В ответ Сталин жестко показал, что принципы демократии и свободного волеизъявления для него пустые слова. Факт игнорирования ЕГО требований был представлен "контр-революционной вылазкой недобитков". В газетах появились статьи, что академиков надо призвать к порядку, а может быть даже вообще закрыть это академическое сообщество (8). В "Ленинградской правде" была напечатана резолюция, принятая рабочими Балтийского завода (уж, они-то, конечно, знали лучше всех, как нужно обходиться с "господами интеллигентиками"):

А рабочие фабрики "Красный треугольник" были еще решительнее:

После консультаций в Смольном академикам подсказали выход: они должны "поступиться своими амбициями", то есть нарушить собственные, установленные десятилетиями правила, и испросить разрешения на проведение не предусмотренного Уставом Академии (то есть совершенно незаконного) третьего раунда голосования.

Членам Президима Академии не оставалось ничего иного, как пойти на унижение, оповестить всех академиков (их в тот момент в составе академии было 78) о проведении 17 января экстраординарного общего собрания, на котором будут внесены временные изменения в устав академии, что позволило бы проголосовать за принятие обращения к руководству страны о выдаче разрешении на осуществление третьего тура по избранию в академию. Многие академики предпочли проигнорировать обращение и на собрание не явились. Всего удалось собрать 41 академика. Из них за принятие такого решения проголосовало лишь 29 членов академии, 9 были против и среди них Нобелевский лауреат И. П. Павлов, открыто выступивший с протестом против дополнительного голосования и с резким осуждением "продавливания" властями большевиков без достаточных научных достижений в члены независимого сообщества ученых России. Но члены президиума оставили без внимания протест Павлова и раздали бюллетени собравшимся. Они не хотели навлекать на АН дальнейшие неприятности. Было объявлено, что по результатам голосования члены академии выдали мандат на обращение к властям страны. Павлов после оглашения решения покинул заседание, заявив, что это нечестное решение, ибо по уставу полагается собрать голоса двух третей списочного состава академиков. Больше до конца жизни он собраний АН не посещал.

Делегация академии, которая включала виднейших российских ученых Ольденбурга, Марра, Платонова, Ферсмана, Тарле, Крылова и Комарова отправилась в Москву, сначала на прием в ЦК партии. Но теперь большевистские начальники решили поиграть нервами членов Президиума: в отделе ЦК партии было заявлено, что получить разрешение нарушить свой же Устав Академия должна не в ЦК (там, дескать, такие вопросы не решают). Нужно идти в Совет Народных Комиссаров). В кабинете председателя правительства А. И. Рыкова 5 февраля было собрано заседание СНК, на котором из уст одного из членов правительства — председателя ВСНХ и члена Политбюро ЦК ВКП(б) Валериана Куйбышева академики услышали, что правительство теперь будет действовать против АН СССР "огнем и мечом" (11) и что вообще верхи рассматривают вопрос о том, а не прикрыть ли российскую академию наук совсем. Говорильня все-таки закончилась милостивым разрешением провести третий раунд, и 13 февраля 1929 года 54 из 78 академиков собрались, чтобы участвовать в этом раунде (голосование оставалось тайным). Подсчет голосов дал следующий результат: бюллетеней против было подано два или три, некоторые из них остались незаполненными, но счетная комиссия приняла довольно странное решение: все такие бюллетени (обычно считающиеся испорченными) было решено засчитать за избрание, и было объявлено, что все три предложенных Сталиным и Политбюро большевиков прошли в высшее научное сообщество (12).

Избранный теперь с таким трудом в члены АН СССР М. Покровский, много раз пытавшийся ранее прибрать к рукам АН СССР и присоединить её к его в значительной степени шутовской Социалистической Академии, начал попытки развалить АН СССР изнутри. Через два месяца после избрания он заявил (в апреле 1929 года), что "период мирного сожительства с наукой буржуазной изжит до конца" и что "фетишизм по отношению к буржуазным ученым должен быть отброшен" (13). Он предложил отобрать все деньги у академии и раздать их научившимся читать рабфаковцам, тысячами выпускавшимся теперь каждый год с липовыми дипломами о высшем образовании.

Следующей волной унижения академических ученых стала кампания по "административной чистке советского государственного аппарата", начатая в июле того же 1929 года. Цель чистки сводилась к тому, чтобы уволить из советских учреждений бывших дворян и членов их семей, убрать "нежелательные" элементы из чиновников бывшего царского аппарата власти, всех, кто был замечен в нелояльности к новым порядкам или руководителям.

"Чистка" заключалась в следующем. Во всех организациях под контролем представителей ГПУ проводили общие собрания коллективов (от уборщиц, истопников и вахтеров до начальства). На на сцену вызывали одного за другим руководителей и главных сотрудников и начинали их опрашивать, основываясь на собранных "органами ГПУ" агентурных данных о предыдущей жизни и поведении (люди из зала могли выкрикивать всё, что им взбредет в голову, вплоть до оскорблений личного порядка; счеты сводили, что называется, "по чёрному"). Опрашивающие решали, нет ли среди проходящих "чистку" явных или скрытых врагов советской власти и выносили решение о том, прошел ли успешно "чистку" сотрудник или его нужно уволить с работы. Тем самым процесс был превращен в публичные измывательства с оскорблениями и поношениями тех, кого власти считали "нежелательными элементами" и кого они намеревались "распять на позорных столбах" прилюдно, чтобы затем от них избавиться якобы по решению "коллективов". Вся процедура чаще всего была унизительной и мерзкой по сути и по форме. Было немало случаев, когда у невинных, но впечатлительных людей не выдерживало сердце. После увольнения с работы устроиться на новую было почти невозможно, и маячила перспектива оказаться на грани гибели от голода. Специальное министерство — Наркомат рабоче-крестьянской инспекции — одно время возглавлявшийся самим Сталиным, был привлечен к проведению таких чисток. Чаще всего опросы проводили секретные сотрудники ГПУ, для прикрытия внедренные в этот наркомат.

Исследователь мельчайших деталей расправы с Академией наук СССР под видом чистки Феликс Ф. Перченок (1931–1993) провел скрупулезное исследование архивных материалов, сохранивших как подоплеку всего дела, так и детали произошедшего (12). Важные сведения содержатся также в статьях А. Е. Левина (14).

Итак, для осуществления кампании по "административной чистке сотрудников АН в июле 1929 года в ЦК партии была учреждена "Комиссия по "чистке" аппарата Академии наук" и откомандирована в Ленинград, где Академия базировалась.

Её руководителем был утвержден Юрий Петрович Фигатнер, уроженец Одессы, выходец из полу-рабочей семьи. В начале своей карьеры в Одессе он трудился слесарем, затем включился в начале 20 века в революционную активность, в 1906 году эмигрировал в Европу, в 1909 г. под руководством Ленина осваивал марксизм в кружке Ленина в Париже, в 1917 г. служил видным большевистским начальником в Москве, затем в Кисловодске, на Кавказе и в Сибири, был делегатом нескольких съездов партии большевиков, занимал видные должности в Москве. Он никогда не афишировал свои связи с ЧК и ОГПУ, но работал в непосредственным контакте с ней, будучи одно время начальником Главинспекции ВСНХ. Вместе с ним в Ленинград приехали два члена Комиссии, официально и открыто занимавшие высокие должности в ОГПУ — А. А. Мосевич и А. Р. Стромин.