧК Мороз, отвечавший за работу ЧК в провинции) Грасиса освободила от ареста, но должности лишила и отправила в Москву. Зато после Грасиса возглавлять ЧК в Астрахани приехал печально известный Атарбеков, который вскоре зальет город кровью.

Похожая история и с комиссией Ландера, когда член коллегии ВЧК и позднее нарком Госконтроля в правительстве Ленина Карл Ландер был назначен Дзержинским уполномоченным ЧК по всему Северному Кавказу и Закавказью, проводя летом 1920 года проверку работы местных губернских ЧК. Доклад Ландера, нашедшего в работе кавказских отделов ЧК массу нарушений и временами приходящего просто в ужас от творимого сотоварищами произвола, сохранился в архивах и дошел до нас. Так положение дел в Дербентской ЧК в нынешнем Дагестане Ландер аттестовал просто как «мерзость запустения», предложив незамедлительно снять ее руководство. Заменила комиссия Ландера и начальника недавно образованной Азербайджанской ЧК, ее руководителя Бабу Алиева сняли за то, что он, по мнению Ландера, оказался «совершенно незнаком с работой, а лично крайне уступчив и мягок», вместо него во главе ЧК Азербайджана был поставлен грузин Кавтарадзе, которого вскоре сменил известный здесь Мирджафар Багиров – при Сталине глава Азербайджанской ССР.

Здесь же Ландер пишет о хаосе и бессмысленных жестокостях Пятигорской ЧК, после того как здесь в августе 1920 года враги убили начальника ЧК Пятигорска Петра Зенцова. Он вместе с комендантом Пятигорска Лапиным убит неизвестными из засады во время поездки за город в своем автомобиле. По словам Ландера, по этому делу в Пятигорске и Минводах чекисты людей арестовывали сотнями и расстреляли более 200 из них без особых улик, среди коих Ландер считал многих к убийству Зенцова вообще непричастными. То есть речь шла о рецидиве практики массового заложничества из официального «красного террора», к которой в ярости от убийства своего начальника прибегли пятигорские чекисты. При этом Ландер еще и сообщил, что реальными убийцами Зенцова могли быть сами сотрудники Пятигорской ЧК, уволенные им незадолго до своей смерти.

В целом же, отмечая некоторые неоспоримые успехи местных кавказских ЧК в оперативном плане, Ландер нашел положение дел во многом запущенным. Вину за утрату частью чекистов Северного Кавказа дисциплины, утерю понимания с местным партийным руководством и практику массовых расстрелов по любому поводу Карл Ландер в отчете Дзержинскому открыто возлагал на своего предшественника в роли главного уполномоченного ВЧК по Кавказу Георгия Атарбекова, ему Ландер посвятил в отчете такие строки: «Атарбеков сделался в своем роде маньяком, человеком с болезненной волей и самолюбием». Так даже многие соратники по ЧК относились к Атарбекову, любившему практиковать массовые жертвоприношения заложников еще с 1918 года и самому собственноручно резать обреченных кавказским кинжалом. Это, впрочем, тоже не помешало Атарбекову взлететь еще выше на чекистском олимпе, его карьеру на должности наркома связи Закавказской республики в 1925 году прервала гибель в упавшем самолете вместе с главой большевиков Закавказья Мясниковым.

Хотя столкновения партийных губкомов и начальников губернских ЧК случались в те годы в разных уголках страны, платили за них хотя бы лишением должности, как Карлсонс, Граcис или Алиев, немногие из чекистов. Очень часто партийный комитет РКП(б) оказывался бессилен в борьбе с получившими огромные полномочия провинциальными чекистами. Так ничем закончилась борьба Вятского губкома РКП(б) с совершенно «отвязавшимися» вятскими чекистами в 1918 году. Когда специальный «летучий отряд» ЧК во главе с Журбой практиковал бесконечные бессудные аресты с расстрелами и ограблением своих жертв, а сам лихой чекист Журба не только лично расстреливал обреченных в подвалах, но и за подношения родственников кое-кого освобождал. Сам Журба местным партийным начальникам отказался подчиняться, объявив им, что над ним один начальник – Ленин в Кремле. Поскольку Ленин лично Журбу не знал и приказа ему окоротить свой революционный пыл не давал, «летучий отряд» продолжал бесчинствовать в Вятской губернии до конца 1918 года, а местному губкому партии так и не удалось после долгой переписки с ЦК и Совнаркомом свалить обнаглевшего Журбу. Собрат Журбы по красному террору на Дону по фамилии Гадзиев на такие протесты отвечал еще круче: «Я здесь сам Ленин, я – партия, я – съезд, я – закон!»

К преступившим законность чекистам, если в их действиях не было явной измены и вызова советской власти, в 1918–1922 годах часто относились в стенах их собственного ведомства снисходительно и с неким пониманием. Например, сотрудник Украинской ЧК Захаров за злоупотребление властью и «дискредитацию звания чекиста» осужден только на шесть месяцев заключения с запретом возврата в органы ЧК, учли его молодость и прежние заслуги на Гражданской войне. И тут же по личному указанию Дзержинского Захарова вообще освободили от отбывания наказания, подтвердив только запрет вернуться в чекисты, сам Феликс Эдмундович попросил Захарова уведомить его о нахождении нового места работы и пожелал трудом искупить свою вину перед партией. В 1921 году тоже лично Дзержинский ходатайствует в ЦК партии о смягчении участи арестованного за превышение полномочий сотрудника ВЧК Гадло, который запугивал чекистским мандатом в личных целях сотрудников Наркомата транспорта, поскольку, по мнению Дзержинского, «Гадло работает в ВЧК с 1918 года, он преданный делу товарищ, но, к сожалению, превысил свою власть и жаль, что сам он не осознает этого до сих пор». Дзержинский часто вставал в таких случаях на защиту своих сотрудников. Когда до ЦК дошло известие о злоупотреблении властью начальника внутренней тюрьмы ВЧК на Лубянке Дукиса, выразившемся в избиении заключенных, Дзержинский горой встал за главного тюремщика ВЧК: «Это не политические, а уголовная шпана, они устроили из тюрьмы «кошачий концерт» на весь ближайший квартал, и я дал приказ принять все меры к прекращению безобразия, потому что тюрьма есть тюрьма. Расследовать жалобу нужно, но я Дукиса знаю, он преданный член партии, а не прирожденный тюремщик!» Таким образом угроза от Дукиса была отведена, он все 20-е годы командовал внутренней тюрьмой ВЧК – ГПУ, вызывая ненависть многих заключенных своей жестокостью, это он таскал певших революционные песни девушек-эсерок за волосы по тюремному коридору, у Солженицына в «Архипелаге ГУЛАГ» этот латыш-чекист несколько раз поминается таким образом в воспоминаниях бывших зэков.