На основании этих чудовищных выдумок 10 мая 1931 года были расстреляны "участники военного заговора" В. Ф. Пузинский (по "сценарию" он был намечен руководить восстанием гвардейских офицеров и унтер-офицеров при приближении интервентов; какие такие интервенты готовились напасть на СССР в 1931 году, не упоминалось), П. И. Зиссерман, П. А. Купреянов и Ю. А. Вержбицкий. Остальные члены "военной секции", кроме Измайлова и Петрова, чьи приговоры были отложены, получили, как минимум, по 10 лет лагерей. Расстрелян был также А. С. Путилов, заведовавший ранее Архивом АН (по "сценарию" — кандидат Платонова на пост директора департамента полиции). Приговор о расстреле с заменой 10 годами лагерного срока был применен в отношении Г. С. Габаева, В. В. Гельмерсена, А. И. Заозерского, Я. Я. Майхровского, А. Ф. Малова, Б. Н. Моласа, Г. К. Пилкина, Г. П. Соколова, С. П. Шестерикова, священника Михаила Митроцкого, пристегнутого к делу ученых как близкого друга одного из академиков. По 10 лет лагерей получили С. С. Абрамович-Барановский, М. Д. Беляев, А. В. Бородин, Я. Н. Ростовцов и Г. Н. Соколовский. 8 августа 1931 г. Коллегия ГПУ вынесла очередные приговоры арестованным российским ученым. Счет осужденных приближался к двум тысячам.

Репрессиями против документоведов, архивистов, историков Царского Двора и тех, кто изучал документы департамента полиции, службы сыска и политического присмотра над настроениями интеллигенции во времена до октября 1917 года, дело не ограничилось. Власти установили в этот момент новые правила найма на работу ученых, распространявшиеся ранее только на режимных предприятиях. Если раньше, десятилетиями, вопросы приема на работу или увольнения ученых и профессоров высшей квалификации основывались на достижениях специалистов в их узкой области и признанных коллегами результатах, то теперь была разослана инструкция, согласно которой "Увольнение профессоров с занимаемых должностей должно производиться исключительно по решению Отделов кадров", в которые повсеместно были внедрены агенты органов госбезопасности. Как только эта инструкция была получена на местах, руководство Московского университета (ректором в то время был небезызвестный А. Я. Вышинский) уволило в 1930 году из числа профессоров МГУ крупнейшего ученого и прославленного педагога Н. К. Кольцова.

Без всякого объяснения причин 22 декабря 1932 года власти распорядились закрыть старинное Российское Металлографическое общество, пользовавшееся заслуженной репутацией среди ученых мира. Научный журнал, издававшийся обществом, был также запрещен (23). Та же участь постигла многие другие научные издания, начавшие свою работу еще в царское время и приобретшие за десятилетия высокую репутацию, а у ряда журналов пришлось изменить названия.

Проблемы администрирования научных учреждений оставались в поле внимания Сталина. Сначала в 1931 году все ИКП и все гуманитарные институты были поставлены под контроль Соцакадемии. Как уже упоминалось, поскольку в ней существовали и естественно-научные исследовательские институты, для лучшего присмотра они были переданы под команду "Ассоциации Естественных наук Соцакадемии". Однако после смерти Покровского в 1932 году этот контроль было решено приостановить. После его смерти Сталин понял, что наличие Социалистической Академии и Академии наук СССР создает трудности для полномасштабного контроля за ними. Проще было следить за действиями одной академии, и 8 февраля 1936 года Сталин распорядился закрыть Соцакадемию и передать все её институты в Академию наук СССР. Все институты красной профессуры были также ликвидированы, и их штаты были переданы или в АН СССР, или в различные университеты.

Власти отобрали часть зданий, использовавшихся учеными (несколькими годами позже своего здания в центре Москвы лишился Институт эксперименальной биологии Н. К. Кольцова, созданный до переворота 1917 года на деньги меценатов).

Административные гонения на ученых продолжились в 1933 году. Формальный президент страны (председатель Президиума Верховного Совета СССР) М. И. Калинин и председатель Президиума ВЦИК А. С. Енукидзе подписали распоряжение, по которому Академия наук СССР потеряла последние остатки независимости. Её подчинили непосредственно правительству, а 25 апреля 1934 года Молотов подписал новое распоряжение, согласно которому АН СССР переводили из Ленинграда в Москву "в целях дальнейшего приближения всей работы Академии наук к научному обслуживанию социалистического строительства". Скорее всего, это решение было внутренним распоряжением Сталина, спущенном вниз без оповещения других членов Политбюро ЦК ВКП(б). Об этом можно говорить на основании довольно примечательного факта. Руководитель лениградских большевиков и влиятельнейший член Политбюро Сергей М. Киров даже не подозревал о том, что грядет такое решение. Он узнал о нем из газет и срочно отправился в Москву к Сталину, чтобы добиться отмены решения, сильно ослаблявшего общесоюзную ценность Ленинграда, но ничего не смог сделать. Сталинское решение о переводе Академии в Москву было окончательным, и постановление Предсовмина Молотова требовало осуществить его стремительно: на весь переезд и освоение на новом месте было отведено всего два месяца. Это означало, что Сталину было важно "очистить" аппарат Президиума АН СССР и коллективы всех переводимых в Москву институтов от подавляюшего большинства прежних работников. В Москву должны были перевести лишь нескольких чиновников. Не могло быть и речи о том, чтобы обеспечить квартирами в Москве даже ведущих клерков и крупнейших исследователей. Академия должна была стать послушной сталинским предначертаниям (24).

Ничем иным как цинизмом можно объяснить то, что гонитель АН СССР Сталин был безропотно избран почетным членом академии. Произошло это в самом конце 1939 года.

Демонстрировавший подчиненность большевистским властям один из старейших по возрасту академиков биохимик А. Н. Бах согласился сыграть позорную роль. 22 декабря 1939 года члены АН СССР были собраны на эпохальный митинг. В Академии наук хранится документ, подписанный собравшимися: