Как и многие из них, Петерс пришел в ЧК уже с опытом подпольной работы среди социал-демократов Латвии и даже террористической работы. В 1911 году, скрываясь после бурных событий 1905 года в Лондоне, он стал участником знаменитого «инцидента в Хаунсдиче», где латышские социалисты устроили для нужд революции экспроприацию ювелирной лавки и перестрелку с полицией. Эту группу возглавлял двоюродный брат Петерса Фриц Думниекс, убитый здесь же, в Лондоне, в перестрелке с британскими полицейскими. Думниекс (в Великобритании он жил и был похоронен по подложному паспорту на фамилию Сваарс) не был большевиком, он возглавлял анархистскую террористическую группу латышей Лиесма в эмиграции. Именно Думниекс с соратниками по Лиесме Вателем и Малером устроил налет на лавку лондонского ювелира. А после окружения полицией их логова на Сидней-стрит они более двух часов вели бой с британскими полицейскими и подошедшими к ним на помощь шотландскими стрелками гвардии, пока от пуль полиции в дыму подожженного дома Думниекс и Ватель не погибли. Сам кузен лихого анархо-террориста Яков Петерс впрямую в налете и этом знаменитом бою с полицией в Лондоне не участвовал, но он был арестован как соучастник террористической деятельности Думниекса в числе других латышских политэмигрантов в Англии. Участие в партии большевиков не мешало Петерсу сотрудничать с группировкой анархистов двоюродного брата, как и быть связным латышских социал-демократов с ирландскими боевиками молодой еще тогда ИРА и ее политического крыла Шинн-Фейн в Лондоне.

Петерс после недолгого заключения был английской Фемидой помилован и вернулся в Россию, расставшись перед отъездом со своей английской женой Мэй Фримэн. Здесь в 1917 году он и получил должность зампреда ВЧК. По его собственным воспоминаниям, 7 декабря 1917 года они с Дзержинским сидели в полупустом доме бывшего питерского градоначальника на Гороховой улице, и с ними было всего 23 человека, вся канцелярия будущей ЧК была еще в тоненькой папке Дзержинского, а вся касса молодой спецслужбы – в кармане шинели Петерса. Они думали, с чего начать строительство первой советской госбезопасности, как полагали – временного и необходимого лишь на первых порах органа, оказалось – будущего монстра-спецслужбы почти с вековой историей, и кого-то из них этот монстр съест через двадцать лет. А Ленин называл Дзержинского Робеспьером российской революции, прося Петерса быть при нем искренне-восторженным Сен-Жюстом. Петерс действительно по типажу похож на вдохновителя якобинского террора Французской революции Сен-Жюста.

Эти двое тогда действительно сливались в один тандем и во многом были похожи, всю историю ВЧК в 1917–1922 годах они возглавляли эту службу. Только с 1920 года Петерс несколько отходит на второй план после споров с Дзержинским, его на посту первого зама председателя ВЧК заменяют на гораздо менее фанатичного Иосифа Уншлихта и затем направляют с понижением руководить ЧК в Туркестанском крае. За эти несколько бурных лет, когда каждый год по насыщенности его событиями шел за десяток иных мирных, состав коллегии, руководящей всероссийской ЧК, сменился несколько раз, там побывало свыше четырех десятков чекистов. И только три человека состояли членами всех составов коллегии ВЧК: Дзержинский и два его ближайших заместителя Петерс с Ксенофонтовым. Остальные главные руководители первого поколения чекистов в разные годы то появлялись в коллегии, то выбывали из нее в связи с отправкой их на усиление ЧК на фронты Гражданской или на другую партийную работу: Аверин, Манцев, Лацис, Полукаров, Фомин, Пузырев, Яковлева, Кедров, Аванесов, Уралов, Пульяновский, Медведь, Менжинский, Эйдук, Корнев, Ягода, Мессинг, Чугурин, Ковылкин, Жиделев и др. И только эти трое всегда на месте и у руля ЧК, как в Древнем Риме его республиканского периода им управляли тройки «триумвиров». Хотя в чекистском триумвирате, в отличие от древнеримского, Дзержинский по своему месту все же был почти императором, а Петерс с Ксенофонтовым – верными проконсулами при нем. Самим же им, безусловно, ленинское сравнение с Робеспьером и Сен-Жюстом понравилось бы больше. И если Дзержинский с Ксенофонтовым не повторили в точности пути Робеспьера, умерев своей смертью в один, 1926 год, то Петерс, которому Железный Феликс перед смертью завещал хранить в органах госбезопасности дух той первой ЧК, путь Сен-Жюста прошел до конца, сам в итоге став жертвой им же запускаемой машины чекистского террора. Сталин, на людях подчеркивая свое неизменное уважение к Петерсу, именуя его пафосно «последним романтиком революции», постепенно убрал Петерса из госбезопасности, а затем и его в свой час отправил на заклание. Бывшие коллеги по ЧК, именуемой теперь НКВД, пришли в 1938 году к советскому Сен-Жюсту домой, раздавив при обыске ногами его ордена, и увезли в подвалы так знакомой ему Лубянки, где в апреле этого года Яков Петерс был расстрелян.

Официальный «красный террор» длился с 1918 по 1920 год, всю самую активную фазу Гражданской войны в России. Осенью 1918 года по обеим российским столицам и по провинции прокатилась лишь первая массовая его волна, уничтожавшая по расстрельным спискам заложников из числа бывших царских чиновников, офицеров, священников, не принимавшую новую власть интеллигенцию и множество зачастую случайных людей, попавших при чекистских облавах в жернова этой кровавой мельницы. Здесь становилось все меньше логики, зачастую выбор жертв уже зависел от подхода местных чекистов конкретной губернии, например считать ли «контрой» студентов и гимназисток либо ограничиться только бывшими офицерами и полицейскими.

Когда затем советская литература, признавая сквозь зубы отдельные «эксцессы» в те годы, пыталась бессудные казни ЧК тех лет в конкретных случаях оправдать некоей прошлой виной убитого перед народом, это вызывало недоумение. Почему-то считалось, например, что старого царского генерала Ренненкампфа чекисты в 1918 году разыскали в Таганроге и казнили в качестве кары за подавление революции 1905 года в Сибири и за военные ошибки на фронте Первой мировой войны, приведшие к гибели армии генерала Самсонова. Хотя совершенно ясно, что убившим Ренненкампфа чекистам было наплевать на участь армии Самсонова в 1915 году и на степень вины в этом самого Ренненкампфа, еще и значительно преувеличенную задним числом советской историей. Они также и самого Самсонова расстреляли бы как «сатрапа царской армии», доживи он до революции и попадись в руки людей в кожанках. К тому же Ренненкампфу перед его казнью было сделано предложение «загладить свою вину» службой в Красной армии, от которого тот отказался и сразу был расстрелян. Одно это уже отметает удобную патриотическую версию о том, что чекисты этой расправой мстили за позор российской армии 1915 года. К тому же благородный и стоивший ему смерти отказ старого генерала по-другому заставляет взглянуть на его личность, запачканную еще до революции слухами и подозрениями в его адрес.

Да и одновременно с Ренненкампфом здесь же, на юге России, массово расстреливали множество бывших офицеров, никаким уже образом не причастных ни к подавлению волнений 1905 года, ни к штабным просчетам Первой мировой. Среди массы заложников «красного террора», свезенных в Пятигорск и здесь убитых ЧК, был и генерал Рузский, приветствовавший низвержение царя в феврале 1917 года и даже лично склонявший Николая II к отречению в пользу власти «временных». Одного из самых известных царских генералов Первой мировой войны Рузского, отнюдь не бывшего ярым монархистом и слывшего в армейских кругах либералом, даже не расстреляли в этой пятигорской бойне. Его лично заколол кинжалом глава Северо-Кавказской ЧК Георгий Атарбеков – один из самых кровавых чекистских руководителей тех лет, чьи методы у многих даже в самой ВЧК вызывали недоумение и отвращение.