Чтобы обеспечить устремленность исследований в практику, было решено вовлечь тех, кто был лоялен по отношению к власти, во Всесоюзную ассоциацию работников науки и техники для содействия социалистическому строительству в СССР (ВАРНИТСО). В руководство этой Ассоциацией были введены А. И. Абрикосов, А. Н. Бах, Б. И. Збарский, И. С. Курнаков, А. И. Опарин и другие. Положение о правах и обязанностях ВАРНИТСО было подготовлено в ноябре 1927 года, и правительство страны (Совнарком) утвердило его 13 февраля 1928 года. Главная задача Ассоциации была очерчена без всякого умолчания или завуалированных уверток как "борьба с профессурой старого толка". В феврале 1929 года в журнале ВАРНИТСО руководители Ассоциации, используя термины политического сленга, назвали Академию наук СССР "реальным врагом советского строя". Эту статью немедленно перепечатали в "Правде" и "Известиях". В ней было сказано:

Заключение статьи было ошеломляющим: гнать из научных учреждений "верхушечную интеллигенцию", то есть лучших профессоров "старого режима".

Нетерпимое отношение большевиков во главе со Сталиным к образованным специалистам науки и техники открыто проявилось в мае-июне 1928 года, когда в Москве прошел исключительно широко разрекламированный "Шахтинский процесс" по обвинению большой группы руководителей и специалистов угольной промышленности во вредительстве и саботаже (спустя годы было установлено, что весь он был основан на фальсификациях). Заседания суда проходили в Москве в Доме Союзов (бывшем Дворянском благородном собрании) и деятельность подсудимых была квалифицирована как "Дело об экономической контрреволюции в Донбассе". Обвиняемые якобы намеренно выводили из строя оборудование и шахты в целом, а также учредили подпольную организации вредителей, связанных с зарубежными антисоветскими центрами по всему миру.

Вскоре Сталин расширил эту истерию вокруг образованных специалистов, объявив, что они действуют не только в угольной промышленности, но и вообще в инженерных организациях, в областях экономики, сельскохозяйственных дисциплинах, педагогике и истории. Снова (в 1928–1929 годах) многие были помещены заключены под арест, а затем обвинены в создании мифических "Союзного Бюро РСДРП" и "Трудовой Крестьянской Партии". Такие выдающиеся ученые как А. В. и С. К. Чаяновы, Н. Д. Кондратьев, Н. Н. Леонтьев, Я. П. Герчик, А. Н. Вайнштейн, В. А. Ревякин, Г. С. Кустарев, В. Е. Шпринк, Н. И. Журкович, И. Н. Озеров, Н. С. Четвериков, В. И. Сазонов и другие получили лагерные сроки. Среди "вредителей", которые уже оказались под арестом, были известный эксперты в политэкономии Исаак И. Рубин (расстрелян в 1937 г.) и эстетике Валериан Ф. Переверзев.

В тот момент (шел 1928-й год) наступило время выбора новых членов АН СССР на вакантные места, остававшиеся незанятыми со времен Октябрьского переворота и Гражданской войны. Процесс выборов всегда был внутренним делом академиков и рассматривался наиболее ценимым обществом признанием научных заслуг кандидатов в действительные члены и в члены-корреспонденты. Однако Сталин решил, что в Академию необходимо продвинуть не тех ученых, чьи научные заслуги были весомее в глазах академической общественности, а тех, кто ближе большевикам по своим убеждениям и поступкам. Для этого была избрана процедура, никогда ранее не применявшаяся. Комиссия по наблюдению за деятельностью АН СССР предварительно подготовила список рекомендованных к избранию ученых, причем научные заслуги одобряемых даже не упоминались, во внимание была принята лишь одна характеристика: как кандидаты относятся к партии большевиков и как они взаимодействуют с партийными органами. На заседании Политбюро 23 марта 1928 года (в присутствии Сталина) большевистские руководители рассмотрели список кандидатов и утвердили тех, кого они предписывали избрать в ходе новых выборах:

31 марта 1928 года управляющий делами Совнаркома Н. П. Горбунов, возглавлявший в тот момент Комиссию ЦК ВКП(б) по наблюдению за деятельностью Академии, вызвал из Ленинграда одного из руководителей Академии, её Непременного Секретаря академика С. Ф. Ольденбурга и заявил, что "Москва желает видеть избранниками Бухарина, Покровского, Рязанова, Кржижановского, Баха, Деборина и других коммунистов". Горбунов передал Ольденбургу список кандидатов, одобренных Политбюро к избранию в Академию, и потребовал принятия мер, которые бы обеспечили проведение в жизнь решения Политбюро (5). Он в ультимативном тоне приказал, чтобы Д. Н. Халтурин, руководивший аппаратом Президиума Академии, был смещен со своего поста и заменен партийцем (6).

Ольденбург в расстроенных чувствах вернулся в Ленинград, чтобы обсудить с коллегами ситуацию, отлично понимая, что научные достижения большинства персон в списке Политбюро не могли привлечь на свою сторону голоса членов Академии. По уставу выборы были тайными, и заставить академиков голосовать против их воли никто не мог.

Двумя месяцами позже, 6 июня, Ольденбурга снова вызвали в Москву и теперь уже заведующий Отделом научных учреждений Совнаркома Е. П. Воронов повторил прежнее требование: "Правительство десять лет ждало и дало много авансов, но на одиннадцатом году оно поступит с Академией наук по-своему. Академия наук не сумела понять и занять то положение, которое она должна занять в советском государстве" (7).

Автономии и суверенитету ученого сообщества явно хотели положить конец. Однако при тайном голосовании 12 января 1929 года большинство академиков не согласилось с диктатом. В первом раунде все большевики из первой группы "рекомендованных" не набрали нужного для прохождения количества голосов. По уставу можно было провести повторное голосование. Перед ним эмиссары Политбюро стали уговаривать по одному наиболее податливых академиков проголосовать так, как хочет Сталин. Это помогло лишь отчасти: Бухарин, Покровский, Рязанов, Кржижановский и Губкин одним голосом "за" перешли "барьер" и стали академиками, но философ А. М. Деборин, историк Н. М. Лукин и литературовед В. М. Фриче, которых Сталин хотел видеть академиками, не прошли и на этот раз.