Органы ГПУ тем временем продолжали аресты, в заключении оказались многие сотрудники Академии. Их обвинили в заговоре против советской власти и создании мифического "Всенародного Союза борьбы за возрождение свободной России".

Все обвинения от начала до конца были чистой фальсификацией, сфабрикованной в казематах ГПУ, где следователи принуждали тех, кто был арестован по библиотечным делам, оговаривать себя и сознаваться в том, что они были якобы вовлечены в подпольную работу по восстановлению царского трона в СССР. Невинным исследователям присуждали тюремные сроки. Счет осужденным российским ученым шел уже на сотни. 8 августа 1931 г. Коллегия ОГПУ вынесла очередные приговоры.

Над Академией наук действительно нависла смертельная тень. Её руководитель, выдающийся историк академик Сергей Ф. Ольденбург (1863–1934) был по предложению, подписанному А. И. Рыовым 30 октября 1929 года, снят с поста Непременного Секретаря Академии. Размах задержаний ученых был невероятно широк. К концу 1929 года по "Делу Академии наук" были арестованы 1729 сотрудников бывшей Российской Академии наук. Среди них были заместитель директора Библиотеки АН профессор С. В. Рождественский, академики С. Ф. Платонов, Н. П. Лихачев, М. К. Любавский и Е. В. Тарле, члены-корреспонденты С. В. Рождественский, В. Н. Бенешевич, С. К. Богоявленский, С. Б. Веселовский, Д. Н. Егоров, Ю. В. Готье, А. И. Яковлев, А. А. Бялыницкий-Бируля, Ф. А. Розенберг, академик Белорусской АН В. И. Пичета, профессора МГУ и ЛГУ С. В. Бахрушин, Б. Д. Греков, Л. В. Черепнин и А. Н. Криштофович и другие. Академики Платонов, Тарле, Лихачев и Любавский 2 февраля 1931 года были исключены из Академии наук. Егоров, Платонов и Рождественский в ссылке умерли, Дружинин пропал без вести сразу после того, как ему объявили, что срок высылки закончен, Бенешевич был повторно арестован в 1937 году и годом позже расстрелян. К началу декабря 1930 года из 960 штатных сотрудников АН комиссия Фигатнера уволила 128, из 830 сверхштатных — 520 человек. С видимым удовлетворением Фигатнер рапортовал в Москву 13 декабря 1929 года: "на сегодняшний день Академии наук в прежнем виде не существует" (18). В тот же день он писал в "Красной газете": "Случайно или намеренно скрывались документы от советской власти — это комиссия проверяет. Но факты налицо. Их не опровергнуть" ("Красная газета", 13 ноября 1929 г.). Через три дня уже в "Известиях" утверждалось, что Академия Наук Союза "обманула оказанное ей доверие", подошла к той черте, за которой начинаются "прямые преступления против Советской власти" (19).

Однако Сталина не оставляла надежда полностью прикрыть Академию наук. Вряд ли можно предположить, что без предварительного его одобрения Покровский попытался в 1930 году распространить власть подвластной ему Социалистической академии над всей советской наукой, включая Академию наук СССР, которую он хотел подчинить себе. Соответствующее постановление было подготовлено, но закрыть Академию наук Сталин все-таки побоялся (стране были нужны теоертические разработки, которые только и давали возможность развивать промышленность, военные производства, сельское хозяйство, медицину и все другие важные отрасли народного хозяйства). Однако с 1931 года все ИКП и все гуманитарные институты были фактически поставлены под контроль Соцакадемии. Поскольку в последней существовали и естественно-научные исследовательские институты, для лучшего присмотра они были переданы под команду "Ассоциации Естественных наук Соцакадемии". Однако после смерти Покровского в 1932 году этот контроль было решено приостановить.

Большевистские лидеры не видели для себя иного пути, как наращивать состояние истерии в обществе, раздувать политическую напряженность, расширять поиск внутренних и внешних врагов. Вот еще один пример. Специальная сессия Общества марксистов-статистиков, созванная 12 ноября 1930 года, была посвящена теме "Теория статистики и планы по вредительству в стране". Выступивший на ней член Коллегии Центрального Статистического Управления Б. С. Ястремский клеймил незадолго до этого арестованного Дмитрия Федоровича Егорова — крупнейшего российского математика, директора Института математики и механики МГУ, профессора, почетного члена АН СССР, президента Московского математического общества (учителя таких выдающихся ученых как академики Н. Н. Лузин, П. С. Александров, И. Г. Петровский. А. Н. Колмогоров, член-корреспондент И. И. Привалов и других):

Ястремский призвал ученых помочь органам безопасности выискивать врагов в их среде: "ГПУ верной рукой вылавливает вредителей… Нам нужно идти на помощь этому верному стражу революции. Нужно выявлять вредителей, которые ради якобы свободы мысли против "стандартизации" мышления ведут свою якобы идейную борьбу. Этих вредителей надо вылавливать, и мы в этом отношении должны помочь ОГПУ" (21).

Арестами огромного числа ведущих ученых в Ленинграде репрессии против представителей науки не остановились. Расправы с учеными переместились сначала в Москву, а затем и в другие города. Действовали пресловутые "Тройки" обвинителей, причем их заседания были перенесены в военную Прокуратуру, где условия секретности были повышены. Для заслушивания обстоятельств дела и вынесения приговора "тройке" требовалось примерно по три минуты на каждого подследственного. Очередые вердикты были вынесены 10 февраля 1931 года. К расстрелу был приговорен П. В. Виттенбург, которому сразу же заменили высшую меру наказания на 10 лет лагерей, те же 10 лет лагерей получили С. К. Богоявленский, В. А. Бутенко, П. Г. Васенко, Ф. А. Мартинсон, Ф. И. Покровский, М. Д. Приселков, Н. А. Пыпин, С. П. Розанов, С. И. Тхоржевский, М. А. Шангин, Э. Э. Шольц, Б. М. Энгельгардт и еще несколько человек. Многим арестованным присудили от 3 до 8 лет лагерного режима.

В целом, инкриминируемые арестованным ученым преступления ничем не были доказаны. Архивистам и историкам, всю жизнь имевшим дело со старинными фолиантами и бумагами, приписали участие в делах им явно несвойственных. Всё от начала до конца было построено на фальсификациях сысковиков, и, несмотря на пафос выспренних словесных формулировок и кажущуюся серьезность, весь состав обвинений, выдвинутых прокурорами, был нелепым. Советские инквизиторы приписали тишайшим ученым участие в создании "специальных военных организаций", планирование "походов интервентов", работу "в целях моральной подготовки интервенции" и прочие леденящие кровь "контрреволюционные" акции. Вместо серьезных криминалистических доказательств в ход шли наборы страшилок, стереотипно кочевавших из дела в дело. Вот отрывки из главного заключительного коммюнике гэпэушников: