Случай, знаменовавший начало музыкального образования юного Малера, описан в предисловии к письмам, опубликованным женой композитора. Эта история произошла, когда в дом Малеров приехали родители матери Густава, Абрахам и Тереза. Пока дедушка и бабушка общались с дочерью и зятем, ребенок исчез. Начавшийся поиск привел Бернхарда и Марию на чердак, где они увидели картину, потрясшую их: там находилось старое пианино, и Густав, поглощенный этим инструментом, будто новой игрушкой, с азартом нажимал на клавиши. Родители были поражены тем, что от его прикосновений раздавались не треньканья, которые привычно звучат, когда за фортепиано сидит маленький ребенок, а самая настоящая музыка. Густав с легкостью подбирал хорошо известные мелодии, хотя этому его никто не учил. В тот день Бернхард осознал, что его сын не просто увлечен музыкой — это что-то несоразмерно большее. По словам Альмы, Густаву тогда было всего четыре года. Историю эту подтверждает австрийский музыковед Рауль Стефан, добавляя, что юного Малера ничто не могло отвлечь от пианино, даже когда его звали поесть сладости. Однако Стефан считает, что этот случай произошел, когда Густаву было шесть лет. Сам же композитор говорил, что сочинять музыку он научился в возрасте четырех лет, и это случилось прежде, чем он смог что-либо исполнить на инструменте. Сегодня хронологические рамки той истории установить трудно, поэтому безошибочно можно утверждать лишь одно: музыкальный талант Малера проявился очень рано.

Родители Густава, осознавшие его способности, решили развивать талант мальчика и задумались о частном учителе. Первые уроки музыки юный Малер получил у чешских музыкантов, которых знал в основном по отцовской пивной. Разумеется, нельзя утверждать, что Бернхард выбирал преподавателей для своего ребенка именно среди своих клиентов. Просто пивная служила определенной средой для общения мало понимавшего в музыке старшего Малера, а также неким инструментом оплаты преподавательских услуг.

Музыкальные основы Густаву помог постичь капельмейстер йиглавского театра Францишек Викторин. Учителями по фортепиано у будущего композитора стали Якуб Сладкий, а потом Ян Брош, под руководством которого Густав настолько быстро добился успеха, что учитель направил его преподавать музыку к мальчику, который был старше Густава. За свои услуги юный педагог получал пять крейцеров в час. Но это длилось недолго: несчастный ученик не соответствовал высоким требованиям учителя-тирана и после нескольких уроков мальчик слезно отказался продолжать учебу у Густава. Также среди йиглавских учителей маленького Малера фигурируют имена Яна Жижки, ученика Антона Брукнера Вацлава Прессбурга, Францишека Штурма. Однако самую большую роль в музыкальном образовании Густава сыграл выпускник Пражской консерватории, хормейстер церкви Святого Иакова Генрих Фишер. Послушав игру мальчика, Фишер понял, что тот — настоящий вундеркинд. Немного поразмышляв, педагог решил, что Густав может начать работать, и пригласил его на хоровые репетиции в церковь, предложив место органиста. Как раз в это время, в 1868 году, у Бернхарда и Марии родилась Юстина Эрнестина.

Когда Густаву исполнилось девять лет, как и полагалось по австрийским законам, отец отдал его в Йиглавскую гимназию. При этом частные занятия фортепиано в доме Малеров не прекращались. За время учебы будущий композитор проявил себя как рассеянный ученик, постоянно отвлеченный собственными мыслями и не проявлявший особого интереса к другим предметам, кроме музыки. Малера не интересовало почти ничего, он равнодушно относился к математике, географии, истории, а физику откровенно недолюбливал.

Однако всё менялось, когда речь заходила о музыке. Юного Малера одолевал азарт, его глаза сверкали, он тотчас вступал в дискуссию, горячо отстаивая свои взгляды. Слушая музыку, он забывал обо всём на свете. Однажды Густав до того замечтался на уроке, что очнулся, немало напуганный собственным насвистыванием какой-то мелодии. Подобные случаи были не редки: учителя постоянно делали ему замечания за музыкальные «посторонние звуки».

Год спустя, 13 октября 1870 года, на сцене городского театра состоялось первое выступление юного Густава как пианиста, после чего вышла рецензия в местной газете «Vermittler», возвестившая общественности Йиглавы о первом успехе «десятилетнего сына еврейского торговца Малера».

Но успехи Густава были омрачены чередой смертей: 15 декабря 1871 года умерли сразу два его брата — двухлетний Арнольд и семимесячный Фридрих, а в мае 1873-го — годовалый Альфред. Повзрослевший Густав впервые сознательно столкнулся со смертью близких, что, естественно, сильно повлияло на его миропонимание.

Одиннадцатого ноября 1872 года на вечере в гимназии будущий композитор исполнил вариации из мендельсоновского «Сна в летнюю ночь» в транскрипции Ф. Листа. На этот раз газеты писали о молодом виртуозе, владеющем отличной техникой и обладающем мощью оригинального интерпретатора. 20 апреля 1873 года в городском театре в его исполнении прозвучала фантазия С. Тальберга на тему из оперы В. Беллини «Норма». Ту же программу Густав повторил 17 мая 1873 года по случаю праздника «Мужского общества певцов», возглавляемого его учителем Фишером.

Родители Густава очень гордились своим талантливым ребенком и не сомневались в его музыкальных перспективах. Они делали всё для ускорения его творческого развития, хотя находились в стесненных обстоятельствах. Отец считал, что сын должен заполучить свой шанс любой ценой. Густав рос, испытывая чувство ответственности и преданности к семье, понимая, что с таким количеством младших братьев и сестер ему придется рано стать самостоятельным. Его первые композиторские опыты неизвестны. Очевидно, эти сочинения сильно разнились с музыкальной эстетикой взрослого Малера, поскольку все детские произведения он впоследствии уничтожил. Однако, несмотря на то, что юные представления композитора были сильно трансформированы, первоначальный опыт, принятый им за неудачный, позже всё-таки отразился на его симфониях. Некоторые авторские стилевые черты, несомненно, укоренились в эти ранние годы.

Здоровье мальчика оставляло желать лучшего. Доктор медицинских наук Леонид Иванович Дворецкий, опираясь на имеющиеся данные, пишет в книге «Музыка и медицина. Размышления врача о музыке и музыкантах»: «…известно, что в детском возрасте композитор перенес ревматический полиартрит и малую хорею, проявляющуюся непроизвольными гиперкинезами и в связи с этим описывающуюся ранее как “пляска Святого Витта”». Нарушения в двигательной функции можно заметить даже на знаменитой детской фотографии композитора, где рука юного Густава, лежащая на стуле, словно поддерживает равновесие тела, при этом на фото видно, что ноги ребенка стоят порознь. Для единственной фотографии, стоившей бедной семье немалых денег, художественная задумка фотографа как «композиция у стула» представляется сомнительной. Скорее всего, без какой-либо опоры ребенок просто-напросто не мог стоять прямо. Тем не менее в сравнении с выжившими родными братьями и сестрами старший сын считался относительно здоровым, хотя с возрастом соматические и неврологические заболевания у него только накапливались.

Не самое лучшее образование, которое мог дать Густаву провинциальный город, всё же предоставило ему почти идеальную свободу мысли. Ум юного Малера был молниеносен, пытлив и аналитичен. Пробелы в музыкальной теории компенсировались его догадливостью. Сенсационная фантазийность, склонность к мистике и символике черпали свою духовную пищу в чтении поэтических и романтических произведений. О его ранней склонности к необычному и сверхреальному свидетельствует отроческий товарищ Малера, музыковед Гвидо Адлер, который говорит о его особой жадности, ощущаемой в чтении сказок Э. Т. А. Гофмана.