Шефер хотел вновь заручиться поддержкой руководства СС, так как в работе с МИДом он оказался предоставлен сам себе. Прежде чем к нему пришли ответы от высокопоставленных эсэсовцев, Шефер направил возмущенное письмо в Персональный штаб рейхсфюрера СС Рудольфу Брандту, в котором он жаловался на недостаточный уровень поддержки его проекта со стороны СС. Так Шефер оказался втянутым во внутриполитические дрязги Третьего рейха. В его случае это были отголоски конфликта, который разгорелся еще в ноябре 1939 года. В своем письме Шефер требовал, чтобы рейхсфюрер СС оказал ему такую же поддержку, как и при организации экспедиции 1938–1939 годов. Не получив от германского МИДа обещанного финасирования, Шефер предлагал (а по сути требовал) Брандту альтернативу: либо Гиммлер срочно находил по своим каналам финансирование для экспедиции, либо ее подготовка велась в рамках исследовательского общества СС «Наследие предков», где куратором (научным руководителем) был молодой мюнхенский профессор Вальтер Вюст.

Брандт, одна из самых влиятельных, но вместе с тем не очень заметная фигура из окружения Гиммлера, ответил Шеферу по поручению рейхсфюрера СС, что тот «на всякий случай» должен был продолжать подготовку экспедиции. Для решения финансовых трудностей Гиммлер предполагал переговорить с имперским министром внутренних дел. Но эта встреча так и не состоялась.

Гиммлер послал личного адъютанта группенфюрера СС Карла Вольфа в МИД на Вильгельмштрассе. К великому сожалению эсэсовца, Риббентроп не мог дать ему никакой справки относительно состояния дел по тибетскому проекту. Единственное, что он смог ему предоставить, была информация, подготовленная Хабихтом. При встрече с Вольфом тот пытался опровергнуть все обвинения, выдвинутые Шефером в адрес МИДа. Он подтвердил, что действительно Шефер принимал участие в ряде переговоров, проходивших в здании на Вильгель-мштрассе. Но позже он прислал своих «сотрудников» Геера и Геслинга, которые потребовали по поручению Шефера от МИДа непозволительно высокую сумму — 2 миллиона рейхсмарок. Хабихт посчитал, что обвинения Шеффера в том, что Министерство иностранных дел сознательно тормозит подготовку к экспедиции, является прямым оскорблением.

После этого Вольф потребовал от Шефера составить справку о том, какие действия он предпринимал самовольно без консультаций с Гиммлером. По мнению адъютанта рейхсфюрера СС, исследователь Востока должен был составить несколько планов, предусматривающих различное финансирование. Более гибкая политика в финансовом вопросе позволила бы начать экспедицию в предельно короткие сроки. Непомерно высокие финансовые запросы Шефера привели к тому, что Риббентроп лично остановил подготовку к тибетской экспедиции. Также критике была подвергнута тактика действий Шефера, который оказался втянут в многочисленные интриги, что не одобрялось ни Вольфом, ни самим Гиммлером. Но при этом самому Вольфу надо было защищать честь мундира и всячески способствовать санкционированному рейхсфюрером СС тибетскому проекту. Вольф оказался в неловком положении. Он не намеревался портить не самые плохие отношения между СС и Министерством иностранных дел. В ходе разбирательства всплыло, что Кляйст в своих финансовых прогнозах оценивал стоимость экспедиции так же, как Шефер. В данной ситуации Вольф выразил лишь возмущенное удивление, почему между Риббентропом, Кляйстом и Хабихтом не был налажен надлежащий обмен информацией.

Частный случай, связанный с возможностью финансирования тибетской экспедиции Шефера, показывает, что Министерство иностранных дел не было заинтересовано в ее осуществлении. После провала афганских планов там вообще предпочли несколько дистанцироваться от восточных проектов. Казалось, вполне логичным сосредоточить все свои усилия на Тибете, но Риббентроп понимал, что Гитлер не изменил бы своей позиции. Дело было не только в высоких финансовых затратах, а в самом принципе сотрудничества с Советским Союзом. Фюрер решил, что подрывные действия в Азии весьма ухудшат отношения с Англией, с которой он еще не оставлял надежд заключить мир.

В данной ситуации сообщение Кляйста, пребывающего в Москве, выглядит как какое-то исключение. Он писал: «Учитывая напряженную ситуацию на северо-восточных границах Индии, операция в 1940 году может способствовать уменьшению контингента военного контингента англичан на Ближнем Востоке». Но это была сугубо внутренняя информация, которая не должна была быть предметом обсуждения сдругими германскими структурами и ведомствами.

Характеризуя ситуацию, в которой оказался Риббентроп, можно отметить, что, с одной стороны, он не Хотел рисковать расположением Гитлера. Но, с другой стороны, он не хотел портить отношений и с Гиммлером. Выход изданной ситуации было найти непросто. Судя по всему, в Министерстве иностранных дел стали просто-напросто игнорировать Шефера. Этим объясняется тот поток жалоб, которые он обрушил на Персональный штаб рейхсфюрера СС. Сложно сказать, знал ли он о провале афганских планов МИДа. По меньшей мере один раз он присутствовал на совещании у Риббентропа, когда в том числе обсуждался и этот вопрос. Но в своих воспоминаниях и автобиографии он не упоминал об этом эпизоде. Не выдержав напряжения, 6 апреля 1940 года Шефер пишет Карлу Вольфу огромное письмо. Это была не только попытка оправдаться, но и подведение итогов всех встреч и переговоров, которые он провел после своего возвращения из Тибета. Вкратце суть этого письма выглядела следующим образом. В сентябре 1939 года он, Эрнст Шефер, начал планировать экспедицию в Тибет. В тот момент необходимые финансовые средства ему должны были предоставить как Генрих Гиммлер, так и Министерство иностранных дел. По предварительным расчетам ему требовалось от 2 до 3 миллионов рейхсмарок. В марте 1940 года, видя, что дело не двигается с места в силу отсутствия денег, рейхсфюрер СС пообещал ему достать 10 миллионов рейхсмарок. Часть из них должна была быть выплачена в английских фунтах. Эти деньги должны были пойти именно на подкуп тибетского правительства. Сам Шефер неоднократно обращался в Министерство иностранных дел с просьбой все-таки начать финансирование его проекта. Однако каждый раз он получал отказ. Так, например, во время одного из визитов он попросил выделить ему 200 тысяч рейхсмарок, которые должны были пойти на закупку оборудования. Эта сумма была согласована как с дипломатами, так и лично с Гиммлером. Но опять его ожидало разочарование. Вопреки «несолидному» поведению МИДа он продолжал готовить экспедицию. Он не намеревался отказываться от данного предприятия тем более после того, как из Москвы Кляйст сообщил, что советские власти были готовы поддержать и помочь экспедиции. В данном случае главным упреком Шефера было нежелание дипломатов привлекать его не только к переговорам в Москве, но и в самом Берлине.

Чтобы наглядно показать, какой хаос творился в Министерстве иностранных дел, Шефер привел в письме Вольфу один очень показательный пример. В МИД с просьбой о поддержке обратился исследователь по имени Бернацик. Ему было отказано в помощи, а потому он направился к Шеферу. Гуго Адольф Бернацик был доцентом, преподававшим этнографию в университете Граца. В свое время он уже совершил несколько поездок в Азию, Африку и Австралию. В декабре 1939 года он предложил Хабихту проект, во многом напоминавший планы Шефера. Бернацик планировал направиться в Индию или Индокитай, имея при себе багаж с 500 пистолетами-пулеметами. Там при поддержке советских властей он планировал начать вербовку местных жителей, которых он намеревался поднять против британских колониальных властей. Бернацик был человеком огромной-эрудиции и не меньших фундаментальных знаний. Германский МИД мог спокойно использовать его в Аравии, Турции, Индокитае, Афганистане, Иране. В качестве варианта сам Бернацик предлагал еще Филиппины и Африку. Для подготовки подрывной деятельности ему требовалось всего лишь четыре месяца и весьма скромная сумма — 150 тысяч рейхсмарок. Бернацик рассчитывал на удовлетворение своей просьбы, так как был знаком с Хабихтом еще по службе в австрийском зенитно-артиллерийском полку. После начала мировой войны он пытался увязать воедино свою экспедиционную деятельность в качестве ученого с организацией диверсий против неприятеля. Нельзя было исключать, что столь экзотичным способом он намеревался уклониться от призыва на военную службу. Хабихт передал соображения Бернацика в «структуры военной администрации». В итоге планирование данной экспедиции так никогда и не началось. Но Бернацик был человеком упрямым и не намеревался сдаваться. Зная об этом, Хабихт в начале апреля 1940 года передал «дело о тайной операции в Индокитае» наверх. Позже дипломат объяснял, что придерживал это дело, так как ему казалось, что эти планы были сумасбродными и невыполнимыми. Учитывая, что назревал конфликт между СС и МИДом, который с редкостным упорством не хотел давать Шеферу ни копейки, Бернацик пришелся как нельзякстати. В МИДе посчитали, что это было бы неплохим прикрытием от обвинений со стороны Гиммлера. Запросы Шефера можно было спокойно отвергнуть как сознательно завышенные, приведя в пример проект Бернацика.