Ученик Хонэна Синран (1173–1263), также священник Тэндай, основал Истинную школу Чистой земли. В отличие от своего учителя, завещавшего читать нэмбуцу день и ночь, он утверждал, что для перерождения в Чистой земле достаточно одного, но поистине искреннего прочтения, предающего человека воле Амиды. Синран также полагал, что в эпоху маппо монахи не способны соблюдать свои обеты. Например, один из обетов запрещал есть мясную пищу, тогда как среди буддийского духовенства это было весьма распространено. Монахи обходили это запрет, снимая верхнее платье перед едой, однако Синран даже одежды не стал снимать. Также он игнорировал монашеские обеты целомудрия, женившись и зачав семерых детей. Взгляды Синрана предвосхитили буддийские практики в современной Японии, когда священники зачастую женятся и передают свои храмы и должности своим же наследникам.

Еще один монах традиции Чистой земли, Иппэн Сёнин (1239–1289), в конце XIII века основал школу Дзи-сю. Желая лично убедиться, что весть о Чистой земле дошла до простых людей, он стал странствующим священником, путешествующим по Японии с группой монахов и монахинь. Они раздавали амулеты каждому встречному и убеждали людей читать нэмбуцу, зачастую устраивая групповые моления с экстатическими танцами. Последовательницам поручали те же задачи, что и последователям, включая право проводить заупокойные службы и руководить местными молельными залами. Тем самым и Дзи, и другие проповедники традиции Чистой земли доносили до паствы идею, что не только мужчины, но и женщины могут достичь спасения. Бродячая жизнь Иппэна стала сюжетом для одного из наиболее искусных средневековых живописных свитков — «Картины со странником Иппэном».

Бродячие проповедники с XIII по XVI век распространяли веру Чистой земли в отдаленных регионах и во всех слоях общества. В отличие от богатых монастырей Нары и Киото, последователям Чистой земли, чтобы собрать милостыню, приходилось проповедовать непосредственно простым людям в их селениях. Многие из них, помимо чтения нэмбуцу и танцев, читали иллюстрированные проповеди (этоки), используя указку и большую, очень подробную мандалу, изображавшую буддийские небеса и преисподнюю или же сюжетные иллюстрации по мотивам историй о буддийских святых и чудесах. В результате к XVI веку школы Чистой земли укоренились не менее прочно, чем старые буддийские традиции, однако их паства была гораздо обширнее и разнообразнее, поскольку школы Нары и Хэйан полагались исключительно на аристократию и государственную поддержку.

Другая реформистская школа, учрежденная монахом Нитирэном (1222–1282), позаимствовала у традиции Тэндай внимание к «Лотосовой сутре». В качестве единственного способа спасения в эпоху маппо эта школа предлагала другую священную мантру — «Наму мёхо рэнгэ кё!» («Слава Сутре о Цветке Лотоса Чудесной Дхармы!»). Это направление — единственное из крупных буддийских школ Японии, не заимствованное из Китая. В отличие от других основателей средневековых буддийских учений, Нитирэн не был выходцем из рода придворных аристократов либо воинов. Он родился в отдаленной восточной провинции в семье рыбака. В 12 лет Нитирэн поступил в храм Тэндай недалеко от дома и начал изучать там доктрину Чистой земли. В 17 он отправился в паломничество по знаменитым храмам в Камакуре и Киото, однако был подавлен богатством и роскошью, которыми отличался государственный буддизм, поддерживаемый элитами. Разочаровавшись в учении Чистой земли, Нитирэн открыл для себя «Лотосовую сутру» и увидел свое предназначение в том, чтобы вернуть Тэндай к его первоначальному почитанию этой сутры как единственного средства освобождения.

Нитирэн был резкой, противоречивой личностью. Он нападал на учения соперников и критиковал двор и сёгунат, за то что те поддерживали другие школы буддизма. После ряда природных катастроф, произошедших с 1257 по 1260 год, Нитирэн сказал сёгуну, что эти бедствия были вызваны растущей популярностью вредоносных сект, и предрек, что разрушения продолжатся, если только весь народ, от правителей до последних нищих, не будет почитать «Лотосовую сутру». Когда в 1268 году сёгунат получил первое письмо от монголов с требованиями подчиниться, Нитирэн объявил, что его пророчество начало сбываться. Вследствие резкости своих взглядов Нитирэн был сослан на отдаленный остров Садо. Радикальный и бесстрашный, он собрал группу преданных последователей из воинов и крестьян из Северной и Центральной Японии. Его ученики разделяли жесткую бескомпромиссную позицию Нитирэна. Между его почитателями и последователями веры Чистой земли возникали конфликты, приводившие в середине XVI века к настоящим битвам (см. главу 5). Так получилось, что учение Нитирэна оказалось предтечей одного из крупнейших современных религиозных движений Японии — «Сока Гаккай», основанного в 1938 году и получившего массовое распространение в 1950-е годы (см. главу 11).

Медитация уже входила во множество буддийских традиций, однако в учении дзэн особый тип интенсивной сидячей медитации (дзадзэн) полагали единственным верным путем к религиозному спасению — она была для них как нэмбуцу для школы Чистой земли или «Лотосовая сутра» для Нитирэна. Первыми проповедниками дзэна в Японии стали монахи Тэндай, ездившие в XII веке в Китай в поисках способов вдохнуть новую жизнь в японский буддизм. Китайский дзэн (чань) разработал строгие монашеские правила, ядром которых была интенсивная совместная медитация. Также для достижения просветления использовались вспомогательные средства, например размышление над коанами. Вернувшись, эти реформаторы обнаружили сопротивление глав школы Тэндай, поэтому для дзэна нужен был новый, независимый покровитель. К счастью для них, в конце XII–XIII веке к власти пришло сословие воинов. Оно хотело установить собственный источник духовной власти, независимый от буддийских школ под покровительством двора. Таким образом, сёгунат и семьи воинской элиты стали первостепенными покровителями дзэна, а важным центром дзэн-буддизма оказалась Камакура.

Многих воинов привлекали дисциплина и прямота дзэнских практик, суровость медитаций, а также возможность достичь личного просветления. В отличие от учений Других сил, например Чистой земли или Нитирэна, дзэн учил, что просветления можно достичь здесь и сейчас, полагаясь исключительно на собственные усилия. Причем просветление достигалось не методическими рациональными методами, например изучением сутр, а, наоборот, лучшим способом считалась медитация, то есть путь самого Будды. Интенсивная медитация дзадзэн могла прорвать иллюзорную завесу чувств и рационального мышления и вывести человека в состояние Будды спонтанно и напрямую.

В период японского Средневековья сложились два направления школы дзэн. Риндзай, основанный монахом Эйсаем (1141–1215), которого считают распространителем культуры зеленого чая в Японии, делал основной упор на «внезапное просветление», происходящее вследствие размышления над коаном — историей, диалогом или фразой, содержащей абсурдные или противоречивые суждения, чтобы увести разум с уровня рационального мышления. Наставники дзэн проверяли успехи своих учеников, задавая им вопросы на основе коанов. На западе коаны часто называют загадками без ответа; самые известные примеры — это «Как звучит хлопок одной ладонью?» и «Имеет ли собака природу Будды?». Однако изучение коанов лучше описано в качестве способа понять высказывания, сделанные прежними наставниками дзэн, либо осознать мир с точки зрения просветленного. Изучение коанов было обычным процессом с собственной программой и вехами. Наставники дзэн ожидали от своих учеников конкретных правильных ответов. Сборники коанов и комментарии к ним, например «Записи синего утеса» XII века, составляют важную часть литературы дзэн. Нижеприведенный пример взят из «Заставы без ворот» — сборника 49 коанов и комментариев к ним, составленного в XIII веке учителем чань, известным в Японии под именем Мумона Экая.